小RNA 2'-O-RNA甲基化修饰测序（2'-O-RiboMeth-seq）技术

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

技术简介：

 

 

转录后RNA修饰在细胞RNA中无处不在，并且在生命的所有领域都非常普遍。绝大多数修饰（如：m6A、m5C）都是发生在RNA的碱基上，而2'-O-甲基化修饰(2'-O-Methylation, Nm)是发生在RNA的核糖上最丰富的修饰。2'-O-RNA甲基化是一种受RNA甲基化酶或纤维蛋白酶作用下，核糖RNA在2'-OH位置上发生甲基化的化学修饰。此修饰常见于rRNA与snRNA中与翻译和RNA剪切功能相关的位点，且在mRNA、tRNA、snoRNA与siRNA中也存在。它参与调控RNA的稳定性、结构形成、生物生成及mRNA的剪接和翻译等，并与各种疾病密切相关。重要的是，2'-O-甲基化修饰是真核生物用于区分自己和非己mRNA的分子信号，在免疫系统中起着重要的作用。目前哺乳类与酵母菌已有超过1200个2'-O-甲基化位点被发现，纪录于RMBase (RNA Modification Base)）数据库中。

云序生物2'-O-RNA甲基化测序服务（RiboMeth-seq），可实现对snoRNA、tRNA、rRNA等多类RNA分子的2'-O-RNA甲基化修饰水平的全面检测。RiboMeth-seq主要通过碱处理或金属离子处理，进行随机 RNA 断裂；发生 2′-O-甲基化的位置，不易断裂，不发生修饰的位点断裂或者被消解；通过识别非断裂位点，进行2'-O甲基化位点的识别。

 

云序技术优势

单碱基分辨：

可对2'-O-RNA甲基化修饰进行单碱基定位。

高灵敏度与准确性:

通过断裂信号缺失的统计模型，显著降低假阳性率

一站式服务：

客户仅需提供组织或细胞，云序生物一站式完成RNA抽提，样品预处理，建库，测序，数据分析全套流程。

专业的生物信息学分析：

云序生物拥有专业的生物信息分析团队，帮助客户进行实验数据的全面挖掘。

 

 

 

 

高分文章案例

 

案例1

 

原文：High-throughput identification of C/D box snoRNA targets with CLIP and RiboMeth-seq

 

期刊：Nucleic Acids Research                      影响因子：16.6

 

本研究开发了整合核心snoRNA CLIP-seq数据与全转录组2'-O-甲基化位点定位技术（RiboMeth-seq）的计算方法，用于高通量绘制C/D box snoRNA的靶位点。应用该方法，我们不仅确认了18S rRNA上的已知甲基化位点与其指导snoRNA的对应关系，更重要的是，利用RiboMeth-seq数据揭示了一个28S rRNA上新型的部分甲基化位点，并捕获了28S rRNA上一个位点与多个snoRNAs的相互作用。尽管也观察到了snoRNA与mRNA的相互作用，但RiboMeth-seq未在这些mRNA靶标上检测到2'-O-甲基化。该研究提供的整合方法，特别是RiboMeth-seq在发现新型甲基化位点上的关键应用，实现了snoRNA-靶标相互作用的高通量映射，将极大加速对各种细胞类型中已知和新发现的2'-O-甲基化位点进行精确的snoRNA指导RNA分配，尤其有助于研究动态的rRNA修饰图谱并将snoRNA引导的甲基化研究扩展到酵母和人类以外的物种。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

案例2

 

原文：Profiling of RNA ribose methylation in Arabidopsis thaliana

 

期刊：Nucleic Acids Research                  影响因子：16.6

 

本研究利用RiboMeth-seq技术在模式植物拟南芥中首次系统绘制了细胞质、叶绿体和线粒体rRNA及snRNA的2'-O-甲基化（Nm）图谱。研究在细胞质rRNA中鉴定出111个Nm位点，在snRNA中鉴定出19个Nm位点，并利用更新的snoRNA列表为大多数位点找到了对应的指导snoRNA。研究发现，与酵母类似，至少四个位点受具有多重特异性的snoRNA指导，且C/D snoRNA常在甲基化位点附近形成额外碱基配对，可能促进底物结合。RiboMeth-seq特别揭示了叶绿体和线粒体rRNA上五个高度保守的甲基化位点（包括两个介导核糖体亚基连接的新位点）。此外，基因功能研究表明FIB1和FIB2基因缺失会降低C/D snoRNA积累及rRNA甲基化水平，其中FIB1作用更大。该研究通过RiboMeth-seq提供了拟南芥rRNA/snRNA的全面Nm修饰图谱，为研究其功能和生物合成奠定了基础。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

样本要求：

样品类型: 细胞、组织或RNA，其他样本类型请电询。

 

样品量：

a) 细胞：2×10^7

b) 组织：400 mg

c) RNA：10 μg小RNA (OD260/280：1.6-2.3; RNA无明显降解)

 

样品运输及保存

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。