高分连发!非编码RNA RNA修饰双热点联合,2025高分文章集锦!

往期回顾

1

糖基化RNA新技术:GlycoRNA研究再突破!中山大学团队揭示长链RNA也存在糖基化修饰,Clier-seq技术实现精准鉴定

2

云序客户相关文章:又一用户文章Molecular CancerIF=27.7 | m7G修饰的circRNA在结直肠癌发展中的调控机制

3

云序客户相关文章:云序用户 Cell Metabolism(IF 27.7)重磅突破:m6A-去泛素化-组蛋白丙酰化共同调控脂肪肝的分子密码

4

云序客户近期文章汇总:顶刊连发!云序客户近期成果频登《Nature Biotech》等顶级期刊!

 

引 言

 

自2012年MeRIP-seq(RNA甲基化免疫沉淀测序)技术发明以来,RNA修饰研究进入“黄金时代”。对m6A、m5C、ac4C等修饰的机制探索和功能解析催生了无数高分文章和重磅发现,迅速将这一领域推进为生命科学研究热点之一。

以m6A为代表的RNA修饰的研究对象主要是mRNA分子,其研究思路已经成为领域内的成熟套路。然而,随着研究的深入,单纯针对mRNA修饰的研究“故事”已经很难讲出新意,赛道变得异常拥挤,套路式研究难以突破10分文章的瓶颈。但这并非意味着RNA修饰研究走到了尽头,恰恰相反,它正指引研究者们奔赴下一片更具潜力的“新大陆”。要想在RNA修饰领域继续做出突破性工作,两大趋势日益清晰:

一、联动其他修饰类型:不再孤立地看待某一种特定修饰,而是探索多元修饰之间的交叉对话,研究RNA修饰如何与蛋白修饰、核小体修饰等协同调控生命活动。

二、研究转向非编码RNA(ncRNA):将目光从mRNA投向更丰富的非编码RNA,尤其是功能神秘、数量庞大的长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)。

lncRNA是一类长度超过200nt、不编码蛋白质、结构复杂的转录本,可与DNA、mRNA及蛋白质相互作用,从而通过干扰转录、诱导染色质重构和核小体修饰、调控可变剪接等多种机制调控基因表达,进而在表观遗传、细胞分化与发育、miRNA调节、疾病发生等生物学过程中发挥重要作用。

circRNA由mRNA前体(pre-mRNA)的反向剪接产生,具有闭合环状结构,不存在5’端帽子和3’端poly(A)尾巴,不受RNA核酸外切酶影响,表达更稳定且不易降解。circRNA可以作为miRNA海绵,影响miRNA对靶基因的抑制作用、与转录因子结合调控基因的转录、还可以促进蛋白质-蛋白质相互作用,从而参与生长发育、疾病发生发展、免疫响应等生物学过程。

lncRNA和circRNA作为细胞命运的关键调控者,其自身的修饰状态如同一个全新的“调控密码”,正迅速成为生命科学领域的全新前沿。解析RNA修饰如何影响lncRNA和circRNA的稳定性、定位和功能,不仅有助于我们理解发育、癌症、神经疾病等重大生命过程的底层逻辑,更孕育着下一批颠覆性的发现。

下面,云序生物总结了14篇非编码RNA修饰领域的高分文章,覆盖m6A、ac4C、m7G、m5C修饰和lncRNA、circRNA、核糖体RNA(rRNA)多种分子,帮助各位老师了解RNA修饰如何调控非编码RNA进而影响生命活动,助力更多高分文章的产出。

 

非编码RNA修饰2025高分文章总表

 

 

 

 

云序客户文章

 

 

 

靶向富含m7G的circKDM1A可预防结直肠癌进展

标题:Targeting m7G-enriched circKDM1A prevents colorectal cancer progression

发表时间:2024/8/30

发表期刊:Molecular Cancer

影响因子:33.9

修饰类型:m7G  修饰分子:circRNA

云序提供服务:m7G MeRIP-seqRNA-seq

研究方法:RIP-qPCRMeRIP-qPCR、荧光原位杂交、RNA pull-down、Transwell实验等

研究摘要:据报道,大量的circRNA在结直肠癌(CRC)中发挥着重要作用,但癌症中circRNA表达异常的原因仍然难以捉摸。本研究发现,某些circRNA上富集了m7G RNA修饰,这些修饰由METTL1催化,且GG基序是circRNA上m7G修饰的主要偏好位点。研究进一步证实METTL1在CRC中起促癌作用,并筛选出一个高表达的circRNA——circKDM1A,并发现METTL1通过m7G修饰阻止了circKDM1A的降解。circKDM1A在体内外均被证实可促进CRC的增殖、侵袭和迁移。当m7G位点突变后,其促癌能力被削弱。研究证实,circKDM1A通过上调PDK1激活AKT通路,进而促进CRC进展。这些结果表明,m7G修饰的circRNA通过激活AKT通路促进CRC进展。本研究揭示了METTL1介导的m7G修饰在调控circRNA稳定性和癌症进展中的关键生理功能与机制。

 

 

高分文章案例

 

 

01

CircRNF13以m6A依赖性方式增强IGF2BP1相分离介导的ITGB1 mRNA稳定性,从而促进口腔癌顺铂化疗耐药

标题:CircRNF13 enhances IGF2BP1 phase separation-mediated ITGB1 mRNA stabilization in an m6A-dependent manner to promote oral cancer cisplatin chemoresistance

发表时间:2025/1/31

发表期刊:Molecular Cancer

影响因子:33.9

修饰类型:m6A  修饰分子:circRNA

研究方法:MeRIP-qPCRRIP-qPCR、FRAP、免疫荧光和荧光原位杂交、RNA pull-down-WB等

研究摘要:口腔癌是头颈部最常见的恶性肿瘤之一。但其发病机制至今尚未被完全阐明。许尽管环状RNA(circRNA)在多种人类癌症中的调控作用已被广泛报道,并显示出作为癌症生物标志物的潜力,然而其在口腔癌中的具体作用机制仍不清楚。该研究通过分析口腔癌中的环状RNA表达谱,发现circRNF13(circbaseID: has_circ_0006801)在口腔癌细胞和组织中表达显著上调。数据表明,circRNF13的表达水平与口腔癌的肿瘤分级和临床分期呈正相关。体外和体内实验结果表明,circRNF13能够促进癌细胞增殖和肿瘤生长,同时降低肿瘤对顺铂的敏感性。从机制上讲,circRNF13与m6A“reader”蛋白IGF2BP1相互作用,抑制其泛素化介导的降解,并促进其发生相分离。随后,circRNF13通过IGF2BP1以依赖于m6A修饰的方式增强ITGB1 mRNA的稳定性。ITGB1 mRNA的m6A修饰受到IGF2BP1相分离的调节,从而促进口腔癌细胞的恶性进展。这些证据将circRNF13定位为口腔癌发病机制中的关键调节分子,并表明其作为治疗靶点的潜力。

 

02

m6A修饰的circRAPGEF5通过IGF2BP2/NUP160介导的自噬抑制驱动肺腺癌进展和转移

标题:M6A-Methylated circRAPGEF5 drives lung adenocarcinoma progression and metastasis via IGF2BP2/NUP160-mediated autophagy suppression

发表时间:2025/7/8

发表期刊:Molecular Cancer

影响因子:33.9

修饰类型:m6A  修饰分子:circRNA

研究方法:MeRIP-qPCRRIP-qPCRRNA pull-down-质谱/MS、Transwell、免疫荧光和荧光原位杂交、放线菌素D实验等

研究摘要:

  • 背景——肺腺癌(LUAD)作为非小细胞肺癌的主要组织学亚型,其肿瘤发生过程涉及RNA结合蛋白(RBPs)和环状RNA(circRNAs)的关键调控作用。新的证据强调了circRNA-自噬调控轴是癌症进展的关键调节因子。该研究系统地阐明了RBP-circRNA-自噬网络在LUAD发病机制中的功能相互作用。

  • 方法——采用RNA pull-down-质谱/MS和RNA免疫沉淀法(RIP-qPCR)探索circRAPGEF5的结合蛋白。m6A甲基化RNA免疫沉淀-PCR(MeRIP-qPCR)用于m6A分析。进行免疫荧光(IF)和荧光原位杂交(FISH)以确定靶基因的亚细胞定位。采用mRFP-GFP-LC3荧光慢病毒标记监测自噬流水平。并通过小鼠异种移植证实circRAPGEF5的作用。

  • 结果——通过全面的分子分析,研究发现LUAD细胞中circRAPGEF5表达上调,从而显著抑制自噬流,同时促进恶性表型,包括增强增殖、迁移和侵袭能力。机制研究表明,circRAPGEF5直接接与m6A"reader"蛋白——胰岛素样生长因子2 mRNA结合蛋白2(IGF2BP2)的KH3-4功能结构域相互作用。这种相互作用促进了IGF2BP2介导的NUP160 mRNA(核孔复合体组分)的稳定。通过RNA干扰敲低NUP160基因,有效恢复了自噬活性,从而减弱了LUAD细胞的侵袭性生物学行为。使用异种移植模型进行的体内验证表明,circRAPGEF5/IGF2BP2/NUP160信号轴通过抑制自噬,促进肿瘤生长和转移扩散。

 

03

CircZFR/YTHDF3轴通过促进FASN翻译驱动宫颈癌淋巴结转移

标题:CircZFR/YTHDF3 axis drives lymph node metastasis in cervical cancer via FASN translation 

发表时间:2025/8/21

发表期刊:Molecular Cancer

影响因子:33.9

修饰类型:m6A  修饰分子:circRNA

研究方法:MeRIP-qPCRRIP-qPCR、Co-IP-WB、RNA pull-down-WB等

研究摘要:

  • 背景——淋巴结转移是宫颈癌患者预后不良的关键驱动因素。然而,环状RNA(circRNA)驱动宫颈癌淋巴结转移的分子机制仍不清楚。

  • 方法——研究比较了无病生存期(DFS)长和短的宫颈癌患者组织中circZFR、脂肪酸合酶(FASN)及YTH N6-甲基腺苷RNA结合蛋白3(YTHDF3)的表达水平。通过功能实验探究了circZFR、FASN和YTHDF3对细胞迁移和侵袭的影响。采用MeRIP-qPCR、RNA Pull Down、RNA免疫沉淀-qPCR(RIP-qPCR)和免疫共沉淀(Co-IP)实验来研究circZFR调控FASN蛋白表达的分子机制。

  • 结果——研究表明,FASN蛋白水平升高与宫颈癌转移和生存率降低密切相关,并确定circZFR是一个重要的调节因子,可显着增强FASN蛋白的表达。circZFR的过表达与淋巴结转移加速和无病生存期缩短显著相关。从机制上讲,circZFR通过与m6A“reader”蛋白YTHDF3结合,促进了YTHDF3对FASN mRNA上m6A修饰的识别,并进一步招募翻译起始因子eIF4A3,从而共同增强了FASN的翻译效率。

  • 结论——这些研究结果表明circZFR是宫颈癌进展的关键驱动因素,抑制circZFR是一种潜在的治疗策略。

 

04

METTL5介导的18S rRNA m6A修饰增强拟南芥核糖体组装和ABA应答

标题:METTL5‐mediated 18S rRNA m6A modification enhances ribosome assembly and ABA response in Arabidopsis

发表时间:2025/6/13

发表期刊:iMeta

影响因子:33.2

修饰类型:m6A  修饰分子:rRNA

研究方法:RNA-seqRNA修饰质谱MeRIP-qPCR、Dot Blot、m6A-CLIP-seq、Y2H、SUnSET等

研究摘要:METTL5催化18S rRNA中A1771位点的N6-甲基腺苷(m6A)修饰,该修饰对rRNA与核糖体蛋白RPL24A的结合至关重要,并促进80S核糖体的组装。这有助于编码解毒性谷胱甘肽S-转移酶(GST)的mRNA的翻译,从而维持正常的活性氧(ROS)水平并确保适当的脱落酸(ABA)响应。在mettl5突变体中,m6A1771修饰的缺失损害了RPL24A的整合及核糖体组装,进而削弱了GSTs的翻译效率。这最终导致ROS过度积累并对ABA表现出超敏反应。

 

05

核内paraspeckle环状RNA TACC3组装体通过形成RNA-DNA杂交体,以m6A依赖性方式促进MASH相关肝细胞癌生长

标题:Intranuclear paraspeckle‐circular RNA TACC3 assembly forms RNA‐DNA hybrids to facilitate MASH‐related hepatocellular carcinoma growth in an m6A‐dependent manner

发表时间:2025/10/16

发表期刊:Cancer Communications

影响因子:24.9

修饰类型:m6A  修饰分子:circRNA

研究方法:RIP-qPCRCUT&Tag-seqHi-C技术、m6A-circRNA芯片、RNA pull-down、TUNEL、CLIP-qPCR、WB、免疫荧光和荧光原位杂交、DRIP-ChIRP等

研究摘要:

  • 背景——代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)预计将成为肝细胞癌(HCC)的主要病因。越来越多的证据表明,N6-甲基腺苷(m6A)修饰的环状RNA(circRNA)在肿瘤恶性进展中起关键作用。然而,在MASH相关HCC中,circRNA及其m6A修饰调控网络如何响应代谢重编程(如脂质超载应激)以驱动恶性肿瘤进展的确切分子机制尚不清楚。研究旨在探讨m6A修饰的circRNA在MASH相关HCC中的作用及调控网络。

  • 方法——使用表观转录组芯片分析和原位杂交实验验证circTACC3在MASH相关HCC样本中的表达。应用棕榈酸(PA)和油酸(OA)处理NAC组装的3D类器官和HCC细胞系,以模拟病理性的脂质超载状态。利用荧光寿命成像显微镜-福斯特共振能量转移技术(FLIM-FRET)研究circTACC3与paraspeckle的相互作用。整合DNA-RNA免疫共沉淀与RNA纯化染色质分离(DRIP-ChIRP)、靶向标签化下的γH2AX切割以及高通量/高分辨率染色体构象捕获测序(Hi-C技术),综合分析脂质超载期间circTACC3形成的RNA-DNA杂交体在DNA双链断裂位点诱导的染色质重塑。

  • 结果——在MASH相关HCC中最普遍的m6A修饰circRNA——circTACC3,对肿瘤细胞的胞内脂质积累、生长及环境适应性存活具有显著影响。在脂质超载条件下,circTACC3直接与非POU结构域包含的八聚体结合蛋白相互作用,组装成核内亚核结构paraspeckle。该过程依赖于circTACC3的m6A修饰位点,并促进了其核内滞留。通过DRIP-ChIRP测序,我们证实含有circTACC3的paraspeckle被募集至DNA双链断裂焦点处形成R-loop。我们发现了4个高度富集的DNA双链断裂-circTACC3-R-loop基序。这些R-loop进一步促进了拓扑相关结构域的接触与融合,并选择性激活了与MASH相关HCC恶性表型相关的基因。值得注意的是,circTACC3-R-loop对circTACC3 paraspeckle的组装和TADs的成簇发挥了正向反馈调控作用。

  • 结论——这项研究揭示了m6A修饰依赖性的circTACC3-paraspeckle组装导致在DNA双链断裂位点形成R-loop,进而引起染色质重塑并激活参与MASH相关HCC恶性进展的基因。该过程为识别潜在治疗靶点提供了方向。

 

06

m6A修饰的circRAPGEF1通过与IGF2BP3相互作用,重编程天冬氨酸代谢促进肝细胞癌进展

标题:m6A‐Modified circRAPGEF1 Interaction with IGF2BP3 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression via Reprogramming Aspartate Metabolism

发表时间:2025/8/13

发表期刊:Advanced Science

影响因子:14.1

修饰类型:m6A  修饰分子:circRNA

研究方法:RNA pull-down-质谱/MSRIP-qPCRRNA-seq、circRNA芯片、成球实验、WB、放线菌素D实验、双荧光素酶报告实验、荧光原位杂交等

研究摘要:肝细胞癌(HCC)的进展和治疗敏感性在很大程度上由肝癌干细胞(LCSCs)驱动,然而环状RNA(circRNA)对LCSCs的调控机制尚不清楚。本研究通过对LCSCs和非干细胞HCC细胞进行circRNA芯片分析,发现circRAPGEF1是一种在LCSCs中富集的circRNA,其在HCC组织中表达上调,且预示患者预后不良。功能上,circRAPGEF1促进了HCC细胞的干性特征、增殖能力和成瘤性。机制上,METTL3介导的circRAPGEF1的N6-甲基腺苷(m6A)修饰,促进了IGF2BP3通过其KH结构域依赖性地结合到circRAPGEF1的UGGAC基序上,这既赋予了circRAPGEF1稳定性,又竞争性地破坏了IGF2BP3与ASS1 mRNA之间的相互作用。这一过程导致ASS1 mRNA降解,引发天冬氨酸积累并激活S6K/CAD信号通路。关键的是,circRAPGEF1过表达降低了HCC细胞对索拉非尼的敏感性,而利用纳米颗粒介导的系统性siRNA递送靶向circRAPGEF1,则能有效增强HCC细胞对索拉非尼的敏感性。总之,这些研究结果揭示了一条METTL3/circRAPGEF1/IGF2BP3/ASS1调控轴,它通过驱动天冬氨酸代谢重编程来促进HCC的干细胞特性,从而将circRAPGEF1定位为一个兼具预后生物标志物和治疗靶点潜力的分子,可用于增强HCC中索拉非尼的疗效。

 

07

源自癌症相关成纤维细胞的胞外囊泡包装的circTAX1BP1,通过VIRMA蛋白的乳酰化调控结直肠癌细胞中的RNA m6A修饰

标题:Extracellular Vesicle‐Packaged circTAX1BP1 from Cancer‐Associated Fibroblasts Regulates RNA m6A Modification through Lactylation of VIRMA in Colorectal Cancer Cells

发表时间:2025/9/29

发表期刊:Advanced Science

影响因子:14.1

修饰类型:m6A  修饰分子:circRNA

研究方法:RNA pull-down-质谱/MSRIP-qPCRRNA-seqMeRIP-qPCRChIP-qPCR、Dot Blot、circRNA芯片、WB、放线菌素D实验、免疫荧光和荧光原位杂交、外泌体表征、分离和成像等

研究摘要:结直肠癌肝转移(CRLM)的潜在分子机制尚不明确。该研究发现,在CRLM中,源自癌症相关成纤维细胞(CAFs)的胞外囊泡(EVs)显著富集circTAX1BP1,且其富集与不良预后相关。破坏EV包装的circTAX1BP1可在体内外显著抑制CRLM。机制上,CAF来源的EV包装circTAX1BP1被递送至结直肠癌(CRC)细胞,在其中与VIRMA结合,并通过招募AARS2促进其在赖氨酸1713位点的乳酰化修饰。乳酰化的VIRMA增强了SP1 mRNA的m6A修饰及稳定性。SP1介导TGF-β的转录,从而增强了CRC细胞的上皮-间质转化及TGF-β的旁分泌。值得注意的是,本研究通过已发表的单细胞RNA测序数据鉴定出了一个重要的亚群——ITGA11+肌成纤维细胞样CAFs(myCAFs)。CRC细胞旁分泌的TGF-β特异性靶向ITGA11+ myCAFs,激活其TGF-β信号通路,从而促进细胞外基质重塑并增加EV包装circTAX1BP1的递送,由此形成一个促进CRLM的正反馈通路。最后,在患者来源异种移植(PDX)模型中,联合阻断EV包装circTAX1BP1和TGF-β可有效破坏该反馈通路,并显著抑制肿瘤进展。总之,该研究为深入理解肿瘤细胞与CAFs之间的相互作用提供了新视角,并为CRLM的治疗靶点带来了新见解。

 

08

N4-乙酰胞苷修饰介导的CD2BP2-DT通过驱动YBX1相分离稳定CDK1并促进乳腺癌进展

标题:N4‐Acetylcytidine‐Mediated CD2BP2‐DT Drives YBX1 Phase Separation to Stabilize CDK1 and Promote Breast Cancer Progression

发表时间:2025/2/20

发表期刊:Advanced Science

影响因子:14.1

修饰类型:ac4C  修饰分子:lncRNA

研究方法:RIP-qPCRRNA-seq、RNA pull-down-WB、Dot Blot、WB、放线菌素D实验、免疫荧光和荧光原位杂交、FRAP等

研究摘要:长链非编码RNA(lncRNA)在乳腺癌的发生与进展中起着关键作用。然而,lncRNA在乳腺癌中的具体机制和生物学功能仍未完全阐明。研究通过生物信息学分析鉴定出一个新型lncRNA——CD2BP2-DT,其在乳腺癌中过表达,并与不良的临床病理特征及较差的总生存期相关。体内外实验均证明,CD2BP2-DT能促进乳腺癌细胞的增殖。机制上,NAT10介导了CD2BP2-DT的N4-乙酰胞苷(ac4C)修饰,从而增强了其RNA稳定性和表达水平。更重要的是,CD2BP2-DT通过介导YBX1的相分离,增强了CDK1 mRNA的稳定性,进而促进了乳腺癌细胞的增殖。总之,本研究发现lncRNA CD2BP2-DT通过YBX1/CDK1轴成为驱动乳腺癌细胞增殖的关键因子,突出了其作为乳腺癌潜在生物标志物和治疗靶点的重要价值。

 

09

hsa_circ_0058495通过介导IGF2BP2泛素化及MEKK1的m6A修饰促进胰腺导管腺癌(PDAC)进展

标题:Hsa_circ_0058495-mediated IGF2BP2 ubiquitination and m6A modification of MEKK1 promote the progression of PDAC

发表时间:2025/9/12

发表期刊:Theranostics

影响因子:13.3

修饰类型:m6A  修饰分子:circRNA

研究方法:RIP-qPCRscRNA-seq、RNA pull-down-WB、circRNA芯片、WB、放线菌素D实验、ELISA等

研究摘要:

  • 背景——胰腺导管腺癌(PDAC)是一种具有高度侵袭性且临床预后极差的恶性肿瘤。该研究鉴定出hsa_circ_0058495在PDAC组织及PDAC细胞来源的外泌体中显著上调,并证实其参与促进肿瘤增殖与侵袭。然而,其致癌功能背后的分子机制尚未完全阐明。

  • 方法——通过已发表的RNA测序分析差异性circRNA表达谱。利用Western blotting、RT-qPCR、Co-IP、RNA Pull‑Down及RIP-qPCR等技术探究hsa_circ_0058495的功能及其分子互作机制。通过共聚焦显微镜及PET/CT成像技术在体内外阐明其生物学效应。

  • 结果——Hsa_circ_0058495在PDAC来源的外泌体中富集,并通过阻止TRIM25介导的泛素化及减弱自噬依赖性降解来稳定IGF2BP2蛋白。稳定的IGF2BP2增强了MEKK1 mRNA的稳定性,进而持续激活ERK1/2磷酸化,从而促进PDAC细胞的增殖与侵袭。此外,外泌体来源的hsa_circ_0058495促进了M2型巨噬细胞极化,从而塑造了免疫抑制性肿瘤微环境。

  • 结论——Hsa_circ_0058495通过稳定IGF2BP2并激活MEKK1‑ERK信号通路促进PDAC进展,同时其外泌体传递驱动M2型巨噬细胞极化,进而加强肿瘤相关免疫抑制。这些发现确立了hsa_circ_0058495作为PDAC进展的关键调控因子,并提示其兼具诊断生物标志物与治疗靶点的潜在价值。

 

10

LINC02167以m5C依赖性方式稳定KSR1 mRNA,通过调控ERK/MAPK信号通路促进结直肠癌转移

标题:LINC02167 stabilizes KSR1 mRNA in an m5C-dependent manner to regulate the ERK/MAPK signaling pathway and promotes colorectal cancer metastasis

发表时间:2025/4/15

发表期刊:Journal of Experimental & Clinical Cancer Research

影响因子:12.8

修饰类型:m5C  修饰分子:lncRNA

研究方法:RIP-qPCRChIRP-MSRNA-seqMeRIP-qPCRChIP-qPCR、Dot Blot、放线菌素D实验、免疫荧光和荧光原位杂交、RNA pull-down-WB、Transwell实验、荧光素酶报告基因检测等

研究摘要:

  • 背景——转移是结直肠癌(CRC)患者死亡的主要原因,但其分子机制尚不清楚。长链非编码RNA(lncRNA)已成为CRC转移的关键调控因子,但其具体作用尚未完全阐明。该研究鉴定并表征了一个新型lncRNA——LINC02167,作为CRC转移的关键调控因子。

  • 方法——通过qPCR和荧光原位杂交分析LINC02167在CRC组织中的表达。通过功能实验评估其在体外和体内对CRC细胞迁移、侵袭和转移的作用。机制研究综合运用了RNA-seqChIRP-MS分析、RNA Pull-Down、RIP-qPCRChIP-qPCR、荧光素酶报告基因检测、RNA稳定性测定及生物信息学分析等技术,以揭示LINC02167调控的分子互作与信号通路。

  • 结果——LINC02167在CRC组织中显著上调,且与晚期临床特征及不良预后密切相关。功能分析表明,LINC02167在体外增强CRC细胞的迁移和侵袭能力,并在体内促进转移。机制上,LINC02167作为分子支架,与YBX1和ILF3形成复合物,促进YBX1结合至KSR1 mRNA上由NSUN2介导的m5C修饰位点,从而稳定KSR1 mRNA并激活ERK/MAPK信号通路,驱动CRC转移。此外,MYC驱动的转录激活导致了LINC02167在CRC中的上调。

  • 结论——本研究揭示了LINC02167通过m5C修饰促进ERK/MAPK通路及CRC转移的新机制,强调了其作为转移性CRC治疗潜力靶点的重要价值。

 

11

m5C修饰的circRREB1通过诱导线粒体自噬促进肺癌进展

标题:m5C-modified circRREB1 promotes lung cancer progression by inducing mitophagy

发表时间:2025/7/14

发表期刊:Journal of Experimental & Clinical Cancer Research

影响因子:12.8

修饰类型:m5C  修饰分子:circRNA

研究方法:RIP-qPCRRNA-seqMeRIP-qPCR、CLIP-qPCR、m5C修饰芯片、放线菌素D实验、免疫荧光和荧光原位杂交、Co-IP-WB、TRAP等

研究摘要:

  • 背景——肺癌是最常见的恶性肿瘤,也是癌症相关死亡的主要原因。环状RNA(circRNA)具有重要的生物学功能,与肿瘤发展密切相关。5-甲基胞嘧啶(m5C)修饰能够调控RNA的分子命运,从而影响疾病发展。

  • 方法——采用高通量RNA-seq构建circRNA差异表达谱。通过甲基化RNA免疫沉淀(MeRIP-qPCR)与交联免疫沉淀(CLIP-qPCR)技术探究circRREB1的m5C修饰情况。通过RNA稳定性实验、荧光原位杂交(FISH)及核质分离实验探索m5C修饰对circRREB1的影响。建立circRREB1的敲低与过表达体系,开展体外及体内实验研究其生物学功能。利用标记RNA亲和纯化(TRAP)、RNA免疫沉淀(RIP-qPCR)及免疫共沉淀(Co-IP)实验揭示circRREB1的分子作用机制。

  • 结果——该研究发现circRREB1在肺癌组织及细胞中高表达,且高表达circRREB1的患者预后较差。circRREB1经历了由甲基转移酶NSUN2介导的m5C修饰。该修饰通过m5C阅读蛋白ALYREF促进其核输出。功能研究表明,circRREB1在体内外均能促进肺癌进展。机制上,circRREB1直接结合HSPA8并通过抑制其泛素依赖性降解来稳定该蛋白,从而经由HSPA8/PINK1/Parkin信号轴诱导线粒体自噬,最终促进肺癌的发展。

  • 结论——研究揭示了circRREB1存在m5C修饰,并证明m5C修饰的circRREB1能够诱导线粒体自噬,最终促进肺癌进展。这些发现不仅为进一步探索肺癌发展的机制提供了理论基础,也为肺癌治疗提供了潜在靶点。

 

12

N6-甲基腺苷修饰的circDCP2通过PI3K-AKT通路及巨噬细胞稳态促进碳黑纳米颗粒诱导的人支气管上皮细胞恶性转化

标题:N6-methyladenosine-modified circDCP2 promotes carbon black nanoparticle-induced malignancy in human bronchial epithelial cells via PI3K-AKT pathway and macrophage homeostasis

发表时间:2025/8/7

发表期刊:Journal of Nanobiotechnology

影响因子:12.6

修饰类型:m6A  修饰分子:circRNA

研究方法:全转录组测序RNA pull-down-质谱/MSRIP-qPCRRNA-seqMeRIP-qPCR、流式细胞仪分析、细胞凋亡检测、体内毒性检测、Transwell实验、放线菌素D实验、荧光原位杂交等

研究摘要:长期暴露于环境中的碳黑纳米颗粒(CBNP)已被证实会增加肺部恶性肿瘤的风险。然而,表观遗传调控,尤其是环状RNA(circRNA)在此过程中的作用尚不清楚。通过全转录组测序RNA-seq分析,研究发现circDCP2在CBNP诱导转化的细胞及临床肺癌组织中表达上调。此外,circDCP2在体外和体内均能促进肿瘤进展。从机制上看,circDCP2的N6-甲基腺苷(m6A)修饰通过结合异质核糖核蛋白A2/B1(HnRNPA2B1),促进了细胞周期蛋白D1(CCND1)的转录上调,从而激活PI3K-AKT信号通路并推动恶性转化。此外,circDCP2还通过促进IGF2BP3-JAK-STAT信号通路,驱动肿瘤相关巨噬细胞(TAM)通过分泌细胞因子重编程为M2型TAM,有助于形成免疫抑制微环境,进一步加速肿瘤的发生与发展。研究表明,circDCP2是促进CBNP诱导的肺癌发生的重要调控因子,并可能作为肺癌患者潜在的诊断生物标志物和有前景的治疗靶点。

 

13

ALKBH3-AS1通过YTHDF2驱动SMAD3稳定:揭示系统性红斑狼疮中Th17细胞失调的致病途径

标题:ALKBH3-AS1 drives SMAD3 stabilization via YTHDF2: Uncovering a pathogenic pathway for Th17 dysregulation in SLE

发表时间:2025/10/12

发表期刊:Pharmacological Research

影响因子:10.5

修饰类型:m6A  修饰分子:lncRNA

研究方法:RIP-qPCRRNA pull-down-质谱/MS、lncRNA芯片、流式细胞仪分析、荧光原位杂交、双荧光素酶报告基因检测、放线菌素D实验、H&E染色等

研究摘要:Th17细胞与白细胞介素-17A(IL-17A)驱动着系统性红斑狼疮(SLE)及狼疮性肾炎(LN)的发病。尽管骨髓源性抑制细胞(MDSCs)能促进Th17细胞的分化,但其表观遗传学机制尚不清楚。本研究证实,长链非编码RNA——ALKBH3-AS1参与了MDSC介导的Th17细胞分化。在与MDSCs共培养的Th17细胞中,ALKBH3-AS1的表达显著被抑制(Th17 + MDSC vs. Th17 alone),而使用精氨酸酶抑制剂nor-NOHA处理可逆转这种抑制(Th17 + MDSC + nor-NOHA vs. Th17 + MDSC)。临床上,SLE患者外周血单个核细胞(PBMCs)中ALKBH3-AS1水平降低,与疾病严重程度及Th17细胞比例呈负相关。过表达ALKBH3-AS1或其小鼠同源基因(Alkbh3os1)可抑制TGF-β/SMAD信号通路并阻断体外Th17细胞分化,而基因敲低则产生相反效果。机制上,ALKBH3-AS1作为分子支架,将SMAD3 mRNA募集至m6A阅读蛋白YTHDF2,从而加速SMAD3的降解。在治疗层面,过表达Alkbh3os1可抑制TGF-β/SMAD信号通路,减少Th17细胞分化,并在体内减轻LN的病理损伤。

综上所述,这些结果表明ALKBH3-AS1是Th17细胞驱动的自身免疫过程中YTHDF2介导的SMAD3降解的关键表观遗传调控因子,为SLE和LN的治疗提供了一个新的潜在靶点。

 

 

全文小结

 

 

长链非编码RNA的修饰研究正成为表观遗传学领域的前沿热点,其调控机制与功能解析为疾病发生发展提供了新的理解维度。在这一快速发展的科研方向中,可靠的技术平台与专业的分析支持尤为关键。

云序生物自2019年起即依托先进的测序平台与深度信息分析体系,持续为研究人员提供RNA修饰相关技术支持,尤其在长链非编码RNA修饰方向已累计协助客户发表25篇高水平文章,成果见于《Molecular Cancer》《Cell Death & Disease》等国际权威期刊。选择云序,即是选择与一支具备扎实技术积累和丰富项目经验的团队并肩前行。

 

 
有需要以上文献的老师可以扫描下方二维码留言获取
 

如果您对非编码RNA修饰研究有更多的想法或疑问,或是想要获取以上文献,欢迎您在后台留言,云序生物提供专业的技术支持服务!您可以通过以下方式联系我们:

1.扫码关注【上海云序生物】公众号,获取更多资讯,也可直接在公众号后台留言咨询;

 

2.电话咨询:021-64878766,专业团队实时接听,为您解答疑问;

3.访问官网:https://www.cloud-seq.com.cn/,了解更多高通量组学服务详情。

我们期待为您服务!

 
 
 
 
 
 
 

 

云序生物RNA修饰优势

 

 

 

 

 

优势一:RNA修饰产品线齐全,热门修饰IP类/单碱基分辨测序 + IP试剂盒

优势二:200+SCI论文、数千例测序样本

优势三:MeRIP-seq全面升级,spike in严格质控IP实验

优势四:测序到验证、靶标定位到分子机制,云序提供一站式服务

 

RNA修饰测序是云序生物转录调控及表观组学旗下的重磅产品。在国内,目前云序生物具有全面的RNA修饰测序平台。云序累计助力客户发表200+篇RNA修饰SCI论文,影响因子1000+,累计完成数千例RNA甲基化测序样本,全面覆盖医口、农口等各类样本。文章涉及多种组学联合方案提供RNA修饰一站式服务,包括上游整体修饰水平的检测、RNA修饰高通量测序、测序后的验证实验,还提供“各类分子互作组研究”服务,助力探究深层分子作用机制!如果您有更多的想法及需求,欢迎与我们联系!

 

云序生物介绍

 

 

 
 
 

上海云序生物科技有限公司(简称“云序生物”)成立于2015年,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,是国家高新技术企业及ISO9001认证单位。公司以RNA修饰组、表观遗传学与新型时空组学为特色,依托高通量测序、质谱技术、生物信息学等平台,致力于为全球科研与临床用户提供专业、精准、系统性的组学解决方案。云序生物以“技术创新+全链条服务”为核心,通过专利技术应用(如GLORI)、临床微量样本技术优化及单细胞-空间多组学整合能力,持续推动表观遗传与转录组学发展,赋能基础科研与精准医疗。 

核心优势与创新技术

一、专利技术与特色平台

1. RNA修饰测序技术

专利授权GLORI技术:获北京大学《Nature Biotechnology》发表的单碱基分辨率m6A测序金标准专利授权,实现RNA甲基化图谱的精准解析。

全面单碱基修饰检测:提供m6A、ac4C、m5C、m7G、m1A、O8G等全类别RNA修饰单碱基测序服务,覆盖修饰研究全维度需求。

2. 环状DNA研究全链条服务

核心资源:独家代理国际知名品牌A&A Bio的环状DNA富集纯化柱,实现环状DNA的高效富集,为环状DNA测序保驾护航。

系统性服务:全面提供Circle-Seq、体液eccDNA测序、体液eccDNA甲基化测序等特色服务。 

3. 临床微量样本解决方案

针对血浆、FFPE、微量细胞等珍贵样本,推出高灵敏度表观组与转录组技术,如cfMeDIP-Seq,cfDNA EM-Seq,超微量MeRIP-Seq,绝对定量cfRNA测序等。

4. 表观遗传组综合研究平台

覆盖DNA/RNA互作、染色质开放性、组蛋白修饰全维度,如:

R-loop研究(ssDRIP-Seq、DRIPc-Seq、R-loop CUT&Tag)

蛋白-RNA互作(RIP-Seq、RNA Pull-down-MS)

染色质可及性(ATAC-Seq)

组蛋白修饰 (CUT&Tag、ChIP-Seq)

DNA修饰(MeDIP-Seq、hMeDIP-Seq和EM-Seq) 

5. 前沿时空组学技术

提供各类前沿单细胞多组学与空间原位分析技术,如3’/5’端单细胞转录组测序、单细胞BCR/TCR测序、单细胞ATAC-Seq、单细胞组蛋白修饰测序和空间转录组等。

 

·云序生物全产品目录·

RNA修饰组
单碱基法
抗体富集法

m6A GLORI seq

m6A MeRIP seq (Spike In Plus)

m5C Bis seq

m5C MeRIP seq

m7G AlkAniline seq

m7G MeRIP seq

m7G TRAC seq

m1A MAP seq

m1A MeRIP seq

ac4C Reda C:T-Seq

acRIP-Seq

假尿嘧啶 BID-Seq
Ψ-RIP-Seq
单碱基O8G miseq
O8G-RIP-Seq
2'-O甲基化NM-Seq
糖基化RNA GlycoRNA-Seq
m3C AlkAniline seq
m6Am-Exo-Seq
小RNA 2'-O-RiboMeth-Seq
5hmC hMeRIP-Seq
LIME-Seq
 

 

DNA修饰组

5mC DNA甲基化测序

5hmC DNA羟基化测序

5mC cfDNA/ctDNA甲基化测序

5hmC cfDNA/ctDNA羟基化测序

单碱基DNA甲基化测序(EM-Seq)

6mA DNA甲基化测序
O8G DNA修饰测序
5caC DNA羧基胞嘧啶测序
5fC DNA甲酰基胞嘧啶测序
 

 

表观基因组

ATAC-Seq

Cut&Tag

ChIP-Seq
G4 Cut&Tag
G4 CHIP-Seq
 

 

转录调控组和翻译组

翻译组测序(Ribo-Seq)

新生转录本测序(Slam-Seq)

全局转录延伸测序(GRO-Seq)

单碱基转录延伸测序(PRO-Seq)
氨酰tRNA测序(mim-tRNA-Seq)
 

 

分子互作组
RNA Pull down-质谱/MS

RIP测序

ChIRP-Seq/MS

CoIP/MS

ssDRIP-Seq
DRIPc-Seq
eCLIP-Seq
R-loop Cut&Tag

 

转录组

全转录组测序

tRNA测序

环状RNA测序

小RNA组测序(Pandora-Seq)

mRNA测序

tiRNA&tRFs测序

microRNA测序

piRNA测序

外泌体RNA测序
cfRNA测序
Dual RNA-Seq
细菌sRNA测序
LncRNA测序
caRNA测序

dsRIP-Seq

 

 

单细胞测序与空间转录组学
单细胞转录组测序

单细胞ATAC-Seq

单细胞ChIP-Seq

空间转录组测序

 

基因组

ecDNA测序(WGS)

组织细胞EccDNA测序(Circle-Seq)

体液样品eccDNA测序

体液样品eccDNA甲基化测序

环状DNA PCR验证
环状DNA Sanger测序验证
外显子组
全基因组

 

蛋白组

蛋白质谱

蛋白修饰质谱

 

定量PCR服务

RNA修饰定量PCR服务

EccDNA定量PCR服务

DNA修饰定量PCR服务

ChIP-qPCR技术服务

定量PCR芯片
RIP-qPCR技术服务

 

 

 

# END #

 

上海云序生物科技有限公司

电话:021-64878766

网址:www.cloud-seq.com.cn

邮箱:market@cloud-seq.com.cn

Shanghai Cloud-seq Biotech Co.,Ltd.

地址:上海松江莘砖公路518号24号楼4楼

 

创建时间:2025-12-04 13:54

新闻中心

News