云序用户案例

案例1

原文：RNA 5-Methylcytosine Modification Regulates Vegetative Development Associated with H3K27 Trimethylation in Arabidopsis

期刊：Advanced Science                       影响因子：15.1

本文发现拟南芥中RNA 5-胞嘧啶甲基化(m5C)和组蛋白3赖氨酸27三甲基化(H3K27me3)之间的全基因组相关性。植物特异性PcG (Polycomb group)蛋白EMF1 (embryo FLOWER1)具有激活和抑制的双重作用。通过m5C MeRIP-seq结果显示，野生型和emf1突变体的m5C大多富集在缺乏H3K27me3的染色质区域。EMF1通过H3K4me3抑制m5C甲基转移酶TRM4B的表达，不依赖于PcG介导的H3K27me3机制。在emf1突变体中，m5C修饰水平增加，从而减少了光合作用和叶绿体基因的mRNA转录。此外，EMF1活性受损降低了PcG靶点(如淀粉基因)的H3K27me3水平，去除这些靶点在emf1突变体中的抑制作用。EMF1通过m5C和H3K27me3介导的基因活性的促进和抑制是正常营养生长所必需的。

图注：WT和emf1突变体的m5C修饰

案例2

原文：NSUN2-mediated M5 c methylation of IRF3 mRNA negatively regulates type I interferon responses during various viral infections

期刊：Emerging Microbes & Infections                   影响因子：13.2

本文报道了典型的m5C甲基转移酶NSUN2在包括SARS-CoV-2在内的各种病毒感染期间负调控I型干扰素反应。NSUN2特异性介导IRF3 mRNA的m5C甲基化并加速其降解，减少IRF3和下游IFN-β的产生。敲除或敲除NSUN2增强I型干扰素和下游ISGs在各种病毒体外感染。在体内，Nsun2+/−小鼠的抗病毒先天反应比Nsun2+/+小鼠明显增强。发现IRF3 mRNA高度m5C甲基化，提高细胞IRF3 mRNA水平。此外，仙台病毒(SeV)、水疱性口炎病毒(VSV)、单纯疱疹病毒1 (HSV-1)或寨卡病毒(ZIKV)感染可导致内源性NSUN2水平降低。特别是SARS-CoV-2感染(WT株和BA.1组粒变异)也降低了COVID-19患者和K18-hACE2 KI小鼠内源性NSUN2水平，进一步增加I型干扰素和下游ISGs。总之，研究结果表明，NSUN2作为干扰素反应的负调节因子加速IRF3 mRNA的快速转换，而内源性NSUN2水平在SARS-CoV-2和各种病毒感染期间降低，以增强抗病毒反应，从而有效消除病毒。

图注：IRF3的m5C修饰水平

云序技术优势：

一站式服务：

客户只需提供组织、细胞、全血样品或RNA，云序生物为您完成m5C RNA-seq全套实验服务。

超微量MeRIP-seq：

云序生物超微量RNA甲基化测序（超微量MeRIP-seq）对免疫共沉淀和高通量测序步骤进行优化，克服常规抗体富集至少需要100μg总RNA的难题，低量仅需500ng总RNA既可实验。并适用于检测微量样本如血清、血浆和外泌体。

专业的生物信息学分析：

云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

数据分析（仅供展示 详见demo报告）

1、识别RNA甲基化位点

通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域。

2、RNA甲基化位点的注释

富集峰识别后，得到的是基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰。

3、RNA甲基化位点在基因组中的分布

根据注释信息，绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。

4、RNA甲基化位点Motif分析

RNA上甲基化的位点，可能包含某种序列 motif。RNA甲基化酶可能正是通过识别这些 motif 特异性进行甲基化修饰，从而完成转录后调控功能。我们成功识别了全基因组的RNA上的甲基化位点后，获取序列就能使用生物信息学的手段来搜索这些 motif，从而揭示 RNA甲基化修饰的机制。

5、差异RNA甲基化位点的识别与注释

云序生物使用diffReps软件识别两个/组样品间的差异甲基化位点，以P-value<=0.0001并且Foldchange>=2作为阈值，具体的以测序报告为准。 识别样本间的差异甲基化区，发现与特定表型或疾病相关的甲基化区域。

6、差异RNA甲基化位点的GO与信号通路分析

对差异甲基化基因进行功能分类，并发现明显富集的功能条目。

样本要求：

样品类型： 血清、血浆、细胞、组织、外泌体、富集后的总RNA、石蜡切片，其他类型请电询；

物种： 人、大鼠、小鼠、猪、牛、兔、羊、狗等哺乳动物。

样品量：

a) 细胞：2×10^7 

b) 组织：>200 mg

c) RNA：2-300 μg（OD260/280：1.6-2.3；RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7）

样品运输与保存

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成5-10 mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。