高分文章案例

 

案例：DNA 中 8-氧代鸟嘌呤的动力学：碱基配对和核苷酸背景的决定性作用

 

原文：HECTD3 mediates TRAF3 polyubiquitination and type I interferon induction during bacterial infection

 

期刊：Journal of the American Chemical Society      影响因子： 14.4      发表时间：2023/3

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

8-Oxo-7,8-二氢鸟嘌呤 (oxoG) 是一种丰富的 DNA 损伤，可与腺嘌呤错配并诱发突变。为防止这种情况，细胞拥有 DNA 修复糖基化酶，可从 oxoG:C 对（细菌 Fpg、人 OGG1）中切除 oxoG，或从 oxoG:A 错配（细菌 MutY、人 MUTYH）中切除 A。早期病变识别步骤仍然模糊不清，可能包括强制打开碱基对或捕获自发打开的碱基对。我们检测 DNA 亚氨基质子交换，并分析了 oxoG:C、oxoG:A 及其在具有不同堆积能量的核苷酸环境中未受损的对应物的动力学。即使在堆叠不佳的情况下，oxoG:C 对也不会比 G:C 更容易打开，这与 Fpg/OGG1 的螺旋外碱基捕获相矛盾。相反，与 A 相对的 oxoG 显着填充了螺旋外状态。

 

云序优势

 

一站式服务： 客户只需提供相关样品的基因组DNA，云序生物为您完成从O8G-IP富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

 

优化的实验流程： O8G-IP的富集效率是决定数据质量的关键，云序生物O8G-IP实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程，具有高效率和特异性。

 

严格的质控： 实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优质的数据。

 

专业的生物信息学分析： 云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

 

数据分析（仅供展示 详见demo报告）

1、DNA O8G富集峰的识别

通过高通量测序和生物信息分析，识别修饰区富集的基因组区域，默认p <= 1e-5（具体参数以报告为准，云序生物会根据数据，适当调整参数）的峰为统计上明显的富集峰。

注：：每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率

 

 

 

 

 

 

 

2、DNA修饰区（富集峰）的注释 富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 3、差异修饰区（富集峰）的鉴定与注释

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 4、差异修饰区的GO与信号通路分析    

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 5、DNA O8G富集峰区域的在基因中的分布

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

6、Motif 分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

7、韦恩图

样本要求：

 

样品类型:组织，细胞，无降解且无RNA污染的DNA样品(适用全部有参考基因组的物种)。其它类型样品请详询。

 

样品量:

a)细胞:>5x10^6

b)组织:>100 mg

c)基因组DNA:>10 μg，浓度：>50 ng/µL，IP后富集的DNA > 50 ng

 

样品运输与保存

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成5-10 mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。