RNA修饰测序技术

 

 

 

技术简介：

 

  中心法则描绘了由DNA→RNA→蛋白质的遗传信息传递框架。这一过程中，表观遗传修饰在不改变DNA或RNA序列的前提下，通过添加化学修饰，动态调控基因表达。1948年初次发现DNA修饰—5-甲基胞嘧啶（5mC），就意味着DNA修饰研究的开始，截至目前，已报道的DNA化学修饰类型超过17种。相比之下，RNA修饰的研究更为广泛，目前在真核生物、细菌和古生菌中已鉴定出170多种RNA修饰，这些修饰分布于mRNA、tRNA、rRNA及其他非编码RNA中。最常见的RNA修饰包括N6-甲基腺苷（m6A）、假尿苷（Ψ）、N1-甲基腺苷（m1A）、5-甲基胞苷（m5C）、N7-甲基鸟苷（m7G）和N4-乙酰胞苷（ac4C）等。这些修饰通过调控RNA的剪接、成熟、转运、稳定性和翻译效率，在细胞分化、代谢调控及疾病发生中发挥核心作用。目前，深入研究RNA修饰的方法主要分为2类，一是抗体法，二是基于酶处理或化学处理的单碱基法。

 

抗体法

RNA甲基化免疫共沉淀（Methylated RNA Immunoprecipitation，MeRIP）是研究转录组表观修饰的关键技术。该技术基于抗体特异性识别的原理，以免疫共沉淀的方法富集含有特定修饰的RNA片段，并配合高通量测序技术，实现转录组范围内甲基化的RNA区域的检测。MeRIP测序技术技术成熟、适用于各类分子（mRNA, lncRNA, circRNA, small RNA等）。

              

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

MeRIP-seq实验流程

 

云序生物在传统MeRIP-seq基础上全面升级，隆重推出MeRIP-seq-plus，：仅需超微量RNA（低至500ng）即可测序，满足微量样本检测需求；同时，我们在实验过程中加入两类人工合成的spike in，分别为阳性spike in（带相应修饰的序列）和阴性spike in（不带修饰的序列），与样品一起进行MeRIP-seq-plus，根据spike in的检测信号对MeRIP实验进行质控，提供更高效、更精准的RNA甲基化分析服务。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 产品列表

 

 

 

 

                                     

m6A MeRIP-seq	m6A	mRNA、lncRNA、circRNA、tRNA、rRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
m5C MeRIP-seq	m5C	mRNA、lncRNA、circRNA、tRNA、rRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
m1A MeRIP-seq	m1A	mRNA、lncRNA、circRNA、tRNA、rRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
m7G MeRIP-seq	m7G	mRNA、lncRNA、circRNA、tRNA、rRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
m6Am Exo-seq	m6Am	mRNA、lncRNA
acRIP-seq	ac4C	mRNA、lncRNA、circRNA、tRNA、rRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
O8GIP-seq	O8G	mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA
Ψ IP-seq	假尿嘧啶（Ψ）	mRNA、lncRNA
GlycoRNA-Seq	糖基化（Glyco）	miRNA、tRNA、tsRNA、rsRNA等小非编码RNA

 

 

单碱基法

MeRIP-seq-plus仅可以在转录组水平上识别发生修饰的RNA区域，无法对发生修饰的碱基进行精准定位。为了深入研究RNA修饰的分布及其调控机制，单碱基技术孕育而生。其原理是：碱基经过酶或化学处理后，往往会在扩增过程中产生错配或在测序过程中被误读，而修饰碱基则不受影响。通过高通量测序，比对碱基错配比例，我们就能够知道哪些碱基上发生了化学修饰。

以m6A单碱基测序金标准——GLORI技术为例，该技术由北京大学开发，于2022年10月首次发表在Nature Biotechnology（IF=37.8）期刊上。其核心是不依赖抗体，利用乙二醛和亚硝酸盐催化体系，将未甲基化腺苷脱氨为肌苷（A-to-I, > 98%，测序读为G），而m6A仍读为A，通过检测测序的读段序列中A所占的比例，实现了真正意义的单碱基m6A位点检测。云序生物也于2024年6月获得北京大学授权，正式推出GLORI服务。此外，我们还在文库准备过程中还引入了唯一分子识别符（UMI）序列，消除逆转录过程中由扩增效率引起的偏差，实现m6A的绝对定量。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

LORI实验流程

 

 

 

 产品列表

 

 

 

 

GLORI-seq	m6A	mRNA、lncRNA
RedaC:T-seq	ac4C	mRNA、lncRNA、circRNA、rRNA、tRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
BS-seq	m5C	mRNA、lncRNA、circRNA、rRNA、tRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
MAP-seq	m1A	mRNA、lncRNA、circRNA、rRNA、tRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
AlikAniline-seq	m7G/m3C	mRNA、lncRNA、circRNA、rRNA、tRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
BID-seq	假尿嘧啶（Ψ）	mRNA、lncRNA、rRNA
NM-seq	2’-O-甲基	mRNA、lncRNA、circRNA、rRNA、tRNA、miRNA及pri-miRNA等非编码RNA
RiboMeth-seq	2’-O-甲基	tRNA、rRNA
TRAC-seq	m7G	tRNA