环状RNA测序技术

技术简介：

RIP环状RNA测序 环状RNA（circRNA）作为一类具有闭环结构的非编码RNA，通过与蛋白质的动态互作参与基因表达调控、疾病发生等关键生物学过程。为深入揭示circRNA的功能机制，云序生物基于RNA免疫共沉淀技术（RIP，RNA Immunoprecipitation），通过特异性抗体靶向捕获目标蛋白及其结合的circRNA复合物，结合高通量测序推出RIP 环状RNA测序服务，全面解析细胞内与目标蛋白特异性结合的circRNA，绘制circRNA-蛋白互作网络，揭示其在转录后调控中的关键作用，助力circRNA功能研究与转化应用。

RIP环状RNA测序服务实验流程简述如下：使用GenSeq®RIP试剂盒(GenSeq Inc.)进行RNA免疫沉淀试验。简单地说，用目标蛋白抗体或IgG和蛋白A/G磁珠对细胞裂解液进行免疫沉淀。经蛋白酶K消化后，用苯酚/氯仿萃取纯化与蛋白质共免疫沉淀的RNA并在乙醇中沉淀。然后，将RNA重新悬浮在无RNase的水中，再去除rRNA和线性mRNA后进行质控，上机测序。测序后的高质量reads被匹配到参考基因组上后进行circRNA的识别与注释、差异circRNA的识别与筛选以及差异circRNA来源基因的GO和KEGG分析。

云序生物RIP环状RNA测序实验流程

云序技术优势：

一站式服务： 客户只需提供细胞，组织或RIP-circRNA，云序生物为您完成从样品处理，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

商业化的RIP试剂盒： RIP实验的成败是决定数据质量的关键，云序生物采用商业化RIP试剂盒，保证了RIP实验的成功率和稳定性。

高灵敏度与特异性： 针对目标蛋白设计严谨的抗体对照（IgG对照），结合circRNA特异性分析流程，精准排除非特异性结合信号。

专业化的生物信息分析： 云序生物具有强大的生物信息学团队，根据客户需求提供circRNA结合谱、差异互作网络、GO/KEGG通路富集、共表达分析等可视化图表。

应用场景

circRNA功能机制解析：
筛选与特定蛋白互作的circRNA，构建 “蛋白- circRNA” 互作网络，揭示其调控机制。

疾病靶标发现：
对比疾病与正常样本中circRNA-蛋白互作差异，识别驱动肿瘤发生、转移、耐药的关键调控轴。

生物标志物与药物靶点：

通过差异互作分析，筛选高特异性的 circRNA - 蛋白组合作为疾病诊断 / 预后标志物，以开发靶向干预策略。

案例分析

案例分享：RIP用于研究circRNA与蛋白互作

通过p21和CDK2等多种蛋白抗体的RIP实验验证了circ-Foxo3通过与蛋白p21和CDK2的结合。

RIP和qPCR检测，揭示了circ-Foxo3与蛋白p21和CDK2的关系