高分文章案例

案例1：piRNA在肝ai中的功能

原文：Deep sequencing of small RNA transcriptome reveals novel non-coding RNAs in hepatocellular carcinoma 

期刊：Journal of Hepatology 影响因子：14.91 

本文通过高通量测序检测了2株肝细胞ai细胞系（HKCI-4，HKCI-8）和1株正常肝细胞系（MIHA）中的小RNA表达情况，发现了一个新的piRNA（piR-Hep1）在肝ai细胞系中高表达。通过进一步的小RNAqPCR发现：46.6% 的肝细胞ai组织中的piR-Hep1相对于ai旁组织高表达。后续的功能实验证实：沉默piR-Hep1的表达会抑 制肝ai细胞的存活，移动和浸润。

图 1. 肝ai细胞系中的小RNA组成 

案例2：成人睾丸中的piRNA表达谱

原文：A comprehensive analysis of piRNAs from adult human testis and their relationship with genes and mobile elements 

期刊：BMC Genomics 影响因子：3.73 

本文通过piRNA测序调查了3个成人睾丸样品的piRNA表达谱，并发现：近17M可能的piRNA来源于约6000个基因簇。当一部分piRNA来源于蛋白编码基因的3’ UTR区，而且这些蛋白编码基因在特定的生物过程中富集，说明piRNA的生成并非随机。此外，有16%的piRNA来源于数百个长链非编码（LncRNA）基因，说明lncRNA基因也可以作为piRNA前体。另外，在基因组可移动元件中，piRNA与LTR和内源性逆转录病毒的联系更为紧密。

图2.  LncRNA LINC00837可作为piRNA前体 

云序技术优势：

一站式服务：
客户只需提供细胞，组织，体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

特异性富集piRNA片段：
特异性的富集和检测piRNA， piRNA有效数据比例高于其它公司提供的常规小RNA测序服务。 

专业化的生物信息分析：
云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

数据分析（仅供展示  详见demo报告）
1、新piRNA预测※
合并来自全部样品的trimmed reads，并使用piano软件进行新piRNA预测，获得可能的新piRNA。

注：Novel piRNA-新预测的piRNA的名字；Novel piRNA-seq-新预测的piRNA的序列

2、差异piRNA筛选与聚类

筛选（Fold Change≥2， P值≤ 0.05）两组或多组样品间的差异表达piRNA。
注：Fold Change代 表差异程度，P值代 表差异的明显性，筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

3、piRNA-靶基因网络图

piRNA能够通过碱基互补配对，靶向mRNA，并调控mRNA表达。云序生物使用miranda软件预测piRNA的靶基因，并根据得到的piRNA靶基因，构建piRNA-靶基因网络，来探讨piRNA的功能作用。

4、piRNA靶基因GO和信号通路分析
对piRNA的靶基因进行GO和信号通路分析，从而帮助推断piRNA的生物学功能。

样品要求:

样品类型：
组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量：

a) 细胞：2×10^6

b) 组织：50 mg

c) 体液：全血、血清、血浆2-3 ml

脑脊液：5 ml

尿液：50 ml

d) 总RNA：2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 无明显降解，电泳检测样品特征性条带完整清晰，无明显弥散或拖尾)

样品运输及保存：  

样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输。 

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；血液样品应使用EDTA抗凝，不可用肝素；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。