高分文章案例

案例：用mim-tRNAseq对真核生物tRNA丰度与修饰状态进行高分辨率定量分析

原文：High-resolution quantitative profiling of tRNA abundance and modification status in eukaryotes by mim-tRNAseq

发表时间：2021/2/12

发表期刊：Molecular Cell

影响因子：16.6

 

 

细胞tRNA丰度的测量长期以来面临两大技术瓶颈：tRNA高度修饰导致cDNA合成受阻，以及高度同源的tRNA基因序列带来的分析困难。该研究开发的修饰诱导错配tRNA测序技术（mim-tRNA-seq）成功突破了这些限制。该技术通过建立内源修饰tRNA的全长cDNA文库构建流程，并配套开发全面的计算分析体系，能够准确捕获酵母、果蝇及人类细胞中的tRNA丰度与修饰状态，且适用于任何已知基因组的生物体。mim-tRNA-seq在一次测序中同步获取tRNA表达谱、氨酰化水平及修饰状态等多维信息，为系统解析tRNA在翻译调控及相关生理与病理过程中的功能提供了强大而全面的研究工具。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1. mim-tRNA-seq流程图

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图2.mim-tRNA-Seq解析tRNA的表达差异与氨酰化状态

 

 

 

 

 

云序优势

 1.一站式服务：

客户只需提供细胞、组织或RNA，云序生物为您完成从样本富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

2.一次测序，两重维度

传统tRNA-Seq仅给出表达谱信息，mim-tRNA-Seq同步输出：

表达谱：tRNA精确定量 

氨酰化水平：通过计算3'-CCA末端的读段比例，准确计算tRNA的氨酰化率

3.优化的实验流程：

云序生物mim-tRNA-Seq经过精心优化的实验流程，显著提升了修饰tRNA的全长cDNA合成效率与建库成功率，从源头保障数据的可靠性与覆盖度。

4.严格的质控：

云序生物对mim-tRNA-Seq实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优质的数据。

5.专业的生物信息学分析：

云序生物具有专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。

 

 

数据分析（仅供展示 详见demo报告）

一、分析内容

1. 原始数据整理，Q30质控

2.去接头处理和序列统计

3.序列匹配与数据统计

4.tRNA的识别与注释

5.差异表达tRNA的识别与注释

6.tRNA聚类热图（Cluster）

7.tRNA散点图（Scatter）

8.差异表达tRNA柱状图（Bar_chart）

9.tRNA氨酰化水平分析

10.差异氨酰化tRNA的识别与注释

11.tRNA氨酰化水平分布图

12.差异氨酰tRNA散点图（Scatter）

13.差异氨酰tRNA柱状图（Bar_chart）

14.tRNA表达与氨酰化关联分析（Venn）

 

 

二、部分数据分析结果示例

1.tRNA表达、氨酰化水平分析

云序生物对tRNA的表达情况及氨酰化水平进行分析，通过计算3'-CCA末端的读段比例，计算各tRNA的氨酰化率。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.tRNA聚类分析

聚类图展示样本和tRNA的聚类关系及表达丰度。横坐标表示样本聚类，样本间tRNA表达越相似，聚类越紧密；纵坐标表示tRNA聚类，基于tRNA在样本中的表达相似性。颜色深浅反映tRNA表达水平，红色越深表示上调越显著，蓝色越深表示下调越显著。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3.差异tRNA散点图

散点图根据差异tRNA倍数变化直观的展示各个分组差异tRNA分布情况。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4.差异表达tRNA柱状图

当两组样品比较时，计算tRNA的log2(Fold Change)，并以此为柱状图柱子高度，按此值的大小升序排序绘制柱状图，直观展示样本间差异表达的tRNA的总体情况。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5.tRNA氨酰化水平分布图

云序生物计算tRNA的氨酰化比例，直观展示tRNA的氨酰化水平。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

6.差异氨酰tRNA散点图

云序生物用散点图展示不同样本间差异氨酰tRNA的分布情况。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

7.差异氨酰tRNA柱状图

柱状图横坐标代表log2(Fold Change)，纵坐标表示不同的氨酰-tRNA。每一行代表一个氨酰-tRNA，柱子的高度对应于该氨酰-tRNA在两组样本间差异表达的log2(Fold Change)值。柱子按log2(Fold Change)值的大小升序排列，便于观察不同氨酰-tRNA在两组间的表达差异。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

8.tRNA表达与氨酰化关联分析韦恩图

直观展示在两组样本比较中，“差异tRNA”与“差异氨酰-tRNA”两类tRNA数据集之间的关系。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

样本要求：

样品类型：

细胞、组织、总RNA、全血

样品量：

a)细胞：≥2×10^7

b)组织：≥300mg

c)总RNA：≥30 µg

d)全血：≥5 ml（推荐用EDTA 抗凝采血管，不可用肝素抗凝管）

样品的运输与保存：

样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：将采集好的样品单独分装至冻存管中，放入-80℃冰箱短期保存，如需长期保存，请放入液氮。