• 单碱基假尿嘧啶修饰测序（BID-Seq）技术

     

     

    BID-Seq产品列表：

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    假尿嘧啶修饰（Pseudouridine, Ψ）是初次发现并且丰度较高的 RNA 修饰，它广泛分布于 rRNA，tRNA，snRNA 和 snoRNA上，并且在不同物种之间高度保守。Ψ修饰由假尿苷合酶（PUS）催化尿嘧啶发生异构化而形成，在哺乳动物 mRNA 上，定量质谱显示Ψ的含量仅次于 m6A 修饰。近些年研究发现，Ψ参与稳定性、翻译、剪接、蛋白质-RNA 相互作用等过程，可以影响不同生物学功能。作为哺乳动物mRNA上丰度第二高的修饰，Ψ在RNA中是否发挥着重要的调控功能目前尚不完全清楚。由于无法在单碱基分辨率下全面、定量地检测Ψ，其生物学功能的进一步研究受到了阻碍。

     

    技术简介：

     

    云序生物针对RNA假尿嘧啶修饰采取的是BS诱导的缺失测序法（BID-seq），可同时对Ψ修饰进行高通量检测和单碱基定位。BID-seq技术可以在不影响胞苷的情况下，将Ψ定量地转化为“Ψ-BS加合物”，导致逆转录后在含有Ψ位点处出现碱基缺失信号。建库测序后再根据检测标准进行数据处理和分析，来实现单碱基分辨率下对RNA上Ψ修饰的定量测序，BID-seq技术将有助于研究RNA上Ψ修饰在诸多生理或病理过程中的位点分布、修饰化程度动态变化、生物学功能等。

     

    BID-seq方法主要包括以下四个步骤：

    （1）RNA片段化，加接头

    （2）BS处理，将Ψ修饰完全转化为Ψ-BS加合物

    （3）构建RNA文库并测序

    （4）生物信息学分析，鉴定修饰位点

     

     

     

     

               

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     BID-Seq测序建库流程图

     

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  • 高分文章案例

     

    案例1：BID-seq定量测序法揭示哺乳动物mRNA中存在丰富的假尿苷

     

    原文：Quantitative sequencing using BID-seq uncovers abundant pseudouridines in mammalian mRNA at base resolution

     

    期刊：Nature Biotechnology                       影响因子：47

     

    美国芝加哥大学何川教授团队提出并开发了对mRNA上Ψ修饰进行单碱基分辨率、定量测序的测序方法，简称BID-seq。BID-seq以高精度测序谱图揭示了在人类细胞系和动物组织的mRNA上数以千计的显著性Ψ位点（>10%修饰化程度，modification fraction），以及大量的高修饰Ψ位点（>50%修饰化程度）。

    本研究中用10-20 ng的RNA 就能在多个人类细胞系和 12 种不同的小鼠组织中检测到丰富的Ψ位点，并提供其化学计量信息。该研究进一步鉴定了mRNA上Ψ修饰的“writer”蛋白，发现高修饰Ψ位点对mRNA代谢的影响，并证明哺乳动物mRNA的终止密码子上存在天然存在的Ψ修饰。BID-seq（云序生物可提供）为研究mRNA上Ψ修饰在诸多生理或病理过程中的位点分布、修饰化程度动态变化、生物学功能等，奠定了技术基础，攻克了Ψ定量测序技术瓶颈，将RNA表观转录组领域步入新的阶段。

     

     

    BID-seq以单碱基分辨率检测人类mRNA中的Ψ位点，以及对单个Ψ位点修饰酶的表征

     

     

     

    小鼠组织mRNA中含有大量的Ψ修饰

     

     

     

    Ψ影响mRNA的稳定性

     

     

     

    Ψ修饰促进体内终止密码子通读

  • 云序优势：

    （1）单碱基分辨：

    与传统的CeU-seq等方法不同，BID-seq能够将Ψ修饰完全转化为Ψ-BS复合物，使反转录酶在反转录过程中在Ψ-BS复合物位点处跳跃读取下一位碱基，构成在Ψ-BS位点处的碱基缺失信号，从而实现了Ψ修饰的单碱基分辨率测序。

    （2）微量样本检测：

    BID-seq不依赖于任何抗体，可实现对微量mRNA样本（10~20 ng mRNA）中的Ψ位点进行测序，在单碱基分辨率追踪Ψ修饰化程度的动态变化。

    （3）保留RNA片段复杂性：

    与传统的bisulfite反应不同，BID-seq的化学反应条件只针对于Ψ修饰，并不产生任何C到U的转化，完全保留了RNA片段在测序中的序列复杂度。

    （4）一站式服务：

    客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析的整套服务流程。

    （5）专业的生物信息学分析：

    云序生物拥有专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。

     

     

     

  • 样本要求：

    样品类型

    全血、细胞、组织或RNA，其他样本类型可电话咨询。

    样品量

    a) 全血：≥5 ml (推荐用EDTA 抗凝采血管，不可用肝素抗凝管)

    b) 细胞：≥5×10^6

    c) 组织：≥100 mg

    d) 总RNA：≥10 μg (OD260/280：1.6-2.3; RNA无明显降解)

    样品运输及保存

    样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

    样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。

     

     

技术服务

Technical Service

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