• 5mC cfDNA/ctDNA甲基化测序技术

     

     

     

    技术简介：

     

    cfDNA（Cell free DNA）是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段，是一种新型的分子标记物。ctDNA（Circulating tumor DNA）特指来源于肿 瘤细胞的cfDNA，是液体活检主流方向。
    报道表明：cfDNA/ctDNA甲基化不仅可以作为肿 瘤分子标志物，还可用于追溯肿 瘤细胞的组织来源。在医疗大趋势下，cfDNA/ctDNA甲基化检测既具有较高的科研价值，又具备推进医疗临床实践的巨大潜能，为实现肿 瘤临床治 疗的全病程管理提供强有力的支持。利用cfDNA/ctDNA甲基化测序，仅凭一管液体就可以进行肿 瘤诊断、疗效评估、实时监控、个体化用药、预测复发等，是里程碑式的新型液体活检技术。
    云序生物较早推出cfDNA/ctDNA甲基化测序服务，低仅需20ng cfDNA/ctDNA既可进行测序。客户仅需提供血浆，血清或体液样本，云序生物为您完成从cfDNA/ctDNA提取，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

    云序生物较早推出两种cfDNA/ctDNA甲基化测序服务。（1）免疫共沉淀测序（MeDIP-Seq）：通过5mC抗体特异性抓取基因组上发生甲基化的cfDNA/ctDNA片段，并结合高通量测序技术，高性价比检测cfDNA甲基区域；（2）单碱基测序（Bis-Seq）：采用经典重亚硫 酸盐处理的方式，未发生甲基化的C碱基会转换成U，发生甲基化的C碱基还是C，并结合高通量测序技术，可对cfDNA/ctDNA甲基化进行单碱基精确定位。

    客户仅需提供血浆，血清或体液样本，云序生物为您完成从cfDNA/ctDNA提取，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

    ctDNA甲基化来源

    图1.cfDNA/ctDNA甲基化来源

     

    具临床应用前景的分子标志物-----cfDNA/ctDNA甲基化

    ctDNA甲基化研究应用范围
    图2. cfDNA/ctDNA甲基化研究应用范围


    1. 癌症早筛界明星：cfDNA/ctDNA甲基化与癌症发展各时期关系密切，特别是癌症早期。 

    ctDNA甲基化与癌症发展各时期关系密切，特别是癌症早期

     

    2. 鉴定癌症有效手段：癌症组中cfDNA/ctDNA甲基化水平与正常组差异明显。cfDNA/ctDNA甲基化基因的有效性（AUC：0.816）远高于传统分子标志物AFP（AUC：0.969）。

        癌症组中ctDNA甲基化水平与正常组差异明显。ctDNA甲基化基因的有效性（AUC：0.816）远高于传统分子标志物AFP（AUC：0.969）癌症组中ctDNA甲基化水平与正常组差异明显。ctDNA甲基化基因的有效性（AUC：0.816）远高于传统分子标志物AFP（AUC：0.969）

    3.助力药 物或其他手段治 疗效果评估：在治 疗过程中，cfDNA/ctDNA甲基化水平与癌细胞数量呈正比，可用于协助评估用药疗效、复发及治 疗后期转移动态的监测。

     在治 疗过程中，ctDNA甲基化水平与ai细胞数量呈正比，可用于协助评估用药疗效、复发及治 疗后期转移动态的监测。
    在治 疗过程中，ctDNA甲基化水平与ai细胞数量呈正比，可用于协助评估用药疗效、复发及治 疗后期转移动态的监测。在治 疗过程中，ctDNA甲基化水平与ai细胞数量呈正比，可用于协助评估用药疗效、复发及治 疗后期转移动态的监测。

     

    高影响因子文章利器-----cfDNA/ctDNA甲基化

    近年来已发表期刊（部分）


    图3. 近年来已发表期刊（部分）


    高 分期刊评语（ctDNA甲基化适用于分子标志物）


    图4. 高影响因子期刊评语（cfDNA/ctDNA甲基化适用于分子标志物）

     

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  • 高分文章案例

     

    案例1：ctDNA甲基化可作为肝癌诊断和进程的分子标志物

     

    原文：Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma

    期刊：Nature Materials                         影响因子：39

     

    本篇文章的作者是美国加州大学圣地亚哥分校教授张康与广州中山大学附属肿 瘤医院院长徐瑞华团队一同合作完成，通过对比肝癌患者血浆，组织及健康人白细胞中ctDNA甲基化分布情况，发现肝癌患者体内血浆和组织一致性很高。通过1,098位肝癌患者和835位健康者的ctDNA甲基化情况及病理信息为资源库，建立了疾病预测分析模型，结果显示该模型基因的特异性，敏感性与肿 瘤状态，诊断反应和时期明显相关（P＜0.001）。与此同时，作者还构建了诊断结果预测模型，该模型的基因可用于预测疾病诊断和生存时期的分子标志物（P＜0.001）。总的来说，ctDNA甲基化作为分子标志物，在肝癌诊断，生存和进展过程中发挥着重大意义。

    在前期建模结果中找到10个差异甲基化基因，用于肝癌的早期诊断检测特异性高达85.7%以上

     

    图1. 在前期建模结果中找到10个差异甲基化基因，用于肝癌的早期诊断检测特异性高达85.7%以上

     

    聚类图显示ctDNA甲基化可区分疾病和正常组


    图2. 聚类图显示ctDNA甲基化可区分疾病和正常组

     

    ctDNA甲基化应用：区分疾病与正常组、成瘤与否、治疗前后对比、手术前后是否复发、癌症的分期和进一步确定传统分子标志物的准确性


    图3. ctDNA甲基化应用：区分疾病与正常组、成瘤与否、治 疗前后对比、手术前后是否复发、癌症的分期和进一步确定传统分子标志物的准确性

  • 云序技术优势：

     

    一站式服务：客户只需提供样本，云序生物为您完成从ctDNA/ctDNA提取，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。


    特异性富集cfDNA/ctDNA片段：云序生物具有丰富样本处理经验，采用cfDNA/ctDNA提取试剂盒，富集效率高。


    严格质控流程：云序生物质控流程严格，层层把关，为客户提供高准确度的结果。


    专业化生物信息分析：云序生物强大生物信息团队，满足客户个性化数据分析要求。

     

  • 样本要求：

     

    样品类型：血清、血浆、体液等。其他样本类型请详询。

     

    样品量： 血清，血浆：≥5 mL; 体液：请详询。

     

    样品运输与保存

    样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

    样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成5-10 mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。

     

技术服务

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