顶刊连发！云序客户近期成果频登《Nature Biotech》等顶级期刊！

RNA修饰及多组学融合研究正引领生命科学突破，云序生物深耕表观转录组及多组学整合，正以两大核心优势，成为顶尖研究背后的关键驱动力：

1.表观转录组核心技术领航者：依托MeRIP-seq、m6A/m5C/m1A/ac4C 等超高分辨率及单碱基修饰测序技术，云序为客户提供最全面、最精准的RNA修饰动态图谱，破解多种修饰互作与基因表达调控的核心密码。

2.多组学整合“闭环研究”解决方案：云序独有能力在于无缝融合表观转录组、翻译组 (Ribo-seq/Polysome profiling)、转录组、表观遗传组 (ChIP-seq, ATAC-seq) 及蛋白质组等多组学数据，构建“修饰定位 → 表达调控 → 基因功能 → 表型输出”的完整证据链，显著加速机制深度解析与突破性发现。

本文特别汇总了近期基于云序核心技术平台的17篇最新重磅成果，这些成果横跨肿瘤、心血管、免疫代谢、神经发育等前沿领域：

表观转录组学服务

发表期刊：Molecular Cancer   IF=33.9  

发表单位：上海交通大学   

发表日期：2024/7/5 

样本类型：宫颈癌组织

云序助力：m5C MeRIP-Seq、MeRIP-qPCR

放射抗性是晚期宫颈癌（CC）患者死亡的主要原因。研究发现，RNA修饰的失调是导致放射抗及药物抗性的调节机制。该研究探讨5-甲基胞嘧啶（m5C）在宫颈癌放疗敏感性中的生物学功能及临床意义。该研究通过整合m5C MeRIP-Seq、mRNA-seq和RIP探究NSUN6调控宫颈癌放疗敏感性的机制。研究发现，耐药宫颈癌样本中m5C修饰丰度更高，NSUN6是调控放疗敏感性的重要m5C相关基因。NSUN6高表达与宫颈癌患者的放射抗性及不良预后显著相关。研究发现NSUN6高表达与宫颈癌的放射抗性相关，并且敲低NSUN6可增强宫颈癌对放疗的敏感性。机制上，发现NDRG1是NSUN6的下游靶基因之一。NSUN6促进NDRG1 mRNA的m5C修饰，m5C reader——ALYREF特异性结合m5C标记的NDRG1 mRNA，增强其稳定性。NDRG1的过表达促进同源重组介导的DNA修复，从而导致宫颈癌的放射抗性。因此，NSUN6高表达通过激活NSUN6/ALYREF-m5C-NDRG1通路促进宫颈癌的放射抗性。提示了敲低NSUN6对放疗敏感及预后较好。

发表期刊：Molecular Cancer   IF=33.9   

发表单位：郑州大学第一附属医院

发表日期：2024/8/30  

样本类型：结直肠癌组织 

云序助力：m7G MeRIP-Seq、mRNA Seq

大量研究表明circRNA在结直肠癌（CRC）中发挥重要作用，然而癌症中circRNA表达异常的具体原因仍不清楚。该研究发现，某些circRNA中富含m7G RNA修饰，这些修饰由METTL1催化，且GG基序是circRNA 中m7G修饰的主要位点。进一步研究表明METTL1在CRC中具有促进癌症作用。研究者筛选出一种高表达的circRNA——circKDM1A，发现METTL1通过m7G修饰防止circKDM1A的降解。circKDM1A进一步被证实通过上调PDK1激活AKT信号通路，从而在体内和体外促进结直肠癌的增殖、侵袭和迁移。当circKDM1A的m7G位点发生突变时，其促癌能力减弱。研究结果表明，m7G修饰的circRNA通过激活AKT信号通路促进结直肠癌的进展。该研究揭示了METTL1介导的m7G修饰在调控circRNA稳定性和癌症进展中的重要生理功能和机制。

发表期刊：Nature Immunology  IF= 27.7

发表单位：复旦大学医学院附属中山医院&金山医院 

发表日期：2025/3/5 

样本类型：脾脏和肝组织样本

云序助力：acRIP-Seq、Ribo-Seq、mRNA Seq、RIP-qPCR

初始T细胞激活需脱离静息状态，这一过程依赖全局翻译以实现迅速扩增，但具体机制仍不明确。研究显示，激活过程中T细胞上调N-乙酰转移酶10（NAT10）表达，该酶负责mRNA的ac4C修饰。ac4C修饰的Myc mRNA 翻译效率更高，促进MYC蛋白合成，支持T细胞快速扩增。在小鼠T细胞中条件性敲除Nat10导致细胞周期停滞和因MYC缺乏引起的扩增受限，最终在急性淋巴细胞性脑膜炎病毒模型中加剧感染。此外，年长个体的T细胞中NAT10水平较低，增殖能力受损，这可能是老年人抗病毒反应减弱的部分原因。该研究揭示了调控T细胞扩增的机制以及ac4C修饰在T细胞介导免疫反应中的生物学意义。

发表期刊：Nature Plants   IF= 15.8

发表单位：四川农业大学

发表日期：2024/9/24 

样本类型：水稻叶片

云序助力：2'-O 甲基化 NM-Seq

mRNA修饰在RNA生物学中发挥关键作用，但植物免疫反应中表观转录组的全面变化尚不清晰。该研究揭示了病原菌感染后由乙酰化修饰（ac4C）介导的翻译重编程。通过探究转译组和表观转录组的动态变化，发现稻瘟病菌（Magnaporthe oryzae）感染时，单碱基分辨率下ac4C的变化促进了翻译重编程。通过分析m1A、2'O-Nm、ac4C、m5C、m6A和m7G的特异性分布，发现与其它修饰不同，ac4C富集在密码子的第3位，稳定了碱基配对。该研究证明了病原菌感染时，ac4C writer——OsNAT10/OsACYR（RNA胞嘧啶N-乙酰转移酶）表达增加，促进翻译，从而快速激活免疫反应，包括茉莉酸生物合成的增强。该研究提供了mRNA修饰图谱，并深入探讨了ac4C在植物免疫中的功能。

发表期刊：Nature Communications  IF=15.7

发表单位：中国人民解放军海军军医大学

发表日期：2025/7/1 

样本类型：巨噬细胞

云序助力：m7G MeRIP-Seq、mRNA Seq

细胞质应激颗粒（SG）在应激诱导的翻译停滞时组装，是调控细胞命运及多种生理病理过程的关键信号枢纽。然而，SG形成在过敏疾病进展中的作用尚不明确。该研究通过分析过敏性鼻炎（AR）小鼠模型及AR患者的鼻腔组织，发现SG特异性地在鼻黏膜巨噬细胞中组装，并通过抑制巨噬细胞的吞噬作用加重AR病程。机制上，细胞内m7G修饰的Lrp1 mRNA被QKI7运输到应激诱导的SG中，导致其翻译受阻，最终导致巨噬细胞吞噬能力下降。研究揭示了应激颗粒在AR中的关键作用，为AR治疗提供了新靶点。 

发表期刊：Advanced Science   IF= 14.3

发表单位：华中农业大学

发表日期：2024/9/4 

样本类型：棉花组织样本

云序助力：m6A MeRIP-Seq

N6-甲基腺苷（m6A）是mRNA最普遍的内部修饰，对植物生长调控至关重要。然而，精准修饰植物个体转录本m6A位点的有效工具仍较缺乏。该研究通过结合CRISPR/dCas13(Rx)与甲基转移酶GhMTA（靶向RNA甲基化编辑器，TME）或去甲基转移酶GhALKBH10（靶向RNA去甲基化编辑器，TDE），开发出m6A编辑工具。这些编辑器可在0-46核苷酸范围内，高效地在内源转录本GhECA1和GhDi19的靶位点添加或去除m6A修饰。其中，TDE编辑工具使m6A水平显著降低24%-76%，而TME编辑器则使m6A富集度增加1.37-2.51倍。此外，m6A修饰的添加与去除对GhECA1和GhDi19 mRNA转录本的调控作用相反，这可能与它们的m6A位点位于基因的不同区域有关。利用TME编辑器靶向GhDi19转录本，可显著增加植株根长并增强抗旱能力。这些m6A编辑器可用于研究特定m6A修饰的功能，并有望应用于未来作物改良。

发表期刊：Cell Death and Differentiation    IF=13.7  

发表单位：南京医科大学

发表日期：2024/6/15 

样本类型：细胞

云序助力：acRIP-tRNA-Seq

ac4C是一种存在于tRNA、rRNA和mRNA上的保守且新发现的RNA修饰，由NAT10催化。赖氨酸乙酰化是一种普遍存在的蛋白质修饰方式，可调控蛋白质功能。研究发现，由致癌DNA病毒KSHV编码的多聚腺苷酸核RNA（PAN）上发生的一种依赖于NAT10的ac4C修饰，能够诱导KSHV从潜伏期重新活化并激活炎症体。该研究发现NAT10可被α-微管乙酰化转移酶1（ATAT1）乳酸化，进而增加tRNA^Ser-CGA-1-1的ac4C水平。通过对tRNA^{Ser-CGA-1-1 ac4C}位点进行突变，抑制了其ac4C修饰、病毒裂解基因的翻译效率以及病毒颗粒的产生。从机制上讲，KSHV PAN协同调控NAT10和ATAT1，增强NAT10的乳酸化修饰，进而导致tRNA^Ser-CGA-1-1的ac4C修饰，最终促进KSHV的再激活。该研究揭示了NAT10的一种新的翻译后修饰，并扩展了对KSHV复制过程中与tRNA相关的ac4C修饰的认识，有望为设计针对KSHV相关疾病的治疗策略提供新的思路。

发表期刊：Leukemia   IF=13.4 

发表单位：浙大一院

发表日期：2024/7/25 

样本类型：骨髓细胞

云序助力：m6A MeRIP-Seq、mRNA Seq

N6-甲基腺苷（m6A）是哺乳动物mRNA上最普遍的表观转录修饰。近期研究显示，m6A参与多种恶性肿瘤（包括血液系统肿瘤）的发病过程。然而，m6A修饰及其调控因子在骨髓增生异常综合征（MDS）中的具体作用尚不明确。该研究发现，骨髓原始细胞≥5%的MDS患者中，m6A修饰水平及m6A甲基转移酶METTL14表达量升高，且随着疾病风险增加，二者水平上调，与不良临床预后显著相关。敲低METTL14可抑制MDS细胞增殖与集落形成能力。体内实验表明，METTL14敲低显著减轻肿瘤负荷，延长小鼠生存期。机制上，METTL14通过形成METTL3-METTL14复合体，促进SETBP1 mRNA的m6A修饰，增加SETBP1 mRNA稳定性，激活PI3K-AKT信号通路。该研究阐明了METTL14/m6A/SETBP1/PI3K-AKT信号轴在MDS中的作用，突出了靶向METTL3-METTL14复合物介导的m6A修饰在MDS治疗中的潜在疗效。

发表期刊：Journal of Experimental & Clinical Cancer Research  IF=12.8

发表单位：西安医学院附属医院

发表日期：2025/2/4 

样本类型：人类结直肠癌细胞系

云序助力：acRIP-Seq、mRNA Seq、RIP-Seq

结直肠癌（CRC）是全球癌症相关死亡的第二大原因，晚期CRC的治疗选择有限。NAT10介导的异常ac4C修饰在癌症进展中的调控机制尚不明确。研究者分析了CRC样本中NAT10表达水平，并与对应正常组织比较。利用RNA-seq、RIP-seq和acRIP-seq探讨NAT10在CRC中的潜在机制。研究发现敲低NAT10可使PI3K-AKT通路失活，从而抑制CRC进展。进一步的表观遗传和转录组分析表明，NAT10以ac4C依赖的方式结合ERRFI1 mRNA的编码区，增强其稳定性。敲低NAT10降低ERRFI1表达，激活EGFR通路，抵消对CRC的抑制作用。基于此，研究显示Remodelin联合特异性靶向EGFR的单克隆抗体Cetuximab单抗，较单一药物治疗疗效显著增强。此外，观察到5-氟尿嘧啶（5-Fu）促进NAT10与UBR5的相互作用，增加NAT10的泛素介导降解，导致ERRFI1下调和EGFR再激活。Remodelin、Cetuximab和5-Fu三联疗法在KRAS、NRAS和BRAF野生型CRC异种移植小鼠模型中增强肿瘤消退,有望成为治疗KRAS、NRAS和BRAF野生型CRC的有效方案。

转录组学服务

发表期刊：Molecular Cancer  IF=33.9

发表单位：山东大学齐鲁医院

发表日期：2025/1/6 

样本类型：急性髓系白血病细胞

云序助力：外泌体全转录测序

药物耐受和免疫逃逸是急性髓系白血病（AML）不良预后的主要因素。越来越多的证据表明，外泌体在AML的免疫微环境中发挥关键作用。该研究发现，与lncRNA或mRNA相比，AML与对照组的外泌体中circRNA表达模式显著不同。研究发现一种新的关键外泌体circRNA——circ_0006896，在AML细胞和外泌体中均呈高表达，与AML的预后和复发相关。体外和体内研究表明，circ_0006896显著促进AML细胞增殖，降低化疗敏感性，并且更重要的是，损害自体T细胞转移免疫疗法的疗效。机制上，circ_0006896与组蛋白去乙酰化酶HDAC1的催化结构域发生物理相互作用，降低组蛋白H3乙酰化水平，抑制花生四烯酸代谢相关基因的转录，最终抑制AML细胞的脂质过氧化和铁死亡。外泌体circ_0006896通过与HDAC1相互作用破坏CD8+T细胞功能，抑制LEF1转录，进而降低细胞毒性分子IFN-γ和Granzyme B的表达。该研究揭示了一种由外泌体circRNA和CD8+T细胞介导的自我驱动的AML进展机制，强调了靶向circRNA在AML免疫治疗中的潜在价值。

发表期刊：Cell Death And Differentiation  IF=13.7

发表单位：上海交通大学医学院

发表日期：2024/12/13 

样本类型：AT2细胞

云序助力：RNA-Seq

组蛋白供应失调与多种癌症（包括肺腺癌，LUAD）相关，但其潜在机制尚不明确。该研究发现，敲除小鼠肺泡上皮II型细胞（AT2细胞）中的Fbxo45可引发自发性LUAD。研究揭示FBXO45是一种新的细胞周期调控蛋白，在S/G2期由CDK1磷酸化介导降解。在S期或DNA损伤修复期间，FBXO45结合UPF1并招募磷酸酶PPP6C，抑制UPF1磷酸化，这对于防止复制依赖性（RD）组蛋白mRNA降解、确保充足组蛋白供应至关重要。FBXO45缺失时，PPP6C和UPF1之间的相互作用受损，导致UPF1在细胞周期中持续过度磷酸化，进而引起组蛋白供应不足、染色质松弛、基因组不稳定及基因突变率增加，最终导致恶性转化。值得注意的是，临床LUAD样本分析证实FBXO45丢失与基因组不稳定呈正相关，与小鼠模型中的发现一致。这些结果强调FBXO45作为基因组守护者，在协调组蛋白供应与DNA复制中的关键作用，为LUAD治疗提供了潜在的治疗靶点和策略。

发表期刊：Journal of Nanobiotechnology   IF=12.6  

发表单位：上海市东方医院

发表日期：2024/7/1 

样本类型：小鼠外泌体

云序助力：全转录组测序

胞外囊泡（EVs）参与多种生理过程，包括细胞死亡和组织损伤。缺血再灌注心脏来源的EVs会加重心脏损伤。然而，健康心脏组织来源的EVs（cEVs）对心肌缺血再灌注（MI/R）损伤的作用尚不明确。该研究显示，将cEVs注入心肌可增强MI/R损伤小鼠模型心脏功能并减轻心脏损伤。cEVs治疗有效抑制了缺血再灌注损伤后心肌细胞中的铁死亡，并维持了线粒体稳态。进一步研究发现，cEVs能向心肌细胞传递ATP5a1，从而抑制线粒体活性氧（ROS）产生，减轻线粒体损伤，并抑制心肌细胞铁死亡。敲低ATP5a1可消除cEVs的保护作用。此外，研究发现大部分cEVs源自心肌细胞，且cEVs中的ATP5a1主要来自健康小鼠心脏的心肌细胞。同时，与对照组脂肪来源干细胞（ADSC）源性EVs相比，ATP5a1过表达的ADSC源性EVs在MI/R损伤治疗中展现出更好的疗效。该发现强调了cEVs在心脏损伤中的保护作用，提示ATP5a1可能是治疗MI/R损诱导的心肌损伤的重要靶点。

表观遗传组学服务

发表期刊：Circulation  IF=38.6

发表单位：空军军医大学西京医院

发表日期：2024/10/29 

样本类型：心肌细胞线粒体

云序助力：6mA DNA甲基化测序

心肌线粒体功能障碍是心力衰竭（HF）发病机制的基础，但目前恢复心肌线粒体功能的治疗选择有限。线粒体DNA（mtDNA）的表观遗传修饰（如甲基化）在调节线粒体稳态中发挥关键作用，但其在心力衰竭中的作用尚不明确。利用高分辨率MS和MeDIP-seq，分析衰竭心肌细胞mtDNA中6mA甲基化图谱。研究发现mtDNA中的6mA修饰显著多于核DNA。心肌细胞成熟过程中，mtDNA中的6mA水平降低，与METTL4表达减少一致。然而，在衰竭成年心肌细胞中，mtDNA的6mA水平和METTL4表达均增加。METTL4特异性靶向mtDNA启动子区域，干扰转录起始复合体组装，导致mtDNA转录停滞和线粒体功能障碍。通过METTL4过表达增加心肌细胞mtDNA 6mA水平，会导致自发性线粒体功能障碍和心力衰竭表型。该研究揭示了心肌细胞mtDNA 6mA及其甲基转移酶METTL4在线粒体功能障碍和心力衰竭发病机制中的关键作用。靶向抑制METTL4以纠正mtDNA 6mA过量，有望成为治疗心力衰竭的有效策略。

发表期刊：Nucleic Acids Research  IF=16.6

发表单位：上海交通大学医学院

发表日期：2025/2/28 

样本类型：癌细胞系

云序助力：ChIP-Seq、Slam-Seq、RNA-Seq

Polycomb repressive complex 2（PRC2）负责催化H3K27me3修饰，在发育和癌症中的基因沉默中发挥关键作用。同时，核外切酶靶向（NEXT）复合体促进核质中多种非编码RNA的降解。该研究发现，NEXT复合体功能缺陷会导致H3K27me3水平整体下降。具体而言，ZCCHC8缺失显著上调含有G-四链体（G4）和U富集基序（G4/U-Rich lncRNAs）的初始长非编码RNA（lncRNA）。其中，G4基序可结合EZH2，阻断PRC2的染色质招募；而U富集基序则被NEXT复合体特异性识别，经RNA外泌体介导降解。在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）和肺腺癌（LUAD）患者中，高表达ZCCHC8的肿瘤组织里，NEXT复合体过度降解新生G4/U-Rich lncRNAs。因此，PRC2核心亚基被释放并招募至邻近基因组位点，致使H3K27me3水平上升，相邻基因（如肿瘤抑制基因SEMA5A和ARID1A）表达下调。该研究揭示了NEXT复合体通过降解新生G4/U-Rich lncRNAs调控癌症细胞中H3K27me3水平的新机制。

发表期刊：Medcomm  IF=10.7

发表单位：上海中医药大学

发表日期：2025/6/19 

样本类型：内皮细胞

云序助力：5mC DNA甲基化测序、5hmC  DNA羟甲基化测序

细胞衰老是多种年龄相关疾病的重要诱因。TET3（tet methylcytosine dioxygenase 3）是表观遗传修饰的关键调节因子，该研究解析了TET3在细胞衰老中的作用。研究采用复制性衰老及paraquat（PQ）诱导的衰老内皮细胞模型，以及TET3杂合、p53杂合和PQ诱导的衰老小鼠模型。通过hMeDIP-seq、β-半乳糖苷酶染色、qPCR、WB、免疫荧光染色、点杂交、ChIP等技术，分析TET3敲低和过表达对细胞的影响。研究发现，TET3在复制性衰老及PQ诱导的衰老内皮细胞，以及PQ诱导的衰老小鼠心血管系统中，对5-羟甲基胞嘧啶（5-hmC）水平的提升起关键作用，并显著促进PQ诱导的内皮细胞和小鼠的细胞衰老。机制上，TET3通过5-hmC修饰促进转录因子Sp1（SP1）的表达，SP1与ETS原癌基因1的协同作用进一步增强p53表达。p53不仅促进体外和体内细胞衰老，还增强TET3和5-hmC水平。该研究解析了TET3和5-hmC水平升高在细胞衰老中的关键作用。

翻译组学服务

发表期刊：Nature Biotechnology  IF=41.7

发表单位：北京大学

发表日期：2025/6/24 

样本类型：HCT116结肠癌细胞系

云序助力：Ribo-Seq

在遗传学上，通常认为同义突变是中性的，但其在人类基因组中的作用仍未被充分探索。该研究利用PEmax系统构建了一个包含297,900个工程化prime-editing引导RNA的文库，并进行了大规模筛选，以鉴定影响细胞适应性的同义突变。与近期在酵母中的发现不同，基于群体水平的分析表明，同义突变在适应性效应上与非同义突变不同，但与阴性对照相比表现出相似的表型分布。经过严格的质量控制后，只有一小部分突变显示出可测量的效应。对于这些功能性突变，研究者开发了一种专门的机器学习工具，揭示了它们对多种生物过程（如mRNA剪接和转录）的影响，并得到了多方面的实验证据支持。研究发现同义突变可以改变RNA折叠并影响翻译。通过将筛选数据与该模型整合，预测了可能对临床产生有害影响的同义突变。该研究加深了对同义突变的理解，为临床疾病研究提供了新的见解。

蛋白组学服务

发表期刊：Cell Metabolism    IF=27.7

发表单位：上海交通大学附属第六人民医院

发表日期：2024/8/14 样本类型：组织

云序助力：蛋白质谱、mRNA Seq、ChIP-Seq、m6A MeRIP-Seq

非酒精性脂肪肝病（NAFLD）及非酒精性脂肪性肝炎（NASH）是全球公共卫生面临的重大挑战。该研究探索去泛素化酶RPN11在NAFLD和NASH中的作用。研究发现，特异性敲除肝细胞RPN11的小鼠可抵御饮食诱导的肝脏脂肪变性、胰岛素抵抗及脂肪性肝炎。机制上，RPN11通过去泛素化稳定METTL3，增强短链脂肪酰辅酶A合酶3（ACSS3）的m6A修饰与表达。ACSS3生成丙酰辅酶A，经组蛋白丙酰化上调脂质代谢基因。在NAFLD患者肝脏中，RPN11-METTL3-ACSS3-组蛋白丙酰化通路被激活。药物Capzimin抑制RPN11，可改善小鼠NAFLD、NASH及代谢紊乱，并降低2D及3D培养人肝细胞的脂质含量。研究显示RPN11是NAFLD/NASH的新调控因子，抑制RPN11具有治疗潜力。