云序用户案例

 

案例一：靶向m7G富集的circKDM1A可预防结直肠癌发展

原文：Targeting m7G-enriched circKDM1A prevents colorectal cancer progression

发表时间：2024年8月30日

发表期刊：Molecular Cancer

影响因子：27.7

发表单位：郑州大学第一附属医院

 

大量的circRNA被报道在结直肠癌（CRC）中起重要作用，但circRNA在癌症中异常表达的原因仍不清楚。该研究通过m7G MeRIP-seq在HCT116细胞中鉴定到937个m7G修饰的circRNA，其中62.4%的circRNA来源于外显子；且m7G在circRNA中偏好GG/GT基序，这区别于mRNA的GA富集模式。

通过RNA-seq发现敲低METTL1后引起整体circRNA表达下调。联合m7G MeRIP-seq数据，研究锁定了36个受METTL1调控且含m7G修饰的差异circRNA。结合临床样本验证，发现circKDM1A在CRC组织中高表达且预后不良。经过实验验证，METTL1通过调节m7G修饰来促进新的促癌circRNA KDM1A的稳定性。随后，circKDM1A通过吸附miR-147b-3p激活AKT途径促进CRC进展，且该促癌作用是被m7G修饰调控的。总的来说，该研究发现了METTL1参与circRNA代谢促进结直肠癌进展的重要理论，为结直肠癌提供了潜在的治疗靶点。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

m7G通过调控circKDM1A-miR-147b-AKT轴促进CRC发展的调控模型

 

 

 

案例二：应激颗粒异常组装损害巨噬细胞的吞噬作用，加重小鼠过敏性鼻炎

原文：Stress Granule Assembly Impairs Macrophage Efferocytosis To Aggravate Allergic Rhinitis In Mice

发表时间：2025年7月1日

发表期刊：Nature Communications

影响因子：15.7

发表单位：中国人民解放军海军军医大学

 

过敏性鼻炎影响全球20%～30%的人群，但目前对其发病机制的理解尚不充分。应激颗粒（SG）是在细胞遭受应激时形成的无膜细胞器，可通过抑制蛋白质翻译来调节细胞命运。然而，SG形成在过敏性疾病进展中的作用尚不完全了解。该研究首次发现过敏性鼻炎（AR）小鼠和患者鼻黏膜巨噬细胞中会特异性组装SG，通过抑制巨噬细胞的胞葬作用（efferocytosis）促进炎症。 在机制上，研究通过RNA-seq分析发现，G3BP1基因缺失与巨噬细胞内吞作用和蛋白质消化吸收功能呈显著正相关，这一结果暗示应激颗粒（SG）的形成可能干扰了巨噬细胞的吞噬功能。进一步的体内外实验证实，SG的组装确实会抑制巨噬细胞的efferocytosis能力。

在机制层面，研究通过m7G MeRIP-seq在巨噬细胞中鉴定到Lrp1 mRNA的内部m7G修饰位点；当巨噬细胞受到应激刺激时，m7G阅读蛋白QKI7能够识别并转运带有m7G修饰的Lrp1 mRNA（编码胞葬受体LRP1）至应激颗粒中，导致其翻译过程受阻，从而削弱巨噬细胞的胞葬功能，阻碍炎症的正常消退。基于这一机制，研究者采用了一种靶向G3BP1蛋白NTF2结构域的新型抑制剂G3Ia（FAZ-3532），该药物通过阻断G3BP1与RNA的共聚作用抑制SG的形成。实验结果表明，G3Ia处理能够恢复应激状态下巨噬细胞中LRP1蛋白的表达水平，显著提升胞葬能力，并有效改善AR小鼠的临床症状和黏膜组织损伤。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

SG组装通过Lrp1 mRNA翻译停滞抑制巨噬细胞胞葬作用以加重AR进展

 

 

 

 

 

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云序优势：

MeRIP实验质控金标准：Spike-In

m7G RNA的富集效率是决定数据质量的关键，云序生物MeRIP-seq实验在实验过程中加入两类人工合成的Spike-In，分别为阳性Spike-In（带m7G修饰的RNA序列）和阴性Spike-In（无修饰的RNA序列），与样品同步进行MeRIP-Seq实验，根据Spike-In的检测信号对MeRIP实验进行质控，精准验证抗体特异性、实验重复性与流程稳定性，杜绝假阳性/假阴性风险，为数据可靠性提供黄金标尺。

突破MeRIP检测局限：m7G高精度与可及性研究新方案

云序生物不仅提供常规的m7G MeRIP-seq服务，还率先推出了具有单碱基分辨率的m7G AlkAniline-seq和TRAC-seq测序技术，可在不同RNA分子上（如lncRNA、tRNA等）实现对m7G位点的精准、定量解析，解决了MeRIP-seq在定位精度、特异性、定量准确性、区分密集位点和研究修饰互作等方面的核心局限。此外，为助力广大科研团队开展灵活自主的研究，我们还推出了配套的Genseq® m7G MeRIP实验试剂盒，该试剂盒操作简便、稳定性强、样本兼容性高，可广泛应用于m7G RNA甲基化修饰各类研究，极大降低实验室技术门槛和研究成本。

赋能科研：助力客户发表m7G领域高分论文19篇，平均IF>10

云序生物凭借领先的m7G检测技术与深厚的数据分析经验，已成功助力客户在《Molecular Cancer》、《Nature Plants》、《Nature Communications》等国际知名期刊发表m7G高水平研究论文19篇，平均影响因子（IF）>10。我们持续为科研工作者提供从修饰检测到机制挖掘的全链条支持，助力客户不断取得具有创新性和发表竞争力的优质成果。

m7G研究一站式解决方案的引领者

云序生物特别提供m7G修饰全流程一站式服务。包括上游整体修饰水平的检测（LC-MS/MS、RNA修饰芯片）、m7G修饰高通量测序（m7G MeRIP-seq、AlkAniline-seq、TRAC-seq）、到下游关键位点验证的完整技术闭环（MeRIP-qPCR）。我们还整合了“分子互作组”研究平台，提供包括RIP-seq、RNA pull-down MS、、Ribo-seq、ChIRP-seq在内的多种技术。我们致力于为客户打通从表观修饰发现到功能机制解析的完整研究路径，深度揭示m7G及其互作因子的调控网络，强力助推高水平科研成果的产出。

 

 

数据分析（仅供展示 详见demo报告）

一．分析项目

1.原始数据整理，Q30质控；

2.去接头处理和序列统计；

3.序列匹配与数据统计；

4.修饰区域的基因组匹配和注释；

5.差异修饰RNA识别；

6.差异修饰基因GO富集分析；

7.差异修饰基因KEGG通路分析；

8.差异修饰RNA聚类分析；

9.m7G修饰Motif分析；

10.m7G修饰RNA韦恩图；

11.m7G修饰mRNA分布特征；

12.m7G修饰分布密度图；

 

二．部分数据分析结果示例

1.差异甲基化RNA的GO分析与KEGG信号通路分析

利用差异修饰基因进行GO功能分析，按照生物过程（BP）、分子功能（MF）和细胞组分（CC）分别注释并推测这些差异修饰基因可能的作用；利用差异修饰基因进行KEGG通路分析，以注释并推测这些差异修饰基因可能参与的通路。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2.RNA甲基化Motif分析

Motif分析可以挖掘m7G修饰的序列偏好性，进而锁定相关基因的修饰区域，对后续讨论、实验具有指导作用。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3.RNA甲基化区域（峰）韦恩图

韦恩图展示各组内的修饰峰总数以及各组间含有同样修饰峰的总数。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4.甲基化修饰峰在基因功能区上的分布比例图

展示m7G修饰峰在mRNA不同结构上的分布特征。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5.甲基化修饰峰在基因功能区上的分布密度图

从总体上展示两组样本在mRNA不同基因区（5’UTR，CDS，3’UTR）的修饰程度。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

6.染色体差异修饰基因数统计（高级分析）

在染色体水平上展示样本中差异修饰基因的分布及上下调比例。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

7.修饰峰染色体分布图（高级分析）

在染色体水平上展示修饰峰的分布及样本间的修饰差异。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

样本要求：

样品类型：

 细胞、组织、RNA，其他样本类型请电询；

样品量：

a) 细胞：5×10^6

b) 组织：100 mg

c) 全血：5mL（推荐用EDTA抗凝采血管，不可用肝素抗凝管）

d) 总RNA：＞1μg（推荐＞10μg，浓度>100ng/μL，OD260/280在1.8到2.2之间，RIN>7）

e) 小RNA：＞10μg

样品运输与保存：

样品运输：样品置于1.5mL管或冻存管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮速冻后-80℃保存；RNA样品可溶于RNA-free的无菌水中，-80℃保存；所有样品避免反复冻融。