《Molecular Cancer》等顶刊持续产出!云序RNA修饰测序助力多项研究发表


往期回顾

IF 52|Nature 综述深度解析|新生RNA:解锁转录调控的“动态密码”,附专属研究方案
m6A之后怎么做?何川/魏江博团队Cell最新综述,指向RNA修饰的下一个黄金赛道
继Cell突破之后,谢一轩等发表万字综述:糖RNA研究迈入“已知但未明”时代
引 言

RNA修饰是对RNA分子进行的动态且可逆的化学修饰,广泛存在于多种RNA类型中。作为转录后调控的重要组成部分,RNA修饰正在从“补充调控层”逐渐成为解析基因表达调控与疾病发生机制的关键维度。
近年来,随着RNA修饰测序技术的成熟,该领域在肿瘤、免疫、代谢及心血管等方向不断取得突破性进展。2026年以来,云序客户基于RNA修饰测序技术,在国际主流期刊持续发表多项高水平研究成果,这些研究共同揭示出一个趋势:RNA修饰不仅参与基础转录后调控,更在疾病进程中承担“功能开关”的作用。例如,ac4C修饰参与调控T细胞扩增与抗病毒免疫反应;m7G修饰在肿瘤耐药与炎症调控中发挥双重作用;m5C修饰与表观遗传网络协同促进血管生成过程;m6A修饰驱动肿瘤细胞周期进展与恶性增殖。这些从“修饰变化”走向“功能机制”的研究进展,依赖于稳定、可靠且具有系统分析能力的RNA修饰检测与多组学整合技术支持。
云序生物长期专注RNA表观转录组领域,依托成熟的检测平台与生信分析体系,提供覆盖m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、ac4C、NM、O8G及Ψ等多类型RNA修饰的一站式测序服务,支持IP富集与单碱基分辨等多维度技术路线,并可结合RNA-seq、RIP-seq、LC-MS/MS等多组学分析策略,实现从修饰图谱构建到靶基因筛选的系统性解析。

云序生物近期用户文章概览

云序用户文章:IGF2BP3通过circHECTD2/hsa_miR_4310/7157-5p/Smad2信号轴,以m6A修饰依赖方式促进头颈癌的进展

发表期刊:Molecular Cancer
影响因子:33.9 发表日期:2026/3/2
发表单位:山东大学齐鲁医院
修饰类型:m6A 修饰分子:circRNA
云序助力:m6A MeRIP 全转录组测序,全转录组测序
在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中,m6A修饰的circRNA在癌症进展中发挥重要作用,但其具体功能和机制尚不清楚。此次研究发现,m6A识别蛋白IGF2BP3在HNSCC中高表达与患者不良预后显著相关。进一步实验表明,IGF2BP3可直接结合circHECTD2并稳定其表达,而circHECTD2的m6A修饰增强了这一结合和稳定作用。机制上,circHECTD2通过充当竞争性内源RNA(ceRNA)吸附hsa-miR-4310和hsa-miR-7157-5p,防止这些miRNA介导的SMAD2 mRNA降解,从而维持SMAD2的表达。IGF2BP3/circHECTD2/SMAD2轴最终促进了HNSCC细胞的增殖、侵袭和转移。综上所述,IGF2BP3通过m6A依赖性方式增强circHECTD2稳定性,circHECTD2则通过ceRNA机制维持SMAD2水平,这一通路在HNSCC恶性进展中发挥关键作用,同时提示IGF2BP3和circHECTD2可能成为潜在的预后标志物和治疗靶点。
云序生物为该研究提供m6A MeRIP 全转录组测序和全转录组测序服务,通过构建IGF2BP3敲低后的circRNA表达谱和m6A修饰图谱,交叉分析筛选出关键下游靶标circHECTD2,并通过一系列分子实验验证其来源、环状结构稳定性及胞质定位特征,为揭示IGF2BP3通过m6A依赖性机制调控circHECTD2参与头颈部鳞状细胞癌发生发展的作用机制提供了重要支撑。

图1 circHECTD2的鉴定与特征分析
云序用户文章:METTL4通过m6Am修饰增强GLI1的翻译,从而促进肿瘤发展

发表期刊:Journal of Advanced Research
影响因子:13 发表日期:2026/1/7
发表单位:上海市杨浦区市东医院
修饰类型:m6A 修饰分子:mRNA
云序助力:m6A MeRIP-Seq,LC/MS-MS
肝细胞癌(HCC)是导致癌症相关死亡的主要原因之一,而表观遗传调控,尤其是甲基转移酶METTL4介导的m6Am修饰,在HCC进展中起关键作用。此研究在四个独立队列共802例术后HCC患者中分析了METTL4在肿瘤组织中的表达及其与分期和生存率的关系,结果显示METTL4显著上调且与高分期及不良预后相关。功能实验表明,敲低METTL4可显著抑制HCC细胞增殖、迁移、肿瘤生长及肺转移,同时在患者来源类器官(PDO)中,靶向METTL4亦有效抑制肿瘤生长。m6A-seq分析进一步揭示,GLI1是METTL4的直接靶标,METTL4介导的m6Am修饰增强了GLI1 mRNA的翻译效率。最终,携带siMETTL4的纳米颗粒在原位和自发性肝癌模型中有效抑制了肿瘤生长和转移。研究揭示了METTL4通过m6Am修饰促进GLI1翻译从而驱动HCC进展的机制,并为开发基于siMETTL4纳米颗粒的治疗策略提供了理论依据。
云序用户文章:WTAP 介导的m6A甲基化通过促进REEP6、PDE6B和RDH12翻译来调节视网膜光感受器功能

发表期刊:Science China-Life Sciences
影响因子:9.5 发表日期:2026/3/4
发表单位:四川省人民医院
修饰类型:m6A 修饰分子:mRNA
云序助力:m6A MeRIP-Seq,RNA-Seq
遗传性视网膜变性(IRDs)是全球导致视力损伤和不可逆失明的重要原因,但其分子和遗传机制尚不清楚。在哺乳动物视网膜中,m6A甲基化广泛存在于各个细胞层,并对视网膜稳态至关重要。此研究通过体内实验发现,缺失WTAP会导致小鼠视网膜杆细胞逐渐丧失、夜间视力下降及视网膜退化。WTAP 缺失显著降低了视网膜整体 m6A 水平,并破坏了光感受器相关基因(如 PDE6B、REEP6 和 RDH12)的 m6A 修饰及翻译,从而导致其表达沉默。机制分析显示,WTAP 通过调控 mRNA 3’UTR的m6A修饰促进这些基因的翻译。进一步地,通过 CAG-Wtap小鼠交配或AAV基因治疗重新导入WTAP,可部分恢复 PDE6B、REEP6和RDH12的表达,并缓解视网膜退化。
云序生物为该研究提供m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq服务,绘制了视网膜中m6A修饰图谱与基因表达图谱,从而分析鉴定WTAP调控的靶标REEP6、PDE6B和RDH12,揭示了m6A甲基化修饰维持视网膜光感受器功能的分子机制,为阐明WTAP调控视网膜生理功能的直接靶标与相关分子通路提供助力。
云序用户文章:METTL3介导的Dnajb1 m6A修饰在心肌梗死期间调节心肌细胞铁死亡

发表期刊:PNAS
影响因子:9.1 发表日期:2026/3/3
发表单位:南京医科大学附属第二医院
修饰类型:m6A 修饰分子:mRNA
云序助力:m6A MeRIP-Seq,RNA-Seq
心肌梗死(MI)影响全球数百万个体,铁死亡被公认为在此背景下的一种关键调节性细胞死亡途径。m6A在心肌梗死进展过程中对调节RNA剪接、输出、稳定性和翻译至关重要。然而,m6A修饰在心肌细胞铁死亡中的作用尚未阐明。此研究旨在通过整合分析从MI小鼠心肌组织中获得的m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq数据,阐明m6A修饰在心肌细胞铁死亡中的调控机制,以识别MI的潜在治疗策略。研究证明,在MI的病理过程中,差异m6A修饰的Dnajb1基因抑制了铁死亡。DNAJB1过表达通过抑制促铁死亡效应因子,保护心肌细胞免受缺氧诱导的铁死亡。从机制上讲,METTL3与Dnajb1结合,增强其m6A修饰并降低mRNA稳定性,而胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白3竞争结合并增加mRNA稳定性。DNAJB1通过自噬-溶酶体途径抑制谷胱甘肽过氧化物酶4降解,从而预防缺氧诱导的谷胱甘肽耗竭和脂质过氧化。在体内实验中,DNAJB1过表达改善了心脏功能,减少了梗死面积和纤维化,并降低了MI小鼠的血浆丙二醛水平,而METTL3共过表达则抵消了这些心脏保护作用。总体而言,此研究揭示了MI期间心肌细胞铁死亡中的METTL3/Dnajb1通路:METTL3通过m6A修饰Dnajb1,使其mRNA不稳定,并削弱谷胱甘肽过氧化物酶4依赖的抗氧化防御,从而促进铁死亡。这些关于细胞死亡表观转录组调控的见解,突出了预防铁死亡相关心脏损伤的潜在治疗靶点。

云序用户文章:m7G甲基转移酶METTL1通过破坏线粒体功能促进急性肾损伤

发表期刊:Kidney International
影响因子:12.6 发表日期:2025/12/15
发表单位:安徽医科大学
修饰类型:m7G 修饰分子:mRNA
云序助力:m7G MeRIP-Seq,RNA-Seq
RNA修饰在炎症性疾病进展中具有重要调控作用,但m7G修饰及其调控酶METTL1在炎症性肾脏疾病中的功能尚不清楚。此研究发现,急性肾损伤(AKI)患者及多种AKI小鼠模型的肾小管上皮细胞(TEC)中,m7G修饰及METTL1表达明显升高。TEC特异性敲除METTL1可显著减轻小鼠AKI的肾损伤和炎症反应。机制上,METTL1介导的m7G修饰通过结合蛋白Quaking增强了TEA结构域转录因子2(TEAD2)mRNA的稳定性,而升高的TEAD2通过转录抑制中链酰基辅酶A脱氢酶(ACADM)损害线粒体功能,从而放大促炎反应。同时,利用四面体框架DNA纳米结构介导的METTL1敲低或新型小分子抑制剂AZD1080处理小鼠,均可有效缓解AKI的发生和进展。研究提示,METTL1/TEAD2/ACADM轴可能为炎症性肾脏疾病提供潜在的治疗策略。
云序为该研究提供m7G MeRIP-Seq和RNA-Seq服务,辅助绘制急性肾损伤中肾小管上皮细胞的m7G修饰与基因表达图谱,锁定METTL1的直接靶标TEAD2,进而揭示METTL1通过m7G修饰增强TEAD2 mRNA稳定性、抑制ACADM转录、诱导线粒体功能障碍及炎症反应的关键机制。

图2 TEAD2是METTL1介导的m7G甲基化修饰的靶点
云序用户文章:癌相关成纤维细胞通过METTL1介导的NET1 m7G修饰促进非小细胞肺癌细胞对奥希替尼的耐药性

发表期刊:Cell Death & Disease
影响因子:9.6 发表日期:2026/2/21
发表单位:天津医科大学总医院
修饰类型:m7G 修饰分子:mRNA
云序助力:m7G MeRIP-Seq,RNA-Seq
奥希替尼耐药仍是非小细胞肺癌(NSCLC)治疗中的主要难题。癌相关成纤维细胞(CAFs)是肿瘤微环境中最丰富的间质细胞,但其在奥希替尼耐药中的作用尚不完全清楚。此研究发现,CAFs通过提升RNA的m7G修饰促进NSCLC细胞对奥希替尼的耐药。NSCLC细胞内的甲基转移酶METTL1介导了CAFs对m7G修饰的调控,并且METTL1与NSCLC的进展及不良预后相关。进一步研究显示,CAFs通过分泌HMGB1上调NSCLC细胞中的METTL1。通过m7G MeRIP-Seq和RNA-Seq分析,确定NET1为METTL1的靶基因,METTL1对NET1的m7G修饰增强了其表达,并激活下游AKT/NF-κB通路。重要的是,通过敲低METTL1降低m7G修饰,可显著减弱CAFs对奥希替尼耐药的促进作用,无论在体外还是体内均有效。此研究揭示了CAFs通过调控m7G修饰赋予NSCLC细胞耐药的新机制,并强调了m7G修饰在癌细胞与肿瘤微环境通讯中的关键作用,为靶向m7G修饰克服耐药提供了潜在治疗策略。

云序用户文章:m1A依赖性TRMT6/61A-ARG2轴通过重塑肿瘤微环境驱动促肿瘤衰老

发表期刊:Advanced Science
影响因子:14.1 发表日期:2026/2/21
发表单位:中山大学附属第六医院
修饰类型:m1A 修饰分子:tRNA
云序助力:m1A-MAP-Seq,RNA-Seq
细胞衰老作为衰老的一个基本标志,在癌症中扮演着矛盾且常促癌的角色。这一作用主要由衰老相关分泌表型(SASP)驱动,但其产生机制尚不清楚。此研究发现结直肠癌中存在一个表观转录轴:TRMT6/TRMT61A介导的tRNA m1A修饰异常升高,驱动恶性细胞进入衰老状态。机制上,TRMT6/61A依赖的m1A修饰通过提高特定tRNA的翻译效率,选择性增强ARG2的合成。积聚的ARG2进而激活mTOR和NF-κB信号,建立强效的SASP,重塑肿瘤微环境——促进邻近癌细胞生长与侵袭、激活癌症相关成纤维细胞并诱导免疫抑制性M2巨噬细胞极化。综上,该研究揭示了TRMT6/61A-ARG2通路以m1A依赖性方式驱动促肿瘤衰老,为开发衰老调节疗法提供了新依据
此研究通过多组学联合策略,系统完成了从表型到核心靶基因的筛选与验证。RNA-Seq揭示TRMT6/61A过表达后细胞衰老通路的整体激活;m1A-MAP-Seq精准定位高甲基化的特异性tRNA(如tRNA-Asp-GTC、tRNA-Glu-CTC);Ribo-Seq进一步锁定翻译效率显著升高的下游基因ARG2。三者联用,为揭示“m1A-tRNA-ARG2”这一新型促肿瘤轴奠定了坚实的技术基础。

图3 TRMT6/TRMT61A介导的m1A修饰通过提高ARG2的翻译效率促进细胞衰老
云序用户文章:TRMT6/TRMT61A介导的tRNA m1A修饰可增强蛋白质翻译,并激活 IRE1α-XBP1s通路,从而促进间变性甲状腺癌进展

发表期刊:Cellular & Molecular Biology Letters
影响因子:10.2 发表日期:2026/2/10
发表单位:中南大学湘雅三医院
修饰类型:m1A 修饰分子:tRNA
云序助力:m1A-MAP-Seq,Ribo-Seq,LC/MS-MS
间变性甲状腺癌(ATC)是一种高度侵袭性的恶性肿瘤,进展迅速且预后较差。此研究首次揭示,在ATC中,TRMT6/TRMT61A复合物显著上调,通过催化tRNA的m1A修饰,增强特定tRNA的氨酰化水平,从而促进全局蛋白翻译。翻译上调导致内质网中未折叠蛋白积累,激活IRE1α–XBP1s通路;同时,m1A修饰还直接促进IRE1α自身的翻译,进一步放大该通路。激活的IRE1α–XBP1s通路上调DGAT1表达,促进甘油三酯合成,最终驱动ATC细胞的增殖与转移。这一发现阐明了TRMT6/TRMT61A通过翻译和代谢重编程促进ATC进展的新机制,并提示其作为潜在治疗靶点的价值。
云序生物为该研究提供m1A-MAP-Seq、Ribo-Seq及LC/MS-MS服务,精准绘制tRNA m1A修饰图谱并揭示其对全局蛋白翻译及IRE1α-XBP1s通路的调控机制,为解析甲状腺未分化癌的恶性进展提供了关键多组学支撑。

云序用户文章:靶向Mettl8-Tcf1轴可促进CD8+ TPEX分化和抗肿瘤免疫

标题:Targeting Mettl8-Tcf1 axis promotes CD8+ TPEX differentiation and antitumor immunity
发表期刊:Journal of Experimental Medicine
影响因子:10.6 发表日期:2026/3/27
发表单位:中国科技大学
修饰类型:m3C 修饰分子:mRNA
云序助力:AlkAniline-Seq,RIP-Seq
CD8+ T细胞耗竭是有效癌症免疫治疗的主要障碍。虽然干细胞样祖细胞耗竭T细胞(TPEX)可以分化为中间型(Int-TEX)和终末耗竭(TEX)亚群,但该过程的表观遗传调控尚不清楚。该研究鉴定到RNA甲基转移酶Mettl8为关键调控因子,其在TPEX亚群中的表达显著高于TEX亚群。在抗PD-1应答的非小细胞肺癌患者中,Mettl8和干细胞因子TCF7的表达下调。在小鼠模型中,Mettl8敲除通过驱动TPEX分化为有效的Int-TEX细胞来抑制肿瘤进展。从机制上讲,Mettl8通过m3C修饰稳定Tcf7 mRNA,并增强Tcf1蛋白的表达。此外,Mettl8与Tcf1相互作用,促进Tox基因座处的染色质环化,维持TPEX的干细胞特性。药物性Mettl8抑制促进了TPEX向Int-TEX的分化及肿瘤控制。将这种抑制与抗PD-1治疗相结合产生了协同疗效。该研究确立了Mettl8作为TPEX命运的关键调控因子,并使其成为增强免疫治疗的潜在治疗靶点。
云序生物为此研究提供AlkAniline-Seq和RIP-Seq服务,精准绘制了CD8+ T细胞中Mettl8介导的m3C修饰图谱及其靶RNA结合谱。通过联合分析,发现Mettl8直接结合并稳定Tcf7 mRNA上的m3C修饰位点,进而维持Tcf1蛋白表达,调控下游Tox基因的染色质环结构,揭示Mettl8通过m3C依赖机制调控CD8⁺ T细胞干性向效应性分化、增强抗肿瘤免疫的关键分子机制。

图4 Mettl8促进CD8+ T细胞中Tcf7 mRNA的m3C修饰

云序用户文章:丹参酚酸B通过靶向m5C介导的CX26/IκBα/NF-κB信号通路减轻类风湿关节炎的进展

发表期刊:Phytomedicine
影响因子:8.3 发表日期:2026/5/16
发表单位:北京大学深圳医院
修饰类型:m5C 修饰分子:mRNA
云序助力:m5C Bis-Seq,RNA-Seq
类风湿关节炎(RA)是一种慢性炎症性自身免疫疾病,开发新的治疗靶点和创新药物仍面临巨大挑战。此研究通过多组学分析系统评估了m5C修饰在RA发生发展中的作用,并鉴定出CX26是一个在RA成纤维样滑膜细胞(RA-FLSs)中选择性高表达的m5C修饰基因。研究发现,RA患者滑膜组织中CX26表达水平与免疫炎症活化状态、临床特征及治疗结局密切相关。进一步机制研究表明,炎症因子TNF可增强CX26 mRNA的m5C甲基化水平,提高其稳定性和表达量,而CX26则通过激活IκBα/NF-κB信号通路促进RA-FLSs的增殖、迁移和侵袭,加剧炎症进程。研究还发现,丹参酚酸B(Salvianolic Acid B,SAB)能够降低CX26 mRNA的m5C修饰水平,抑制CX26表达,从而阻断CX26/IκBα/NF-κB信号通路介导的病理表型。在分子模拟分析和胶原诱导性关节炎(CIA)小鼠模型中,SAB均表现出显著的抗关节炎作用。总体而言,此研究揭示了m5C修饰通过调控CX26促进RA进展的分子机制,并提出CX26有望成为RA治疗的新型靶点,而SAB则具有成为RA潜在治疗药物的应用前景。
云序生物为此研究提供m5C Bis-Seq和RNA-Seq服务,全面绘制TNF-α刺激下RA-FLS细胞中m5C甲基化图谱及其转录组表达谱,精准锁定CX26为受m5C甲基化调控的关键基因,发现TNF-α增强CX26 mRNA 3′UTR区域的m5C修饰水平,提高其RNA稳定性及表达,进而激活IκBα/NF-κB信号通路,促进RA-FLS的增殖、迁移与侵袭。

图5 多组学分析表明,CX26是类风湿关节炎发病机制中m5C RNA甲基化的潜在调控基因

云序用户文章:NAT10/ac4C通过染色质重塑抑制转座元件驱动肝内胆管癌

发表期刊:PNAS
影响因子:9.1 发表日期:2026/5/14
发表单位:浙江大学附属邵逸夫医院
修饰类型:ac4C 修饰分子:mRNA
肝内胆管癌(ICC)由于起病隐匿、生物学行为侵袭性强且易早期转移,5年生存率不足10%,临床治疗仍面临重大挑战。尽管对肿瘤发生过程中基因调控网络和染色质状态变化已有一定认识,但RNA表观转录组修饰与细胞核事件之间的功能联系仍不清楚。此研究发现ac4C mRNA修饰写入酶NAT10是调控ICC恶性进展的关键因子。多组学分析显示,NAT10介导的ac4C修饰可增强染色质组装因子CHAF1A mRNA的稳定性。机制上,NAT10–ac4C–CHAF1A轴通过表观遗传方式抑制核内转座元件HERV9NC的表达,减少双链RNA积累,从而促进肿瘤细胞增殖与迁移,并削弱先天免疫反应,导致细胞毒性T细胞浸润减少及免疫监视能力下降,形成免疫抑制性肿瘤微环境。药理学上,小分子抑制NAT10在患者来源异种移植及原位移植模型中均表现出显著抗肿瘤效果。总体而言,此研究揭示NAT10作为连接RNA表观转录组重编程与染色质调控的关键枢纽,并提示其ac4C修饰具有潜在可药物靶向价值,为ICC治疗提供了新的策略。
云序生物为该研究提供acRIP-Seq和LC/MS-MS服务,证明NAT10缺失会导致mRNA中ac4C水平显著降低,进而影响染色质重塑相关基因的表达。

图6 NAT10基因敲除显著降低ac4C的丰度并破坏其在ICC细胞中的分布
小 结
RNA修饰研究正在从单一修饰检测,逐步迈向多维机制解析与系统生物学整合阶段。
随着研究不断深入,如何在复杂的转录后调控网络中精准识别关键修饰位点及其功能靶标,已成为该领域的重要科学问题。
云序生物持续为科研工作者提供稳定可靠的RNA修饰测序与多组学分析支持,助力研究者在肿瘤、免疫及代谢等方向不断产出高质量科研成果。
未来,云序将继续围绕RNA表观转录组领域,完善技术体系与分析能力,为更多机制研究与转化研究提供坚实支撑。

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云序生物介绍
上海云序生物科技有限公司(简称“云序生物”)成立于2015年,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,是国家高新技术企业及ISO9001认证单位。公司以RNA修饰组、表观遗传学与新型时空组学为特色,依托高通量测序、质谱技术、生物信息学等平台,致力于为全球科研与临床用户提供专业、精准、系统性的组学解决方案。云序生物以“技术创新+全链条服务”为核心,通过专利技术应用(如GLORI)、临床微量样本技术优化及单细胞-空间多组学整合能力,持续推动表观遗传与转录组学发展,赋能基础科研与精准医疗。
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R-loop研究(ssDRIP-Seq、DRIPc-Seq、R-loop CUT&Tag)
蛋白-RNA互作(RIP-Seq、RNA Pull-down-MS)
染色质可及性(ATAC-Seq)
组蛋白修饰 (CUT&Tag、ChIP-Seq)
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5. 前沿时空组学技术
提供各类前沿单细胞多组学与空间原位分析技术,如3’/5’端单细胞转录组测序、单细胞BCR/TCR测序、单细胞ATAC-Seq、单细胞组蛋白修饰测序和空间转录组等。

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