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  • 体液样品eccDNA甲基化测序技术

     

     

     

    技术简介：

     

    游离于染色体外环状 DNA (extrachrosomal circular DNA, eccDNA)是一种广泛存在于自然界且独立于染色体的环状DNA，报道发现eccDNA存在于酵母、线虫、果蝇、哺乳动物、植物等多个物种中。eccDNA可以携带完整的基因信息，尤其是肿瘤中常携带的致癌驱动基因，拷贝数增加、转录活性升高，癌基因的过表达导致了肿瘤的恶性生长。越来越多的证据表明，eccDNA可以通过多种途径产生，包括DNA损伤修复途径、断裂-融合-桥(BFB)机制、染色体裂解和细胞凋亡，并以多种功能参与肿瘤进展的调节。同时研究表明，eccDNA 含有易甲基化的CpG岛，eccDNA的小染色体结构受DNA甲基化的表观遗传调控。然而，每种CpG岛甲基化对eccDNA活性的调节作用尚不明确。

     

    体液样品eccDNA甲基化测序服务

    云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和5mC位点酶学转化方法，用核酸外切酶V消化去除线性DNA。通过转座酶打开环状DNA的环形结构，并在DNA片段的两端加上接头，并通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。使用温和的酶转化法，将胞嘧啶（C）高效地转化为尿嘧啶（U），后续进行文库构建与高通量测序，从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。该技术可以同时检测环状DNA和其甲基化修饰状态，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    云序生物体液样品环状DNA甲基化测序流程图

     

     


     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

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    高分文章案例

    案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA 的特征：呈甲基化状态及被清除

    原文：Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance

    发表时间：2021/02/22

    发表期刊：Clinical Chemistry

    影响因子：8.3

    发表单位：香港中文大学

     

    近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外清除效率。作者还发现血浆中的胎儿环状DNA与母体环状DNA相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速清除。总之，该团队基于转座酶和5mC位点酶学转化方法开发了环状DNA甲基化测序技术，并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    图1. 母体和胎儿来源的环状DNA长度和甲基化分析


     

     

     

  • 云序优势：

    1.一站式服务

    客户只需提供血清、血浆等体液样品，云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、甲基化位点转化、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。

    2.结果一箭双雕

    同时检测环状DNA及其甲基化状况，节约样品，性价比高。

    3.专业的生物信息学分析

    专业的生物信息学团队，开发了高效识别分析环状DNA的算法，且能单碱基分辨甲基化修饰位点，满足客户的各类数据深入分析需求。

     

    数据分析（仅供展示  详见demo报告）

    1.差异甲基化环状DNA所属基因的功能分析

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    2.差异甲基化环状DNA散点图、火山图 、火山图

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    3.Venn图

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    4.环状DNA的长度及数量分布

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    5.GC含量分布

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    6.Motif分析

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    7.联合转录组关联分析

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     



     

     

     

  • 样本要求：
    样品类型： 血清、血浆、脑脊液或gDNA。其它体液样品请详询。

    样品量：

    血浆：≥5mL（推荐使用血浆）

    血清：＞10mL

    脑脊液 ≥ 5mL

    gDNA：≥5ng

    样品运输及保存：

    样品运输：样品干冰运输。

    样品保存：血浆需使用EDTA抗凝管（紫色盖子抗凝管），勿用肝素管取样（绿色盖子抗凝管），液氮冻存后-80℃保存；DNA样品可在-20℃短期保存或-80℃长期保存，保存期间避免反复冻融。