细菌sRNA测序技术

技术简介：

细菌中普遍存在一类长度在50～300 nt的较短转录本,它们以RNA的形式在转录后水平调节基因表达,这些具有调控功能的短的RNA通常被称为小RNA(small RNA, sRNA)。sRNA主要通过碱基配对影响靶mRNA的翻译和稳定性,在细胞生长代谢、适应环境变化、应激反应、群体感应、毒力调节等各种细胞过程中发挥核心作用。

云序生物为客户提供一站式的细菌sRNA测序服务，能够帮助客户识别新的细菌sRNA，解析细菌sRNA表达谱，从而促进其功能和机制研究。

相关产品：

1.msRNA-seq

与真核生物类似，原核生物也可以产生microRNA大小的小RNA（miRNA-sized, small RNA，简称msRNA），长度约18-30nt，能够调控宿主生理功能，在细菌和宿主之间的交流中发挥重要作用。云序生物为客户提供一站式的细菌msRNA测序服务，能够帮助客户识别新的细菌msRNA，解析细菌msRNA表达谱，预测细菌msRNA的靶基因，从而促进其功能和机制研究。

2.Dual RNA-seq技术

互作转录组测序（Dual RNA-seq）是一种通过单次高通量测序同步捕获宿主与病原体转录组的技术。它突破了传统单一物种转录组研究的局限，直接在感染或互作场景下检测宿主（如人类、动植物）与微生物（如病毒、细菌、真菌、寄生虫等）双方的基因表达动态，为揭示宿主-微生物互作的分子机制提供了革命性工具。

3.microRNA测序技术

microRNA（miRNA）是一类长度为22nt的单链小分子RNA，广泛存在于动物、植物、病毒等多种有机体中。microRNA通常介导转录后基因沉默，通过与靶mRNA的结合，促使mRNA降解或是阻碍其翻译，从而抑制靶基因的表达。云序生物依托标准化建库流程与前沿测序技术，利用已知microRNA的数据库进行注释，并对新型microRNA预测，进一步整合靶基因调控网络与通路富集模型，助力从基础研究到临床分子标志物的开发。

sRNA分类

sRNA主要分为顺式编码和反式编码两大类，其中顺式编码的sRNA从基因的反义链上转录，与靶mRNA的一部分完全互补，从而起到迅速调节的作用；而反式编码的sRNA不仅来源于基因间区，还会由5′UTR和3′UTR衍生，这些UTR衍生的sRNA往往与原位基因共享转录起始位点或终止位点。

具体来说，基因间区编码的sRNA独立转录，与其他基因没有重叠，而由5′UTR衍生的sRNA来自mRNA 5′末端的非翻译区，通过核糖核酸酶等的剪切被加工成独立的sRNA发挥作用，同样，由3′UTR衍生的sRNA也以类似方式产生。这类反式编码的sRNA通常包含三个基本功能区：核心相互作用区（即“种子”区），负责特异性识别靶标mRNA并启动碱基配对；Hfq结合位点，常为富含AU的区域，可与Hfq蛋白的近端面结合；以及一个rho非依赖性末端。这种丰富的来源使sRNA在细菌生命过程中发挥的作用更加广泛和精细。

sRNA调控机制

sRNA最普遍的作用方式是与靶mRNA进行碱基配对，通过激活或抑制其翻译、提高或降低其稳定性来影响基因表达。sRNA一方面可以通过与Shine-Dalgarno(SD)序列或起始密码子配对来隔离靶mRNA的核糖体结合位点（RBS），或通过与5′UTR及编码序列相互作用以释放该位点，从而影响核糖体结合与mRNA的翻译过程；另一方面，sRNA也能通过促进或抑制mRNA的降解、甚至使转录提前终止等方式，来改变靶mRNA的稳定性。这些调控模式共同体现了sRNA在基因表达调控中的多样性与重要性。

基于sRNA的mRNA表达调控机制

实验原理

云序生物sRNA测序实验流程如下：

首先，对总RNA样本依次进行磷酸酶处理和PNK激酶处理，以标准化RNA末端。随后，使用GenSeq® Small RNA Library Prep Kit构建测序文库。构建完成的文库通过15%聚丙烯酰胺凝胶电泳进行片段筛选，并回收对应于sRNA（160-510 nt）的目标片段。最后，对质控合格的文库进行测序。

sRNA测序实验流程图