高分文章案例

案例1：通过RNA测序解析慢性淋巴细胞白血病的分子特征
原文：Transcriptome characterization by RNA sequencing identifies a major molecular and clinical subdivision in chronic lymphocytic leukemia

期刊：Genome Research                   影响因子：10.10
本文通过RNA测序对慢性淋巴细胞白血病（CLL）样品和正常B淋巴细胞样品的转录组进行了深入的分析，找到了几千个差异表达的基因。此外，有两千个基因呈现出CLL特异性的可变剪切模式，但它们大部分在CLL中并没有发生表达量的变化。另外，作者还分析了CLL特异性的cSNP和基因融合。通过聚类分析和MDS分析表明：根据基因表达数据可以将CLL样品分成2个不同的子类，这两个不同子类中的病人的生存时间具有明显差异。

图1. CLL特异性的可变剪切 

图2. 体细胞突变的等位基因特异性表达 

图3. MDS分析可以根据基因表达水平将CLL样品分成C1，C2两个亚型 

云序技术优势：

适用于降解样品：
大部分公司采用低成本Oligo d(T)法富集mRNA，由于降解样品中的mRNA会丢失Poly(A)尾巴，因而无法被检测到。套餐2采用特有的，适用于降解样品的去rRNA试剂盒，能够极大程度地保留降解样品中的mRNA信息，尤其适合于临床样品的mRNA检测。

适用于微量样品：
套餐3采用商业化单细胞试剂盒，可以检测低至单细胞量（~10 pg RNA）样品中的mRNA。

独特的疾病和信号通路数据库：
收集了与癌症、糖尿病、心血管疾病、神经退行性疾病等人类重大疾病相关的基因，并详细注释了这些基因参与的信号通路，可以根据客户的研究领域，对mRNA测序数据进行更加个性化的整合和筛选。

一站式服务：
客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析的整套服务流程。

专业的生物信息学分析：
云序生物拥有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

1、差异mRNA筛选与聚类

筛选（Fold Change≥ 2,  P值≤ 0.05）两组或多组样品间差异表达的mRNA倍数变化。
注：Fold Change代 表差异倍数，P值代 表差异明显性，筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整

2、特定疾病或通路的个性化筛选个性化筛选※
整合mRNA测序数据与云序生物特有的疾病和信号通路数据库，发现与特定疾病或通路相关的差异mRNA、可变剪切或cSNP。

3、差异mRNA的GO和信号通路分析

进行差异基因GO功能富集分析，以推断差异基因参与的生物学功能。

4、基因富集分析（GSEA）※
寻找与样品表型相关的功能基因集合（gene set，包括信号通路或其他基因集合）。

5、基因共表达网络分析※
根据基因间的表达相关性，构建共表达网络，以推断未知的基因功能。

6、基因互作网络分析※
确定差异基因间的相互作用关系，筛选起关键作用的核 心基因及其相应的靶基因。

7、基因表达水平累积曲线※
展示每个样本不同表达强度的基因数目，揭示表型对基因表达的整体影响。

样本要求:

样品类型：
组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量：

a) 细胞：2×10^6

b) 组织：50 mg

c) 体液：全血、血清、血浆2-3 ml

脑脊液：5 ml

尿液：50 ml

d) 总RNA：2 μg (OD260/280≥1.8；OD260/230≥1.5; 无明显降解，电泳检测样品特征性条带完整清晰，无明显弥散或拖尾) 

样品运输及保存： 

样品运输：样品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰运输。 

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；血液样品应使用EDTA抗凝，不可用肝素；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。