云序用户案例

 案例1：FERONIA-YUELAO模块通过调节拟南芥中tRNA片段的丰度参与翻译调控

原文：The FERONIA-YUELAO module participates in translational control by modulating the abundance of tRNA fragments in Arabidopsis

发表时间：2023年11月16日

发表期刊：Developmental Cell

影响因子：8.7

发表单位：湖南大学

 

tRNA片段（tRFs）在基因表达调控中具有重要作用，但其在植物中的丰度调控机制及相关功能仍不明确。拟南芥受体激酶FERONIA（FER）作为一种关键信号蛋白，已知参与包括生长、应激响应和RNA代谢在内的多种细胞过程。尽管此前研究发现FER突变体（fer-4）表现出翻译抑制现象，然而其背后的分子机制尚未阐明。 云序用户湖南大学生物学院于峰教授课题组通过tiRNA&tRFs测序对比野生型（WT）和fer-4突变体拟南芥幼苗，发现FER能够调控特定5′ tRFs的丰度。fer-4突变体中某些5′ tRFs的积累水平显著升高。这些tRFs主要来源于tRNA的5′末端，且其生成过程可能与Dicer核酸酶的参与有关。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1 FER介导的5' tRFs的丰度调节

 

案例2：tRF-3a-Pro：一种转移 RNA 衍生的小 RNA 作为诊断乙型肝炎病毒相关肝细胞癌的新型生物标志物

原文：tRF-3a-Pro: A Transfer RNA-Derived Small RNA as a Novel Biomarker for Diagnosis of Hepatitis B Virus Related Hepatocellular Carcinoma

发表时间：2025年2月24日

发表期刊：Cell Proliferation

影响因子：5.6

发表单位：复旦大学附属中山医院

 

肝细胞癌（HCC）是消化系统中最具挑战性的恶性肿瘤之一。筛选新的生物标志物和治疗靶点是改善HCC预后的一种有前途的策略。为了解HBV相关HCC肿瘤和肿瘤旁组织的表达谱，云序用户复旦大学附属中山医院朱长锋课题组对5对组织进行tiRNA&tRFs测序。总共获得了394个差异tsRNA，与旁肿瘤组织相比，HCC组织中共有26个tsRNA上调，30个tsRNA下调。从测序结果中获得的tsRNA亚型比例最高的是tRF-3a，其次是tiRNA-5。在表达差异显著的tsRNA中，tRF-3a是HCC组织中上调最多的tsRNA亚型，tiRNA-5是下调最多的tsRNA亚型，表明tRF-3a可能是一种潜在的促肿瘤tsRNA亚型。此外，上调的tsRNA主要来源于缬氨酸tRNA，下调的tsRNA主要来源于甘氨酸tRNA。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图2 tsRNAs在HCC肿瘤和肿瘤旁组织中的表达谱

云序技术优势：

突破修饰障碍：

云序生物针对tRFs&tiRNAs丰富的碱基修饰及末端修饰，开发了专门的去甲基化处理与末端修饰处理方案，攻克了RNA修饰带来的测序障碍，确保研究结果的全面性和可靠性。

高检测效率：

云序生物采用优化的建库流程，在总RNA的基础上直接进行加接头建库，减少实验误差，提高检测效率。

系统性服务：

系统性提供tRNA测序、tiRNA&tRFs测序、tRNA修饰类测序等tRNA相关产品服务。

一站式服务：

云序生物具有专业的生物信息学团队，提供一站式解决方案，为您完成从分类、定量到高级分析的全程服务，满足各类深入数据分析要求。

 

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

一．分析项目

1.原始数据质控（去接头，去低质量reads），数据产出统计；

2.tRF&tiRNA识别；

3.tRF&tiRNA表达分析；

4.差异tRF&tiRNA表达分析；

5.差异表达tRF&tiRNA靶基因预测；

6.差异表达tRF&tiRNA结合位点预测；

7.tRF&tiRNA靶基因网络图；

8.tRF&tiRNA靶基因GO功能分析；

9.tRF&tiRNA靶基因KEGG通路分析；

10.聚类图；

11.散点图；

12.火山图；

13. tRF&tiRNA比例统计；

14.按照客户要求对测序数据进行个性化分析。

 

 

二．部分数据分析结果示例

1.tRF&tiRNA靶基因网络图

根据预测得到的tRF&tiRNA靶基因，选取每个tRF&tiRNA前10个靶基因，利用cytoscape软件绘制tRF&tiRNA-gene网络图。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.tRF&tiRNA靶基因的GO和Pathway通路分析

GO分析：GO为注释基因、基因产物和序列开发了一套结构化的、受控词汇表。云序生物对差异tRF&tiRNA的靶基因进行GO功能分析，以注释并推测可能参与的功能。

Pathway分析：KEGG PATHWAY是将基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学中的分子数据集映射到KEGG通路图上，以进行这些分子的生物学功能解释的过程。云序生物对差异tRF&tiRNA的靶基因进行通路分析，以注释并推测可能参与的通路。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3.聚类图

分层聚类揭示了每个样本中不同的tRF&tiRNA表达谱，可以用于衡量样本或tRF&tiRNA表达之间的相似性。通常来讲，同组的样品能够聚在一个分枝中。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4.火山图

快速直观地识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的tRF&tiRNA，同时显示上下调差异tRF&tiRNA的变化倍数和差异的显著程度。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5.tRF&tiRNA比例统计

不同种类tRF&tiRNA的产生及作用机制存在差异，了解不同种类tRF&tiRNA的表达情况对于后续研究具有很好的指引作用。 .

样本要求 :

 

样品类型： 

 血清、血浆、细胞、组织、总RNA、其他类型请电询。

样品量：

a) 细胞：> 2×10^6

b) 组织：> 50 mg

c) 全血> 2 ml (推荐用紫色盖EDTA抗凝采血管，不可用绿色盖肝素抗凝管)

d) RNA：总量 > 2 µg，浓度 > 50 ng/µL

样品运输与保存：

样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：

a）细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮速冻后-80℃保存；

b）全血样品采集后，转移至冻存管中，-80℃保存，避免反复冻融；

c）RNA样品可溶于RNA-free的无菌水中，-80℃保存，避免反复冻融。

注：具体请联系销售或后台工作人员，查看《云序生物样品采集保存及运输指南》。