糖基化RNA修饰质谱技术

 

 

糖基化RNA（GlycoRNA）是一类位于活细胞表面、带有糖基化修饰的小的非编码RNA（small non-coding, sncRNAs），包括tRNA、YRNA、小核RNA（snRNA）、小核仁RNA（snoRNA）、核糖体RNA（rRNA）等【1】。功能研究表明，glycoRNA可以和细胞膜表面的RNA结合蛋白（csRBPs）形成纳米级簇状结构，调控反式转录激活因子（TAT）穿透细胞膜进入胞内发挥功能【2】；glycoRNA的聚糖组分还介导了中性粒细胞对于内皮细胞的粘附和迁移过程，从而促进中性粒细胞向炎症部位的募集【3】。最近发现了N-聚糖与tRNA的特异性连接位点——3-(3-氨基-3-羧丙基)尿苷（acp3U），该修饰位点的化学鉴定为理解glycoRNA的结构和功能提供了重要线索【4】。 为了满足深入研究glycoRNA修饰的需求，云序生物正式推出糖基化RNA修饰质谱分析服务，采用高精度nanoAcquity UPLC M-Class System (Waters)液相色谱系统联用ZenoTOF 7600 (SCIEX)质谱仪，通过rPAL化学标记、核苷分离、和高精度质谱采集，实现RNA修饰与糖链的跨分子相互作用分析，助力解析糖基化修饰在RNA中的分布规律及其潜在的合成机制。

 

产品介绍

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

样本要求

样品类型： 细胞、组织、血液或总RNA，其他样本类型请电询。

 

样品量：

a.细胞：≥5×10^7

b.组织：≥500mg

c.血液：全血>80ml（推荐用EDTA抗凝采血管，不可用肝素抗凝管）

d.总RNA：≥100µg（或glycoRNA≥1µg）

 

样品运输及保存：

样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。

样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIzol或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝，不可用肝素；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80C保存，避免反复冻融。

 

 

高分文章案例

 

案例：修饰的RNA碱基acp3U是glycoRNA中N-聚糖的连接位点

原文：The modified RNA base acp3U is an attachment site for N-glycans in glycoRNA

期刊：Cell           影响因子：45.6

 

Flynn教授先前在2021发表的文章证实了RNA和聚糖之间存在共价连接，但对于RNA-聚糖连接的直接化学性质尚未明确，glycoRNA缺乏N-糖基化与RNA（碱基、核糖或磷酸）之间化学连接的直接表征。同时，代谢化学标记glycoRNA的方法有诸多局限性，促使新的标记方法的开发。 2024年，Flynn团队在国际顶刊Cell上发表题为”The modified RNA base acp3U is an attachment site for N-glycans in glycoRNA”的研究成果。该研究通过开发rPAL（RNA优化的高碘酸盐氧化和醛连接）技术，并结合SWATH-MS，实现了对glycoRNA中N-糖连接位点的精准鉴定与分析。核心策略是通过酶解法释放糖核苷，结合多孔石墨碳液相色谱（Porous Graphitic Carbon LC）分离核苷，通过SWATH-MS采集全扫描质谱数据，实现无偏倚检测。首次明确acp3U作为RNA上N-糖连接位点，为糖基化RNA的结构解析和功能研究提供了关键方法学工具，也为为糖组学与表观转录组学的交叉研究奠定了基础。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

参考文献

【1】Flynn RA, Pedram K, Malaker SA, et al. Small RNAs are modified with N-glycans and displayed on the surface of living cells. Cell. 2021;184(12):3109-3124.e22.

【2】Perr J, Langen A, Almahayni K, et al. RNA-binding proteins and glycoRNAs form domains on the cell surface for cell-penetrating peptide entry. Cell. 2025;188(7):1878-1895.e25.

【3】Zhang N, Tang W, Torres L, et al. Cell surface RNAs control neutrophil recruitment. Cell. 2024;187(4):846-860.e17.

【4】Xie Y, Chai P, Till NA, et al. The modified RNA base acp3U is an attachment site for N-glycans in glycoRNA. Cell. 2024;187(19):5228-5237.e12