• ChIP-qPCR：染色质免疫共沉淀-定量PCR技术

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    在基因组中，有大量蛋白质（如转录因子、组蛋白修饰酶等）结合在DNA序列上，影响染色质开放结构，调控基因的表达和表观遗传修饰等过程。染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）技术利用高特异性抗体，结合基因组中的蛋白质，从而富集目标蛋白结合的DNA片段，通过对目的片段的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

    ChIP-Seq将ChIP和高通量测序技术结合，可以在全基因组范围内检测与特定转录因子或组蛋白结合的DNA位点。但在高通量筛选之后，还需要进行对应的低通量验证实验才能更好地确保实验数据的真实性。云序生物提供ChIP-qPCR验证服务，助力解析特定基因调控机制。

     

    技术简介

    ChIP-qPCR方法主要包括以下步骤：

    1. 交联（Crosslinking）：使用甲醛固定细胞，使蛋白质与DNA共价结合；
    2. 染色质片段化（Chromatin Fragmentation）：超声或酶切将染色质打断成200-1000bp片段；
    3. 免疫沉淀（Immunoprecipitation, IP）：使用抗体特异性富集目标蛋白结合的DNA片段；
    4. 解交联（Reverse Crosslinking）：加热或蛋白酶处理，释放DNA；
    5. DNA纯化（DNA Purification）：提取免疫沉淀的DNA；
    6. qPCR定量（Quantitative PCR）：设计引物扩增目标DNA区域，计算富集程度。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    ChIP及后续分析流程图

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  • 云序用户案例

    案例：SLAM-seq，ChIP-seq，RNA-seq联合揭秘两大复合物NEXT和PRC2互作调控H3K27me3水平

    原文：The NEXT complex regulates H3K27me3 levels to affect cancer progression by degrading G4/U-rich lncRNAs

    期刊：Nucleic Acids Research                  影响因子：16.6

     

    上海交通大学医学院余健秀团队揭示了NEXT复合物通过降解G4/U-Rich lncRNAs调控H3K27me3水平的新机制，并阐明了其在癌症进展中的关键作用。 NEXT复合物（由ZCCHC8、RBM7和MTR4组成）通过降解含有G4结构和U-Rich基序的lncRNAs，促进PRC2（Polycomb Repressive Complex 2）在染色质上的招募，从而维持H3K27me3（基因沉默标记）水平。当NEXT复合物功能缺失（如ZCCHC8敲除）时，G4/U-Rich lncRNAs积累，其G4结构与PRC2的催化亚基EZH2结合，阻碍PRC2在染色质上的定位，导致H3K27me3水平下降，进而激活邻近抑癌基因（如SEMA5A和ARID1A）的表达，抑制癌症进展。ChIP-qPCR针对这些位点进行精准定量，证实ZCCHC8 KO细胞中，SEMA5A启动子的H3K27me3水平下降>10倍，EZH2在ARID1A启动子的结合减少>5倍。 临床数据分析显示，ZCCHC8在肾透明细胞癌（ccRCC）和肺腺癌（LUAD）中高表达，且与患者预后不良相关。此外，ZCCHC8高表达的癌细胞对EZH2抑制剂（如Tazemetostat）更敏感。结合临床样本数据，ChIP-qPCR验证高ZCCHC8的肿瘤组织中，SEMA5A启动子H3K27me3水平显著升高（与mRNA负相关），为“ZCCHC8过表达→抑癌基因沉默→癌症进展”模型提供直接证据。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    调控模式图

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    ChIP-qPCR作图示例

  • 云序优势

    一站式服务

    从实验设计→样本处理→ChIP→qPCR→数据分析全程服务，客户只需提供样本，轻松获取高质量结果。

     

    专业团队，高质量数据

    经验丰富：助力发表文章平均IF>10，涵盖多种细胞、组织样本。

    严格质控：采用高特异性抗体，确保低背景、高信噪比。

     

    灵活的实验方案

    多种样本兼容：细胞、组织样本均可检测；

    多种抗体可选：提供常见转录因子、组蛋白修饰抗体，也支持客户提供抗体；

     

    精准数据分析

    标准化计算：采用%Input法或Fold Enrichment进行定量分析；

    严谨对照设置：包括IgG阴性对照和非结合区引物对照，确保结果可靠。

  • 样本要求：

     

    样品类型：

    组织、细胞或CHIP后的DNA样品。

     

    样品量：

    a）细胞：2×10^7

    b）组织：200mg

    c）ChIP后DNA：＞10ng

     

    样品运输及保存：

    样品运输：样品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰运输，CHIP后DNA可用冰袋运输。

    样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，根据样本指南进行处理，液氮冻存后-80℃保存；

    CHIP后DNA样品可在-20℃短期保存或-80℃长期保存，保存期间避免反复冻融。

技术服务

Technical Service

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