云序用户案例

 

案例1：AT2细胞中Fbxo45的缺失导致组蛋白供应不足，引发肺腺癌

原文：Loss of Fbxo45 in AT2 cells leads to insufficient histone supply and initiates lung adenocarcinoma

发表时间：2024年12月13日

发表期刊：Cell Death And Differentiation

影响因子：15.4

发表单位：上海交通大学医学院附属仁济医院

肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因，其中肺腺癌（LUAD）是最常见的组织学类型，占所有病例的40%。云序用户上海交通大学医学院附属仁济医院余健秀教授团队发现Fbxo45在肺泡Ⅱ型细胞（AT2）中的缺失会导致肺腺癌发生，于是对6月龄cKO小鼠的原代AT2细胞进行了mRNA测序分析。发现Fbxo45基因缺失导致90种mRNA转录本下调及110种mRNA转录本上调。GO分析显示，这些DEGs在DNA复制、DNA模板转录及核小体组装通路中显著富集。并且cKO小鼠AT2细胞中几乎所有复制依赖性(RD)组蛋白mRNAs均下调，而复制非依赖性(RI)组蛋白mRNAs水平未呈现一致性变化。这些结果表明Fbxo45蛋白缺乏可能导致RD组蛋白供给不足。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1 mRNA测序显示Fbxo45蛋白缺乏可能导致RD组蛋白供给不足

 

 

 

案例2：应激颗粒组装会损害巨噬细胞的胞葬作用，从而加重小鼠的过敏性鼻炎

标题：Stress granule assembly impairs macrophage efferocytosis to aggra -vate allergic rhinitis in mice

发表时间：2025/7/1

发表期刊：Nature Communications

影响因子：15.7

发表单位：中国人民解放军海军军医大学

过敏性鼻炎（AR）是累及全球20%-30%人群的上呼吸道炎症疾病。中国人民解放军海军军医大学侯晋教授团队研究表明，在AR期间，应激颗粒（SG）标志物G3BP1在巨噬细胞中高表达，表明SG在鼻粘膜的巨噬细胞中组装以促进AR进展。进一步利用G3bp1f/f和G3bp1mac-/-小鼠的BMDMs（骨髓来源的巨噬细胞）进行mRNA-seq，鉴定出170个差异表达基因，KEGG和GSEA结果显示，G3BP1缺陷的巨噬细胞中内吞作用相关基因表达升高，内吞作用、蛋白质消化与吸收、ECM-受体相互作用和粘着斑等胞葬作用相关功能上调（图3a, b）。推测SG组装可能抑制巨噬细胞的胞葬能力并损害死亡免疫细胞的清除。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图2 BMDMs中敲除G3BP1抑制巨噬细胞胞葬能力

技术优势

UMI + Spike-in实现“真”绝对定量：

UMI通过对原始分子进行唯一标记，消除了PCR扩增偏好性，实现对原始分子的准确计数。Spike-in通过提供已知绝对量的外参，校正了样本间技术流程的效率差异。云序生物采用UMI + Spike-in结合应用，实现测序中基因表达的绝对定量，极大地提高了数据的准确性、可比性和生物学意义。

链特异性检测：

很多基因位点会生成转录方向相反的、具有重要调控功能的反义RNA。常规的建库方法无法区分这些反义RNA，而云序生物采用链特异性的建库方法，可以准确检测反义RNA，从而提供更全面的转录组信息。

适用于降解和微量样品：

云序生物采用特有的，可适用于降解样品的试剂盒，能够极大程度的保留降解样品中的RNA信息，尤其适合于临床样品的转录组检测；同时我们具有微量样品的商业化单细胞试剂盒，可以检测低至单细胞量（~10 pg RNA）样品中的mRNA。

一站式服务：

客户只需提供细胞，组织，体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。此外，云序生物专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

 

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

1.mRNA的差异表达分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.差异表达mRNA的聚类热图

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3.差异表达mRNA的GO和KEGG分析

 

 

 

样本要求:

样品类型： 血清、血浆、细胞、组织、总RNA、其他类型请电询。

样品量：

a) 细胞：> 2×10^6

b) 组织：> 50 mg

c) RNA：总量 > 2 µg，浓度 > 50 ng/µL

样品运输与保存：

样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮速冻后-80℃保存；RNA样品可溶于RNA-free的无菌水中，-80℃保存，避免反复冻融。