高分文章案例

案例1：ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析

原文：EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments

期刊：The Plant Cell                              影响因子：8.23 

本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种，对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。再联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据，以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图，并寻找关键的转录因子-靶基因模块，预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。

图1. ATAC-seq与RNA-seq联合分析

案例2：ATAC-seq与ChIP-seq联合分析

原文：Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin  Accessibility

期刊：Cell                                          影响因子：31.398 

该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺癌细胞之间的差异，从而研究人小细胞肺癌促进癌症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq，发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中，预示着NFI家族转录因子在调控肿 瘤细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq，通过2种测序结果联合分析，发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多，且Nfib在侵袭性原发性肿 瘤和转移性肿 瘤内高表达，Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能，说明Nfib对促进ai细胞增殖和迁移具有重要的作用。

图2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析

云序技术优势：

实验快速：实验流程精简，耗时短。

样品微量：细胞量少，适用于临床样本。

结果准确：重复性好，与同类技术及同类测序平台一致性高。

信息全 面：获取信息量大（全基因组调控活性图谱、全转录因子结合图谱）。

一站式服务：客户只需提供细胞、组织、体液等样品，云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。

生物信息学分析：云序生物具有专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

1、富集峰（peak）识别※

利用流行的MACS软件进行峰识别，默认P < 10-5识别基因组上的ATAC富集峰。

2. 富集峰（peak）长度分布※

根据ATAC-seq识别开放区域的DNA片段长度，对富集峰的Count数进行统计。

3. 富集峰（peak）区域的在基因组中的分布※

 根据注释信息，绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。

4. 样本间差异peak识别※

云序生物使用diffReps包进行样本间差异peak的识别。默认筛选标准为FDR<=0.05，具体以报告为准。

5. 样品间差异peak相关基因的GO和KEGG富集分析

对差异peak相关基因进行功能分类，并发现明显富集的功能条目。

样本要求：

样品类型:

动物组织（包括真 菌）、植物组织（包括藻类）、冻存的细胞样品（基本覆盖全部物种），其它类型样品请详询。

样品量:

a) 细胞：>1×10^6

b) 动物组织：>50 mg

c) 植物组织：>500 mg

其它类型样品用量请详询。