RNA修饰蛋白的靶点鉴定技术

 

 

 

技术简介：

 

MeRIP-seq技术让我们能够精准定位发生RNA修饰变化（如新增或消除）的靶点。然而，这项技术本身存在一定的局限性。对于像m6A这样调控蛋白家族庞大（涉及多种writer、eraser和reader蛋白）的修饰类型，我们单凭MeRIP-seq的结果，往往难以明确究竟是哪些特定的RNA修饰蛋白导致了所观察到的差异修饰现象。

 

因此，为了更深入地揭示目标性状与特定RNA修饰之间的分子桥梁，我们需要结合更精细的实验策略。一个有效的途径是：利用针对目标RNA修饰蛋白（例如某个特定的writer或reader）的特异性抗体，通过免疫沉淀技术（RIP）捕获与其直接结合的靶RNA，并进行高通量测序。随后，将这份“蛋白-RNA互作图谱”与之前的MeRIP-seq数据进行交叉比对和联合分析。这种整合分析能够帮助我们精确地锁定那些既受到目标性状影响、又由特定修饰蛋白直接调控的关键RNA靶点，从而清晰地描绘出“目标性状→RNA修饰蛋白→靶RNA”的调控通路。​​​​​​​

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值得一提的是，这类RIP-seq实验的成功高度依赖于高质量且覆盖广泛的RNA修饰蛋白抗体。目前，云序生物提供全面的RNA修饰蛋白抗体库，覆盖包括m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、ac4C、2'-O-甲基化、假尿嘧啶等多种热门修饰类型。其RIP-seq服务能够针对mRNA、lncRNA、circRNA等不同RNA分子，在转录组水平上系统鉴定特定RNA修饰蛋白的结合靶标。这为深入解析RNA修饰蛋白在复杂调控网络中的具体作用提供了重要的技术支持。

 

m6A修饰蛋白产品列表：

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

*1.RIP后可针对mRNA和/或各类非编码RNA（如lncRNA、circRNA等）进行测序

*2.具体修饰蛋白的RIP测序服务请电询

 

 

 

其他修饰蛋白产品列表

 

 

 

 

 

 

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*1.RIP后可针对mRNA和/或各类非编码RNA（如lncRNA、circRNA等）进行测序

*2.具体修饰蛋白的RIP测序服务请电询

 

 

 

案例解析

 

云序案例：m6A RNA修饰及效应蛋白在肺动脉高压（PH）中的作用

 

原文：YTHDF1 Regulates Pulmonary Hypertension through Translational Control of MAGED1

 

期刊：Am J Respir Crit Care Med            影响因子：19.4

 

 

肺动脉高压（PH）是一种进行性肺血管疾病，以不可逆的肺血管重塑（PVR）和肺动脉平滑肌细胞（PASMC）功能障碍为特征。在健康状态下，分化的收缩型PASMC增殖活性低，但在缺氧等刺激下会转化为去分化表型，增殖、迁移能力增强。m6A是真核RNA中最丰富的转录后修饰，通过“writers”“erasers”“readers”参与细胞过程。YTHDF1作为m6A阅读器，通过翻译控制参与多种生理病理过程，但在PH中的作用尚未明确。

 

该研究发现

1.人类PAH患者、SU5416/缺氧小鼠和MCT大鼠的肺组织或肺动脉中，m6A水平显著升高，YTHDF1蛋白表达增加。

2.缺氧处理的人PASMC中，m6A和YTHDF1蛋白水平也升高，且YTHDF1蛋白稳定性增强。

3.m6A MeRIP-Seq和YTHDF1 RIP-Seq显示，MAGED1 mRNA在SU5416/缺氧小鼠中被m6A修饰，且与YTHDF1结合增强。YTHDF1过表达促进MAGED1蛋白表达，而METTL3缺失或siRNA沉默MAGED1可阻断这一作用，表明YTHDF1通过m6A依赖方式促进MAGED1翻译。

4.MAGED1敲除小鼠在SU5416/缺氧处理后，RVSP、血管肌化程度降低，PCNA阳性细胞减少。体外实验中，MAGED1沉默抑制缺氧诱导的PASMC增殖、迁移，下调PCNA表达，上调α-SMA和Bax表达。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

PH小鼠中，AGED1 mRNA被m6A修饰，并由m6A阅读器YTHDF1介导