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单碱基m7G 修饰tRNA测序(TRAC-Seq)技术
m7G RNA甲基化是在甲基化转移酶的作用下,使RNA鸟嘌呤(G)的第七位N上加上甲基的一种修饰(N7-methylguanosine,m7G)。m7G RNA甲基化修饰存在于各类分子中,包括:mRNA 5’帽子结构、mRNA内部、pri-miRNA、转运RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)。m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录、miRNA的生物合成和生物学功能、tRNA稳定性、18S rRNA的核内加工及成熟。
m7G RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化,近两年高影响因子文章不断,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。技术简介:
m7G RNA甲基化单碱基测序(tRNA reduction and cleavage sequencing,简称TRAC-seq),是根据化学方法对带有m7G位点的tRNA进行特异性还原和切割,从而实现对tRNA中m7G位点的特异性检测和单核苷酸高分辨率分析的一种测序技术。
实验主要分为4个步骤:
①去甲基化酶AlkB处理,去除tRNA中的大部分修饰(包括m3C、m1A等),可以提高反转录效率,利于后续cDNA文库的构建;用于input对照的样品用去甲基化酶AlkB处理后,直接加接头,上机测序;其他样本进行后续处理;
②用硼氢化钠和苯胺处理去甲基化后的小RNA,诱导m7G修饰位点的还原和断裂;
③给断裂形成的带有完整3’端和5’端的RNA加上接头;
④构建cDNA文库并测序,进行生物信息学分析,鉴定m7G修饰位点。
实验流程图如下:
云序生物TRAC-seq实验流程图
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高分文章案例
案例1:N7-甲基鸟苷tRNA修饰通过WNT/β-catenin通路促进鼻咽癌的肿瘤发生和化疗耐药
原文:N7 -methylguanosine tRNA modification promotes tumorigenesis and chemoresistance through WNT/β-catenin pathway in nasopharyngeal carcinoma
期刊:Oncogene 影响因子:11.4
对于经历疾病进展的晚期鼻咽癌(NPC)患者,治疗的选择有限,揭示鼻咽癌发展的机制对于开发新的治疗方法很重要。研究发现N7-甲基鸟苷(m7G)tRNA修饰酶METTL1及其分子伴侣WDR4在鼻咽癌中显著升高,并与不良预后相关。功能丧失和功能获得实验表明,METTL1/WDR4在体外和体内均能促进鼻咽癌的生长和转移。ARNT被鉴定为鼻咽癌中调节METTL1表达的上游转录因子,METTL1缺失导致m7G tRNA修饰和表达减少,从而降低了mRNA的翻译效率。另外,METTL1介导的m7G tRNA修饰激活了WNT/β-catenin信号通路,从而促进鼻咽癌细胞上皮-间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)和体内体外对顺铂和多西他赛的化疗耐药。METTL1调节WNT3A的翻译,并且在METTL1敲除细胞中过表达WNT3A促进鼻咽癌进展,这表明WNT是一个能够绕过METTL1促进鼻咽癌进展的途径。这项研究揭示了tRNA修饰介导的mRNA翻译调控的新见解,并强调了tRNA修饰在癌症进展中的关键作用。

图注:METTL1通过密码子识别调控m7G tRNA甲基化和mRNA翻译效率
案例2: METTL1/ wdr4介导的m7G tRNA修饰和m7G密码子的使用促进了RNA翻译和肺癌进展
原文:METTL1/WDR4-mediated m7G tRNA modifications and m7G codon usage promote mRNA translation and lung cancer progression
期刊:Molecular Therapy 影响因子:11.454
RNA中调控不当的表观遗传修饰与人类癌症有关。转移RNA(tRNA)是细胞中修饰程度高的RNA种类,然而人们对tRNA修饰在癌症中的功能知之甚少。本研究中,研究人员发现tRNA N7甲基鸟苷(m7G)甲基转移酶复合物组分甲基转移酶样1(METTL1)和WDR4的表达水平在人肺癌样本中显著升高,并与患者预后呈负相关。METTL1/WDR4缺失导致m7G tRNA修饰受损,导致细胞增殖、集落形成、细胞侵袭减少,体外和体内肺癌细胞的致瘤能力受损。此外,获得功能和诱变实验表明,METTL1通过调控m7G tRNA修饰促进肺癌的生长和侵袭。tRNA甲基化和mRNA翻译分析显示,高翻译mRNA具有更高频率的m7G tRNA解码密码子,敲低METTL1基因导致含有m7G tRNA密码子频率较高的mRNA翻译减少,这表明tRNA修饰和密码子使用在mRNA翻译调节中起重要作用。该研究揭示了通过tRNA修饰和相应的mRNA密码子组成在肺癌中mRNA翻译调控的新见解,为肺癌进展提供了新的分子基础。

图注:METTL1基因缺失减少tRNA m7G修饰、m7G tRNA的表达和致癌mRNA翻译
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云序技术优势:
技术优势:
通过TRAC-seq技术可对tRNA中的m7G甲基化修饰进行高特异性、高分辨率的检测分析。。
一站式服务:
客户仅需提供组织或细胞,云序生物即可一站式完成RNA抽提、样品预处理、建库、测序、数据分析全套流程。
专业的生物信息学分析:云序生物拥有专业的生物信息分析团队,帮助客户进行实验数据的全面挖掘。
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样本要求:
样品类型: 组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。
样品量:
a)细胞:≥ 2×10^7
b)组织:≥ 100 mg
c)RNA:≥ 50 μg
样品运输及保存
样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。 细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。
技术服务
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关于我们
云序生物是国家高新技术企业及ISO9001认证单位,以RNA修饰组、表观遗传组与时空组学为特色,依托高通量测序平台,以“技术创新+全链条服务”为核心,通过专利技术应用(如GLORI)、临床微量样本技术优化及单细胞-空间多组学整合能力,持续推动表观遗传与转录组学发展。
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