高分文章案例

案例一：新一代无创表观液体活检技术——cf-EpiTracing

原文：Cell-free chromatin state tracing reveals disease origin and therapy responses

发表时间：2026年3月4日

发表期刊：Nature

影响因子：45.8

发表单位：北京大学

2026年3月4日，北京大学肿瘤医院/未来技术学院何爱彬团队与合作团队在《Nature》杂志联合发表了题为“Cell-free chromatin state tracing reveals disease origin and therapy responses”的研究论文。该研究自主研发了新一代无创表观液体活检技术平台——cf-EpiTracing。

通过整合多模态染色质状态数据并结合机器学习方法，cf-EpiTracing能够实现对cfDNA来源细胞类型的精准反卷积。为了验证和展示该平台的性能，团队从125名健康个体以及549名患有炎症性肠病、结直肠癌、冠心病或淋巴瘤的患者血浆中，累计获得了2,417份cf-EpiTracing谱图。cf-EpiTracing不仅能够无偏倚地识别原发病变组织及其他器官受累情况，还可对具有不同遗传与表观遗传基础的B细胞淋巴瘤亚型进行分层，并检测早期疾病或病变。通过对表观遗传特征动态变化的分析，团队成功揭示了滤泡性淋巴瘤向弥漫大B细胞淋巴瘤转化的过程。此外，cf-EpiTracing还检测到套细胞淋巴瘤患者中的基因组易位及表观遗传改变。值得注意的是，本研究利用整体性的表观遗传特征，在不依赖基因转录信息的情况下，仍可准确评估复发风险及治疗反应。综上所述，这些结果确立了cf-EpiTracing作为一种自动化、无创、以表观基因组为核心的分析框架，在早期诊断、分子分型及预后预测方面具有广泛应用前景。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1：cf-EpiTracing技术流程

 

 

 

案例2：针对血液cfDNA的cfChIP-seq技术揭示了来源组织的基因表达模式

原文：ChIP-seq of plasma cell-free nucleosomes identifies gene expression programs of the cells of origin

发表时间：2021年1月11日

发表期刊：Nature biotechnology

影响因子：41.7

发表单位：北京大学

这篇发表于《Nature Biotechnology》的研究提出了一种新型液体活检技术——cfChIP-seq，通过直接对血浆中的cfDNA进行组蛋白修饰富集和测序，解析其来源细胞的转录活性与表观遗传状态。研究发现，血浆中的cfDNA并非单纯DNA碎片，而是携带H3K4me3、H3K36me3等活性组蛋白修饰的核小体，可保留原始组织的转录调控信息。团队在268份临床样本中验证了该方法，成功识别健康人中cfDNA主要来源于巨核细胞而非红系前体细胞，并能够检测心肌梗死、肝病及结直肠癌患者的组织来源变化和疾病相关转录程序；尤其在结直肠癌中，可进一步解析HER2扩增、肿瘤分型及免疫相关信号等分子特征。 该研究证明cfChIP-seq能够以较低测序深度实现对组织来源、基因表达状态及疾病动态变化的无创监测，为液体活检从“来源鉴定”进一步拓展到“功能状态解析”提供了新的技术路径。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图2 cfChIP-seq方法流程

 

 

 

 

云序优势

 1. 超低样本起始量，适配微量血浆检测

相对于常规cfDNA ChIP测序，该流程对样本量需求极低，50 μL血浆即可完成检测，显著降低了对高量血液样本的依赖，尤其适用于早期肿瘤、炎症或微量采血等低cfDNA丰度场景。

2. 提高低丰度及受损cfDNA的捕获效率

相比传统双链DNA建库，ssDNA建库对超短片段、断裂片段及部分单链化cfDNA具有更高兼容性，可有效减少低输入样本中的分子丢失，提高稀有cfDNA尤其是肿瘤来源ctDNA的检测灵敏度。

3. 实现组织来源的高灵敏度解析

过组蛋白修饰抗体富集血浆中的循环核小体复合物，可直接获取H3K4me3、H3K27ac等活性染色质修饰相关信号，从而反映不同组织或疾病状态下的转录活性及染色质开放特征。

4. 适用于无创液体活检场景

仅需血浆样本即可完成检测，适用于早筛、动态疗效监测及疾病风险分层等研究方向。

 

 

应用场景（仅供展示 详见demo报告）

无超微量cfDNA ChIP测序技术应用思路解析

一、技术核心：从血液中“读出”组织来源

研究团队首先基于公开数据库中65种人类组织和原代细胞的多种组蛋白修饰数据，构建了整合染色质状态模型（ICS）。 这一步的意义在于：把复杂的组蛋白修饰信息转化为可识别的“组织特异性染色质指纹”，为后续从血浆中追踪疾病来源打下基础。 在此基础上，该平台可以对血浆 cfDNA 上的组蛋白修饰进行测序分析，判断样本中信号主要来自哪些组织，从而实现无创组织来源解析。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

二、技术优势：只用少量关键修饰，也能稳定识别组织来源

研究进一步发现，在组织来源判定中，H3K4me3、H3K9ac 和 H3K27ac 是最关键的三种修饰。该技术 并不需要依赖全部组蛋白修饰，就能够保留较强的组织识别能力。 这说明，该平台不只是“能测”，更可以成本更低、通量更高的应用于临床研究诊断。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

三、应用场景：从疾病识别到预后评估

1）疾病来源识别

该平台能够从血浆中重建组织来源信号。 在结直肠癌、冠心病和淋巴瘤等疾病中，血浆 cfDNA 会呈现出与受累组织相对应的异常富集信号，例如：

结直肠癌：

结直肠相关信号增强 冠心病：

心脏相关信号升高 淋巴瘤：

淋巴细胞来源信号富集

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2）癌前病变检测

在结直肠癌研究中，该平台还能识别癌前病变样本，为早筛提供了新的无创思路。 相比传统临床指标，这种基于染色质状态的检测更敏感，也更适合在早期阶段捕捉疾病变化。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3）预后分层

基于差异 ICS 特征，研究还将患者分为不同风险亚群，并发现不同亚群的疾病进展风险存在显著差异。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4）淋巴瘤分型与转化监测

在B细胞淋巴瘤中，该平台可以根据不同发育阶段细胞来源特征，将患者划分为不同亚型，并与已知临床分型高度一致。 对于 DLBCL，该平台还能进一步反映亚型差异和疾病转化过程，提示其在肿瘤分型、疾病演化追踪和疗效监测方面具有应用潜力。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

四、总结

该平台将血浆 cfDNA 从“片段化核酸”提升为“可解析的染色质状态信息”，实现了从分子检测到组织来源追踪的跨越。 这项平台的核心优势在于：无创、灵敏、可分型、可预后、可扩展，为液体活检提供了新的技术路线。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

样本要求：

样品类型：

血清血浆和其他体液类样品，其他样品类型请电询021-64878766；

推荐样品量：

血清血浆≥500µL

样品运输与保存：

样品运输：样品置于冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：将采集好的样品单独分装至冻存管中，放入-80℃冰箱短期保存，如需长期保存，请放入液氮。