• 单碱基m1A 修饰测序（m1A-MAP-seq）技术

     

     

    m1A-MAP-Seq 产品列表：

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    技术简介：

     

    m1A是一类新发现的RNA甲基化修饰，即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上发生甲基化修饰（N1-methyladenosine，m1A）。m1A已经在tRNA、rRNA、mRNA和non-coding RNA上被发现。研究表明m1A可以调控翻译和延伸，以及rRNA的稳定性和正确折叠。m1A还广泛参与肿瘤发生和多种疾病，但其机制和潜在功能亟待发掘。

     

    针对m1A修饰，云序生物采用m1A-MAP-seq（Misincorporation-assisted profiling of m1A）方法。该方法利用m1A修饰在反转录时会导致错配这一特性，实现单碱基分辨m1A修饰位点。该方法的实验流程为：将随机片段化的RNA样本用m1A特异性抗体进行富集，同时留一部分不做处理，作为对照（input）；然后再将富含m1A修饰的RNA片段分为两部分，一部分用去甲基化酶AlkB处理[demethylase(+)]，一部分不处理[demethylase(-)]。最后对获得的三个样本分别进行建库测序。对比去甲基化酶（-）和去甲基化酶（+）的结果，捕捉碱基突变的信号，来实现m1A甲基化修饰位点单碱基分辨率的鉴定。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段，将m1A RNA甲基化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-Seq数据，不仅计算出样本中m1A甲基化程度，同时还可以找到m1A甲基化修饰的具体位点信息。

     

              

     

                 

    云序生物m1A-MAP-seq实验流程

     

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  • 高分文章案例

     

    案例1：细胞核和线粒体编码的转录本的m1A甲基化修饰

     

    原文：Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts

     

    期刊：Molecular Cell                       影响因子：16

     

    作者利用单碱基分辨率的m1A-MAP-seq方法鉴定了细胞核和线粒体的m1A甲基化位点。发现位于5’UTR，特别是转录本第一位和第二位上的m1A，能够提高翻译效率，而位于编码区的m1A 可抑制翻译。小部分符合“GUUCRA”基序的m1A 位点由一个已知的甲基化酶复合物TRMT6/61A 修饰。此外，还发现m1A在线粒体编码的转录本中普遍存在。                                                                            

     

    m1A-MAP揭示核编码和线粒体编码转录本上不同类型的m1A甲基化谱

     

     

     

    案例2: 肝细胞癌相关的m1A修饰介导的分子调控机制

     

    原文：N1-methyladenosine methylation in tRNA drives liver tumourigenesis by regulating cholesterol metabolism

     

    期刊：Nature Communications                  影响因子：16.6

     

    作者通过RNA-Seq、m1A-MAP-seq及Ribo-seq等技术方法发现在肝细胞癌(HCC)患者肿瘤组织中tRNA的m1A甲基化水平显著升高。TRMT6和TRMT61A形成m1A甲基转移酶复合物，在晚期HCC肿瘤中高度表达，并与HCC患者的生存率呈负相关。TRMT6/ TRMT61A介导的m1A甲基化是肝脏肿瘤发生所必需的。TRMT6/TRMT61A提高tRNA的m1A甲基化水平，从而提高PPARδ翻译，进而引起胆固醇合成，激活Hedgehog信号，最终驱动CSCs的自我更新和肿瘤发生。

                                                                                              

     

    tRNA m1A58 甲基化

     

  • 云序技术优势：

     

    单碱基分辨：

     

    m1A RNA甲基化单碱基测序方式，可对m1A甲基化修饰进行单碱基定位。

     

     

    全分子覆盖：

     

    可全面覆盖地对环状RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA和tRNA等多类RNA分子的m1A位点进行检测

     

     

    一站式服务：

     

    客户仅需提供组织或细胞，云序生物一站式完成RNA抽提，样品预处理，建库，测序，数据分析全套流程。

     


    专业的生物信息学分析：

     

    云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

     

     

    数据分析（下列有※表示个性化分析）

     

    1.m1A甲基化分布图※

     

    2.差异甲基化位点的聚类分析

     

    3.m1A甲基化位点motif分析※

     

    4.m1A甲基化位点可视图

     

    5.差异甲基化区的GO和KEGG信号通路分析

  • 样本要求：

    样品类型： 组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

     

    样品量：

    细胞： > 2×10^7

    组织：  100 mg-1 g 

    总RNA：30-300 μg （OD260/280≥1.8；OD260/230≥1.5；无明显降解，电泳检测样品特征性条带完整清晰，无明显弥散或拖尾 28S：18S≥1.5或者RIN≥7）

     

    样品运输及保存

    样品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰运输。 细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；血液样品应使用EDTA抗凝，不可用肝素；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。

     

技术服务

Technical Service

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