云序用户案例

 

案例一：通过功能邻近标记对RNA结合蛋白进行时空解析图谱绘制，揭示促进应激恢复的线粒体mRNA锚定蛋白

原文：Spatiotemporally-resolved mapping of RNA binding proteins via functional proximity labeling reveals a mitochondrial mRNA anchor promoting stress recovery

发表时间：2021/8/17

发表期刊：Nature Communications

影响因子：15.7

发表单位：斯坦福大学

 

该研究指出，具有基因靶向混杂酶的邻近标记（PL）已成为无偏倚蛋白质组发现的强大工具。通过将PL的时空特异性与功能性蛋白质富集方法相结合，可以绘制活细胞不同区室中特定蛋白亚类图谱。研究者开发了一种结合过氧化物酶催化PL与交联蛋白RNA复合物的有机水相分离（APEX-PS）的方法，用于富集亚区室特异性RNA结合蛋白（RBPs）。

该研究通过RIP-Seq实验，鉴定出与SYNJ2BP相互作用的mRNA分子，发现OMM RBP SYNJ2BP在翻译应激期间将特定核编码线粒体mRNA保留在OMM处，促进其在应激恢复期间的局部翻译和蛋白质产物导入线粒体。总体而言，功能PL，特别是APEX-PS，是发现特定亚细胞区室中具有新功能蛋白质的多功能方法。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图1. 验证SYNJ2BP与RIP-Seq筛选的候选mRNA的相互作用

 

案例二：TBK1介导的AGO2磷酸化促进NSCLC中致癌性miRISC的形成

原文：Phosphorylation of AGO2 by TBK1 Promotes the Formation of Oncogenic miRISC in NSCLC

发表时间：2024/2/13

发表期刊：Advanced Science

影响因子：14.1

发表单位：上海交通大学医学院

 

该研究指出非小细胞肺癌（NSCLC）是一种致死性较高的肿瘤，且常对靶向治疗产生耐药性。研究发现tank结合激酶1（TBK1）能在丝氨酸417位点（S417）磷酸化AGO2（pS417-AGO2），通过增加微RNA诱导沉默复合体（miRISC）的形成促进NSCLC发展。通过RIP-Seq实验，发现pS417-AGO2可能影响miRNA与AGO2的结合。研究发现使用表皮生长因子受体（EGFR）抑制剂吉非替尼治疗可显著诱导pS417-AGO2，增加致癌miRISC的形成与活性，这可能是NSCLC对吉非替尼耐药的机制之一。这些发现揭示了TBK1介导的pS417-AGO2对致癌miRISC调控的新机制，为NSCLC治疗提供了潜在新方法。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图2. RIP-Seq检测到的与AGO2结合的miRNA

 

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云序优势：

1.一站式服务

客户只需提供细胞，组织或RIP RNA，云序生物为您完成从样品处理，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

2.商业化的RIP试剂盒

RIP实验的成败是决定数据质量的关键，云序生物采用商业化RIP试剂盒，保证了RIP实验的成功率和稳定性。

3.严格的质控

云序生物在实验的各个关键步骤加入了一系列质控点，全程监控实验质量，确保客户得到优质的数据。

4.专业的生物信息学分析

云序生物拥有专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。

 

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

以下数据分析以RIP mRNA测序为例。

一、分析内容

1.原始数据整理，过滤和质量评估，去除低质量reads

2.结合mRNA的识别与注释

3.差异结合mRNA的鉴定与注释

4.差异富集mRNA GO功能富集分析

5.差异富集mRNA KEGG通路分析

6.Motif

7.韦恩图

8.Classification

9.Metagene

10.按照客户需求个性化数据分析

 

二、部分数据分析结果示例

1.差异结合mRNA的鉴定与注释

云序生物使用diffReps软件进行差异富集mRNA的识别。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.差异富集mRNA GO功能富集分析

基因本体论（Gene Ontology，GO）计划分成3个部分：分子功能（Molecular Function，MF）、细胞组分（Cell Component，CC）、生物过程（Biological Process，BP）。云序生物对差异富集mRNA进行GO分析。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3.差异富集mRNA KEGG通路分析

云序生物利用差异基因进行通路分析，以注释并推测这些差异基因可能参与的通路。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4.MOTIF分析

用于展示各个分组中结合位点的序列Motif

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5.韦恩图

以两组样品的富集峰信息为作图数据，用于展示富集峰在各个分组总体分布情况及关系。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

6.富集峰在RNA上的分布

classification以饼图的形式直观展示不同区域的富集程度。 Metagene直观展示两组中从5’UTR、CDS到3’UTR富集峰密度。

样本要求：

 

样品类型：

 细胞、组织、IP后RNA

样品量：

a)细胞：≥1×10^8（细胞活率≥90%）

b)动物组织：≥500 mg

c)植物组织：≥5 g

d)IP后RNA：≥100 ng

样品的运输与保存：

样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞、组织、RNA样品液氮速冻后置于-80℃保存。