云序用户案例

 

案例1：长非编码RNA SGO1-AS1通过促进TGFB1/2 mRNA的衰变使TGFβ信号失活，并抑制胃癌转移

原文：Long noncoding RNA SGO1-AS1 inactivates TGFβ signaling by facilitating TGFB1/2 mRNA decay and inhibits gastric carcinoma metastasis

发表时间：2021年10月28日

发表期刊：Journal of Experimental & Clinical Cancer Research

影响因子：12.8

发表单位：广州医科大学附属肿瘤医院

 

胃癌是全球最常见的恶性肿瘤之一，也是癌症死亡的第四大原因。约40%的胃癌患者存在转移，其中只有约5%的患者表现出5年生存率。越来越多的研究表明，lncRNA在调节多种过程中的重要性，包括发育、分化、细胞增殖、细胞死亡和癌症发展。 云序用户山东大学基础医学院贾继辉教授团队利用lncRNA测序，检测了五对胃癌组织和相邻正常粘膜组织中的lncRNA表达谱。与邻近组织中的lncRNA相比，185个lncRNA在GC中差异表达;其中13个lncRNA上调或下调了4倍以上。并利用qRT-PCR分析lncRNA SGO1-AS1在不同组织中的表达水平。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1 利用lncRNA测序分析胃癌组织中差异表达的lncRNA

 

 

 

 

案例2：与肌腱周围纤维化相关的长链非编码RNA和mRNA的综合分析

原文：Integrated analysis of long non-coding RNAs and mRNAs associated with peritendinous fibrosis

发表时间：2018年8月30日

发表期刊：Journal of Advanced Research

影响因子：13

发表单位：上海市第六人民医院

​​​​​​​

结膜周围纤维化是肌腱损伤后的常见并发症，其特征是由于细胞外基质（ECM）合成和降解之间的平衡被破坏，导致ECM积累过多。成纤维细胞经历肌成纤维细胞转分化，这受多种细胞因子和生长因子的调节，包括转化生长因子（TGF），这对纤维生成至关重要。 云序用户上海市第六人民医院范存义教授团队利用lncRNA测序，鉴定出肌腱周围组织中的20646个lncRNA，有219个lncRNA和3403个mRNA在纤维化进展过程中差异表达，并进一步利用共表达网络探究可能的lncRNA-mRNA相互作用。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

​​​​​​​

 

图2 利用lncRNA测序分析纤维化进展相关的LncRNA-mRNA共表达网络​​​​​​​

云序优势：

全面检测LncRNA：

约有20%的LncRNA没有Poly(A)尾巴，如果采用Oligo d(T)富集法会丢失这部分LncRNA信息。云序生物拥有针对不同物种的去rRNA试剂盒，能够保留全部LncRNA信息。

UMI + Spike-in实现“真”绝对定量：

UMI通过对原始分子进行唯一标记，消除了PCR扩增偏好性，实现对原始分子的准确计数。Spike-in通过提供已知绝对量的外参，校正了样本间技术流程的效率差异。云序生物采用UMI + Spike-in结合应用，实现测序中的绝对定量，极大地提高了数据的准确性、可比性和生物学意义。

链特异性检测：

很多基因位点会生成转录方向相反的、具有重要调控功能的反义RNA。常规的建库方法无法区分这些反义RNA，而云序生物采用链特异性的建库方法，可以准确检测反义RNA，从而提供更全面的转录组信息。

适用于降解样品：

云序生物采用特有的，可适用于降解样品的试剂盒，能够极大程度的保留降解样品中的RNA信息。尤其适合于临床样品的转录组检测。

一站式服务：

客户只需提供细胞，组织，体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。此外，云序生物专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

 

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

 

1.LncRNA的差异基因分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.差异表达LncRNA临近基因的GO和KEGG分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3.LncRNA-mRNA共表达网络构建（高级分析※）

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4、LncRNA上游转录因子分析（高级分析※）

预测特定LncRNA上游的转录因子结合位点，帮助判定该LncRNA所受的调控机制

 

 

样本要求:

样品类型：

血清、血浆、细胞、组织、总RNA，其他类型请电询。

样品量：

a) 细胞：> 2×10^6

b) 组织：> 50 mg

c) RNA：总量 > 2 µg，浓度 > 50 ng/µL

样品运输与保存：

样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮速冻后-80℃保存；RNA样品可溶于RNA-free的无菌水中，-80℃保存，避免反复冻融。