上海云序生物科技有限公司-蛋白质谱

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蛋白质谱

蛋白质组学（Proteomics）中的质谱技术（Mass Spectrometry, MS）是现代蛋白质研究的核心工具，其高灵敏度、高通量和精准定量的特性彻底改变了蛋白质研究的深度和广度。云序生物利用奥斯卡DIA、4D DIA蛋白质组、蛋白质非标记定量技术（label-free）与TMT™（Tandem Mass Tag™）技术，为蛋白质组学研究提供多样、高效、精准的分析解决方案。

蛋白质组学产品列表：

奥斯卡DIA、4D DIA蛋白质组技术简介

奥斯卡DIA蛋白质组学基于赛默飞Orbitrap™ Astral™高分辨质谱仪开发，可检出超10000种蛋白质，具备高通量、高灵敏度和精准定量特点。

4D DIA蛋白质组学采用布鲁克timsTOF系列质谱仪，在传统三维分离基础上增加离子淌度维度，结合同步累积连续碎裂（PASEF）扫描模式，显著提升数据覆盖率和定量精度。

技术路线

技术优势

1. 全扫描模式：减少高丰度干扰，数据覆盖度较DDA提高40%；

2. 超高重现性、稳定性：大样本重复率提升40%，定量精密度提高1倍；

3. 超高定量准确度∶定量能力接近金标准PRM靶向技术；

4. 双平台驱动：Orbitrap Astral与timsTOF联合，实现高效检测。

Lable free、TMT™蛋白质组技术简介

蛋白质非标记定量技术（label-free）通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，它克服了传统的同位素标记的缺点，即过高的样品浓度，复杂的实验方案及价格过高的原料等，该方法具有速度更快，更简洁及更简明的结果等优点。蛋白质非标记定量技术（label-free）只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。

TMT™（Tandem Mass Tag™）技术由美国Thermo Scientific公司研发的，采用2种、6种或10种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，然后进行串联质谱分析，可同时比较2组、6组、10组或11组不同样品中蛋白质的相对含量。TMT™标签由三部分组成：分子量报告子、分子量标准化部分和反应基团，形成2种、6种或10种或11种相对分子质量均等量的异位标签。
云序用户案例：

m6A-去泛素化-组蛋白丙酰化共同调控非酒精性脂肪肝

原文链接：Amelioration of nonalcoholic fatty liver disease by inhibiting the deubiquitylating enzyme RPN11

期刊：Cell Metabolism 影响因子：27.7

非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)，包括其更严重的非酒精性脂肪性肝炎(NASH)，是一个全球性的公共卫生挑战。在该研究中，作者探讨了去泛素化酶RPN11在NAFLD和NASH中的作用。

肝细胞特异性的RPN11敲除小鼠免受饮食诱导的肝脏脂肪变性、胰岛素抵抗和脂肪性肝炎的影响。作者在高脂饮食（HFD）喂养的HKO小鼠和野生型（WT）小鼠的肝脏组织中进行了蛋白质组学分析，发现在RPN11敲除时有148种蛋白质显著下调。与此同时，作者将带有3xFLAG标签的RPN11转染到HEK293T细胞中，进行免疫沉淀和质谱分析（IP-MS），鉴定出417种可能与RPN11相互作用的蛋白质。有5种蛋白质既与RPN11相互作用又因RPN11的缺失而下调，随后的qPCR和WB验证表明，METTL3是RPN11的具体靶点。

蛋白质组联合IP-MS寻找互作靶蛋白

在分子机制上，RPN11去泛素化并稳定METTL3，增强酰基辅酶A(CoA)合成酶短链家族成员3(ACSS3)的m6A修饰和表达，后者通过组蛋白丙酰化产生丙酰辅酶A，并上调脂质代谢基因，从而诱导NAFLD/NASH。通过Capzimin抑制RPN11可能是治疗NAFLD、NASH及相关代谢紊乱的潜在策略。

去泛素化酶RPN11通过METTL3-ACSS3-组蛋白丙酰化轴诱导NAFLD/NASH
云序优势

高通量检测

一次性的对样品中的全部蛋白进行相对定量分析。

高精度结果

一次性完成样品中全蛋白组的相对定量分析，大幅提升检测效率，满足大规模样本研究需求；

免标记技术

无需同位素或化学标记，避免标记法带来的样本偏差，适用于复杂样本的大规模分析

高灵敏度

单次检测可实现多达20种蛋白的高灵敏度分析

部分数据分析结果（仅供展示详见demo报告）

1.聚类分析：生物学样品重复情况；组间差异性情况

2.差异蛋白质GO富集分析

3.差异蛋白的Pathway富集分析

4.差异蛋白火山图
样本要求

样品量：

a) 细胞：≥5×10^7

b) 组织：≥300mg

c) 血液：血清/血浆≥1mL，全血≥1mL

1）富含杂质或蛋白含量低的样本，如植物的根茎、木质部、韧皮部组织等：干重≥5g

2）植物类样本送样量同样适合于蕈类真菌，如蘑菇、木耳：湿重≥1g。

3）细胞样本如需进行磷酸化位点富集鉴定，细胞数目须达到：1×10^7，约细胞沉淀体积100µl。

4）由于解冻后血细胞易破裂，细胞内蛋白溶出来会影响分析结果，因此建议不要直接送全血样本。

5）血液类样本：如果直接送提取蛋白，需先去除高丰度蛋白。

6）尿液样本：送样前10000rpm离心5min，弃去沉淀。

7）如果是其他特殊样本，或对样本要求有疑问，请联系我们。