RIP-LncRNA测序技术

技术简介：

长链非编码RNA (lncRNA) 作为一类长度大于200nt、具有复杂调控功能的非编码RNA分子，通过与蛋白质的特异性互作广泛参与基因表达调控、细胞命运决定及疾病发生发展等核心生物学过程。为深入探究lncRNA的功能机制，云序生物基于成熟的RNA免疫共沉淀技术 (RIP, RNA Immunoprecipitation)，利用高特异性抗体靶向捕获细胞内目标蛋白及其结合的lncRNA复合物，结合高通量测序平台推出 RIP-lncRNA测序服务。该服务旨在全面解析与特定蛋白存在直接相互作用的lncRNA群体，绘制精细的lncRNA-蛋白互作调控网络，揭示lncRNA在转录水平、转录后水平乃至表观遗传水平的关键调控作用，为lncRNA的功能研究与疾病相关转化应用提供强有力的支持。 RIP-lncRNA测序服务的核心实验流程如下：采用 GenSeq® RIP试剂盒 (GenSeq Inc.) 进行RNA免疫沉淀实验。简言之，使用针对目标蛋白的特异性抗体或对照IgG，与蛋白A/G磁珠共同孵育细胞裂解液进行免疫沉淀。捕获蛋白-RNA复合物后，经蛋白酶K消化降解蛋白组分，利用苯酚/氯仿萃取法纯化与目标蛋白共沉淀的RNA，并通过乙醇沉淀进行浓缩富集。随后，将纯化后的RNA溶解于无RNase的水中。去除核糖体RNA (rRNA) 后，对富集的RNA进行质控，合格样本构建文库并进行高通量测序。对测序获得的高质量测序片段 (reads) 比对至参考基因组。基于比对结果进行lncRNA的鉴定与注释、差异结合lncRNA的识别与筛选，以及对差异结合lncRNA蛋白编码基因进行GO和KEGG通路富集分析，以解析其潜在生物学功能。

云序生物RIP-lncRNA测序实验流程

云序技术优势：

一站式服务： 客户只需提供细胞，组织或RIP后RNA，云序生物为您完成从样品处理，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

商业化的RIP试剂盒： RIP实验的成败是决定数据质量的关键，云序生物采用商业化RIP试剂盒，保证了RIP实验的成功率和稳定性。

高灵敏度与特异性： 针对目标蛋白设计严谨的抗体对照（IgG对照），结合circRNA特异性分析流程，精准排除非特异性结合信号。

应用场景

LncRNA功能机制解析：
筛选与特定蛋白互作的LnRNA，构建 “蛋白-LncRNA” 互作网络，揭示其调控机制。

疾病靶标发现：
对比疾病与正常样本中LncRNA-蛋白互作差异，识别驱动肿瘤发生、转移、耐药的关键调控轴，揭示 LncRNA 在疾病中的调控机制。。

生物标志物与药物靶点：

通过差异互作分析，筛选高特异性的LncRNA - 蛋白组合作为疾病诊断 / 预后标志物，以开发靶向干预策略。

高分文章案例

案例分享：RIP用于研究LncRNA与蛋白互作

使用EZH2特异性抗体对人胃癌细胞系MKN45和AGS，以及对照细胞系GES-1进行RIP-seq，分析了8256个与EZH2相关的RNAs，包括编码和非编码RNAs，其中MALAT1在MKN45细胞系中高表达。并且发现MALAT1通过和EZH2相互作用，抑制原钙黏蛋白因子10（PCDH10）的表达，从而促进胃癌细胞的侵袭和转移。

RIP和qPCR检测，揭示了circ-Foxo3与蛋白p21和CDK2的关系