高分文章案例

案例1

原文：RNA BIOCHEMISTRY: Transcriptome-wide distribution and function of RNA hydroxymethylcytosine

期刊：Science                       影响因子：41.845

本文使用免疫沉淀测序技术（hMeRIP-seq），用于研究RNA中的5hmC修饰。作者使用针对5hmC的抗体进行免疫沉淀，并进行测序，发现5hmC主要标记多聚腺苷酸化的RNA，由Tet酶在果蝇中聚集。hMeRIP-seq结果显示，5hmC在许多基因的转录本中存在，特别是在编码区域，说明5hmC可能在基因表达调控中发挥作用。该研究表明RNA羟甲基化可以促进mRNA的翻译，强调了5hmC修饰在RNA中的分布、定位和功能，并确定了这种修饰在果蝇中（特别是在大脑发育）的作用，揭示了5hmC在转录后调控中的潜在作用，为未来的表观遗传学研究提供了新的视角。

图注：5hmC在果蝇细胞中的全转录组分布

案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱

原文：Functional role of Tet-mediated RNA hydroxymethylcytosine in mouse ES cells and during differentiation 

期刊：Nature Communications                  影响因子：17.694

本文通过免疫沉淀测序技术（hMeRIP-seq），发现在小鼠胚胎干细胞（mESCs）中，5hmC主要分布在内含子区域，且与特定的UC富含序列 motif 相关联，表明5hmC在mESCs中的分布是非随机的，并且与某些特定的基因特征相关。在795个被5hmC修饰的转录本中，有110个编码与多能性相关的因子，mESCs向胚体体（EBs）分化过程中，许多转录本上的5hmC水平下降，特别是那些编码关键多能性促进因子的mRNA。使用Tet1/2/3三重敲除（TKO）mESCs，研究者们发现Tet酶部分负责mRNA中5hmC的沉积。研究表明5hmC修饰的mRNA具有更短的半衰期，暗示5hmC可能与mRNA的稳定性相关。

图注：5hmC在ESC和EB中的全转录组分布

云序技术优势：

一站式服务：

客户只需提供组织、细胞、体液样品或RNA，云序生物为您完成5hmC RNA-seq全套实验服务。

严格的质控：

云序生物对5hmC RNA-Seq各个关键步骤进行严格的质控，全程监控实验质量，确保客户得到优质数据。

专业的生物信息学分析：

云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

数据分析（仅供展示，详见demo报告）

1. 修饰峰的识别

2. 修饰峰的注释

3、修饰峰在基因组中的分布

4、Motif分析

5、差异修饰峰的识别和注释

6、差异修饰基因GO分析

7、差异修饰基因KEGG通路分析

8.修饰峰可视化

样本要求：

样品类型： 细胞、新鲜组织或RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量：

a) 细胞：2×10^7

b) 组织：>500 mg

c) RNA：>200 μg（OD260/280：1.6-2.3；RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7）

样品运输与保存

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成5-10 mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。