云序用户案例

 

案例1：CircRNA_0000392通过miR-193a-5p/PIK3R3/AKT轴促进结直肠癌进展

原文：CircRNA_0000392 promotes colorectal cancer progression through the miR-193a-5p/PIK3R3/AKT axis

发表时间：2020年12月14日

发表期刊：Journal of Experimental & Clinical Cancer Research

影响因子：12.8

发表单位：上海中医药大学龙华医院

 

结直肠癌（CRC）是全球范围内发病率和死亡率均较高的恶性肿瘤之一。随着高通量测序技术的应用，在肿瘤组织中鉴定出大量circRNA，部分circRNA已被证明可作为癌基因，但其在结直肠癌中的异常表达原因尚不完全清楚。 云序用户上海中医药大学龙华医院季光教授课题组通过环状RNA测序分析了6对CRC组织和邻近正常组织中circRNAs的表达谱。与正常邻近组织和细胞系相比，CircRNA_0000392在CRC中显著上调，其表达水平与CRC恶性进展呈正相关。在机制上，进一步结合环状RNA测序数据，通过生物信息学分析预测基于circRNA_0000392的circRNA-miRNA-mRNA相互作用，结合RNA pull down、荧光素酶等实验确定了circRNA_0000392可以充当miR-193a-5p的海绵，调节PIK3R3的表达。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1 通过环状RNA测序筛选到CRC中的关键环状RNA circRNA_0000392

 

 

 

案例2：尿外泌体hsa_circ_0001250作为特发性膜性肾病的新型诊断生物标志物

原文：Urinary exosomal hsa_circ_0001250 as a novel diagnostic biomarker of idiopathic membranous nephropathy

发表时间：2022年12月19日

发表期刊：Journal of Translational Medicine

影响因子：7.5

发表单位：吉林大学附属中日联谊医院

 

特发性膜性肾病（IMN）是成人肾病综合征的常见原因。目前，IMN的诊断主要依赖于肾活检，且已知的IMN临床诊断的标记物不够敏感。 云序用户吉林大学附属中日联谊医院刘峰课题组通过环状RNA测序分析了5对IMN组织和健康对照组中circRNAs的表达谱，在IMN患者中鉴定出766个上调的circRNA和283个下调的circRNA。确认了hsa_circ_0001250的环状结构和序列，验证了IMN中hsa_circ_0001250表达显著升高。在机制上，进一步结合环状RNA测序数据，通过生物信息学分析预测circRNA-miRNA-mRNA网络，推测hsa_circ_0001250可能通过靶点has-miR-639和has-miR-4449在IMN的发病机制中发挥作用。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图2 通过环状RNA测序筛选到IMN中的关键环状RNA hsa_circ_0001250

云序优势：

UMI + Spike-in实现“真”绝对定量：

UMI通过对原始分子进行唯一标记，消除了PCR扩增偏好性，实现对原始分子的准确计数。Spike-in通过提供已知绝对量的外参，校正了样本间技术流程的效率差异。云序生物采用UMI + Spike-in结合应用，实现环状RNA测序中基因表达的绝对定量结果，极大地提高了数据的准确性、可比性和生物学意义。

高有效数据量，广物种覆盖：

云序生物采用独家Cloudseq CircRNA Enrichment Kit，高效去除样本中的线性mRNA和rRNA，富集纯化环状RNA，使得测序获得的有效环状RNA数据量远超同行。该技术帮助客户以更低成本检测到更多环状RNA，且其试剂盒覆盖几乎所有已知物种，突破了对人、小鼠、大鼠等常见物种的限制。

链特异性检测：

很多基因位点会生成转录方向相反的、具有重要调控功能的反义RNA。常规的建库方法无法区分这些反义RNA，而云序生物采用链特异性的建库方法，可以准确检测反义RNA，从而提供更全面的转录组信息。

一站式服务：

客户只需提供细胞，组织，体液或总RNA，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。此外，云序生物专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

 

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

 

1.circRNA的差异表达分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.差异表达circRNA来源基因的GO和KEGG分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3.circRNA-miRNA共表达网络（高级分析※）

样本要求:

样品类型：

血清、血浆、细胞、组织、总RNA，其他类型请电询。

样品量：

a) 细胞：> 2×10^6

b) 组织：> 50 mg

c) RNA：总量 > 2 µg，浓度 > 50 ng/µL

样品运输与保存：

样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮速冻后-80℃保存；RNA样品可溶于RNA-free的无菌水中，-80℃保存，避免反复冻融。