RIP-Small RNA测序技术

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

技术简介：

 

小 RNA（small RNA）是一类长度在 18-30 nt 之间的非编码 RNA 分子，包括 miRNA、siRNA、piRNA 等，通过与 RNA 结合蛋白（RBP）的特异性互作，在基因表达调控、RNA 干扰、表观遗传修饰及细胞信号传导等关键生物学过程中发挥核心作用。为深入解析小 RNA 的功能机制，云序生物依托成熟的 RNA 免疫共沉淀技术（RIP），结合高通量测序平台，推出RIP - 小 RNA 测序服务，利用高特异性抗体靶向捕获细胞内目标蛋白及其结合的小RNA复合物，构建小 RNA - 蛋白互作调控网络，为小 RNA 功能研究及疾病关联机制探索提供一站式解决方案。

 

核心实验流程​

免疫沉淀富集：​ 使用针对目标蛋白的特异性抗体或对照 IgG，与蛋白 A/G 磁珠共孵育细胞裂解液，高效捕获蛋白 - RNA 复合物。

RNA 分离纯化：​ 蛋白酶 K 消化降解蛋白组分后，采用苯酚 / 氯仿萃取法提取共沉淀的 RNA，经乙醇沉淀浓缩。针对小 RNA 特性优化纯化流程，确保短片段 RNA 的完整性和回收率。​

文库构建与测序：​ 对纯化后的 RNA 进行质量控制（包括浓度、纯度及完整性检测），合格样本按照小RNA文库试剂盒构建小 RNA 测序文库，利用高通量平台进行深度测序。

 

数据分析与功能挖掘：

​数据质控：过滤低质量 reads，确保测序数据的可靠性。

​差异筛选：通过统计分析识别与目标蛋白特异性结合的差异小 RNA。​

功能注释：结合靶基因预测工具及 GO/KEGG 通路分析，解析小 RNA - 蛋白互作网络的生物学意义，揭示其在疾病发生、发育调控等过程中的关键功能。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

云序生物RIP-小RNA测序流程

 

云序技术优势

一站式服务： 客户只需提供细胞，组织或RIP后的小RNA，云序生物为您完成从样品处理，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

商业化的RIP试剂盒： RIP实验的成败是决定数据质量的关键，云序生物采用商业化RIP试剂盒，保证了RIP实验的成功率和稳定性。

高灵敏度与特异性： 针对目标蛋白设计严谨的抗体对照（IgG对照），结合小RNA特异性分析流程，精准排除非特异性结合信号。

 

应用场景​

小 RNA 功能机制研究：鉴定与 RBP 互作的功能性小 RNA，解析其在转录后调控中的作用模式。​

疾病标志物筛选：挖掘疾病相关的差异小 RNA - 蛋白互作对，为疾病诊断和治疗靶点开发提供线索。

​RNA 干扰机制解析：研究 siRNA/piRNA 与 Argonaute 等蛋白的互作，阐明 RNA 干扰通路的分子基础。