• 新生转录本测序（Slam-Seq）技术

     

     

     

    技术简介：

     

    Slam-Seq（thiol(SH)-linked Alkylation for the Metabolic sequencing of RNA）即“S4U烷基化RNA代谢测序技术”。该技术联合核苷类似物（S4U）标记与高通量测序手段，能够精准完成新生RNA与原有RNA的定量分析及识别工作。Slam-Seq技术在检测RNA半衰期及稳定性变化、鉴定RNA修饰介导的靶基因变化，以及探索mRNA稳定性决定因素等方面具有独特优势，是研究基因动态表达的有力工具。云序生物提供Slam-Seq测序服务，助力客户深入探究转录调控相关机制。

    Slam-Seq技术原理：

    在培养细胞中加入4-thiouridine（S4U）核酸类似物，S4U可在转录过程中与DNA序列上的A碱基互补配对，进而融入新合成的RNA链。提取细胞总RNA后，采用碘乙酰胺（IAA）处理，诱发S4U发生化学修饰。在逆转录阶段，经修饰的S4U会与G碱基错配，生成cDNA单链，使得原本的T在检测结果中转变为C。通过剖析T→C转变比例，可获取新生RNA相关信息。

    应用方向：

    1）定量分析新生转录本

    在细胞培养过程中，将S4U（100μM）核酸类似物添加至培养基中，培养45 min后，弃去培养基并收集细胞，随即开展Slam-Seq实验，即可实现对新生转录本的精准定量。

    2）研究RNA稳定性/半衰期

    在细胞培养时，把S4U（100μM）核酸类似物加入培养基，培养24 h。之后，弃去培养基，向细胞中加入含10mM尿苷的标准培养基继续孵育细胞。依据实验具体需求，在多个时间点收集细胞样本，例如0 h、6 h、12 h、18 h、24 h等，借此深入研究RNA的稳定性及半衰期。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    SLAM-seq测序流程图

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  • 云序用户案例

     

    案例：NEXT复合体通过降解G4/U富含的lncRNA调控H3K27me3水平以影响癌症进展

    原文：The NEXT complex regulates H3K27me3 levels to affect cancer progression by degrading G4/U-rich lncRNAs

    发表时间：2025/2/28

    发表期刊：Nucleic Acids Research

    影响因子：16.6

    发表单位：上海交通大学医学院

     

     

    Polycomb repressive complex 2（PRC2）负责催化H3K27me3修饰，在发育和癌症中的基因沉默中发挥关键作用。同时，核外切酶靶向（NEXT）复合体促进核质中多种非编码RNA的降解。该研究发现，NEXT复合体功能缺陷会导致H3K27me3水平整体下降。本研究中利用Slam-Seq验证缺乏ZCCHC8对细胞转录组的影响：通过区分和定量新生RNA与预先存在的RNA，明确ZCCHC8缺失显著上调含有G-四链体（G4）和U富集基序（G4/U-Rich lncRNAs）的初始长非编码RNA（lncRNA）。其中，G4基序可结合EZH2，阻断PRC2的染色质招募；而U富集基序则被NEXT复合体特异性识别，经RNA外泌体介导降解。在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）和肺腺癌（LUAD）患者中，高表达ZCCHC8的肿瘤组织里，NEXT复合体过度降解新生G4/U-Rich lncRNAs。因此，PRC2核心亚基被释放并招募至邻近基因组位点，致使H3K27me3水平上升，相邻基因（如肿瘤抑制基因SEMA5A和ARID1A）表达下调。该研究揭示了NEXT复合体通过降解新生G4/U-Rich lncRNAs调控癌症细胞中H3K27me3水平的新机制。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    图1：基于SLAM-seq技术检测到的差异表达新生lncRNA散点图

     

     

     

     

    高分文章案例

     

    案例：通过SLAM-seq定义了BRD4-MYC轴的直接基因调控功能

    原文：SLAM-seq defines direct gene-regulatory functions of the BRD4-MYC axis

    发表时间：2018/4/5

    发表期刊：Science

    影响因子：45.8

    发表单位：Vienna BioCenter (VBC)

     

     

    作者将Slam-Seq技术与药理学及化学遗传扰动相结合，致力于解析癌症领域中BRD4和MYC这两个关键转录因子的调控作用。研究发现，BRD4作为一种依赖于RNA聚合酶II的转录共激活因子，在使用高剂量BETis类药物治疗时，其活性受到广泛抑制。在能引发白血病选择性效应的药物剂量下，BETis类药物解除了一小部分高度敏感靶点（包括MYC在内）的调控作用。与BRD4相反，MYC主要作为一种选择性转录激活因子，主导着代谢过程相关的转录活动，例如核糖体的生物生成以及新生嘌呤的合成过程。本研究成功构建了一种简洁且具可扩展性的策略，为确定任意基因或信号通路的直接转录靶点提供了有效方法。

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    图2：BRD4的全局转录调控

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

  • 云序优势：

    1.应用方向广

    Slam-Seq技术不仅能定量分析新生转录本，还能检测RNA半衰期及稳定性变化。

    2.一站式服务

    客户只需提供细胞样品，云序生物为您完成从样品准备，文库制备，上机测序到数据分析的整套服务流程。

    3.灵敏度高

    Slam-Seq可以通过区分已有的RNAs以及新合成的RNAs来去除背景信号，对新合成的RNAs进行差异分析，提高基因差异表达检测的灵敏度。

    4.专业的生物信息学分析

    云序生物拥有专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。

     

     

     

    数据分析（仅供展示 详见demo报告）

    1. 差异的新生mRNA的GO和KEGG通路分析

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    2. 整体转换率柱状图

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    3. 单碱基转换率箱线图

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    4. Slam-Seq样品聚类分析

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    5. 差异新生mRNA散点图、火山图

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    6. 整体半衰期分析（在RNA稳定性/半衰期研究时提供）

     

     

  • 样本要求:

    样品类型：

    细胞

    样品量：

    细胞：≥5×10^6

    样品处理：

    a)对新生转录本定量

    在细胞培养时，将S4U（100μM）核酸类似物掺入培养基内，培养45min倒掉培养基，并用PBS清洗2次，加入TRIzol，转移至1.5ml离心管，-80℃保存。

    b)研究RNA稳定性/半衰期

    在细胞培养时，将S4U（100μM）核酸类似物掺入培养基内，培养24 h，倒掉培养基，并用PBS清洗2次。随后向细胞中加入含10mM尿苷的标准培养基进行细胞孵育。后续根据自身实验，对孵育的细胞进行多个时间点收集，例如：0h、6h、12h、18h、24h。收集后用PBS洗2次，加入TRIzol，转移至1.5ml离心管，-80℃保存。

    样品的运输与保存：

    样品运输：样品置于1.5 mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

    样品保存：细胞样品液氮速冻后置于-80℃保存。

技术服务

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