环状RNA测序技术

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

技术简介：

 

环状RNA(circular RNA，circRNA)是新发现的一类新型非编码RNA分子，其在真核细胞中的大量存在颠覆了传统的线性RNA观点，成为近两年来RNA领域中迅速升起的一颗新星。circRNA是由pre-mRNA的反向剪接产生的，内含子下游5′ 剪接位点是以相反的顺序与上游3′ 剪接位点连接，形成环状RNA，并在反向剪接的外显子之间形成3′，5′-磷酸二酯键。环状RNA的表达具有组织和疾病特异性，与组织发育、疾病的发生 发展密切相关。此外，环状RNA不易降解，能在血浆、唾液等体液中稳定存在，可以作为新型疾病分子标志物。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

circRNA的发现、鉴定和功能解析手段

 

云序生物提供完整的环状RNA 测序解决方案，包括全转录组测序（一次性获取 mRNA、lncRNA、circRNA的完整信息，并获取不同类型RNA间互作关联）和circRNA-seq测序（可检测到更多的环状RNA），助力客户深入探索环状 RNA 的生物学功能与调控机制。

 

产品1.全转录组测序

云序生物全转录组测序服务采用去核糖体链特异性建库技术，结合小片段富集筛选策略，可一次性获取 mRNA、lncRNA、circRNA的完整信息。通过整合分析不同类型 RNA 的表达谱与相互作用网络，可以得到：

  1.ceRNA 调控网络：通过 circRNA-miRNA-mRNA 关联分析，揭示环状 RNA 作为“分子海绵”调控基因表达的机制。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

以circRNA-miRNA-mRNA相互作用关系构建ceRNA网络(红色节点为circRNA，绿色节点为miRNA，蓝色节点为mRNA)

 

  2.动态调控机制：结合不同样本（如疾病 vs 正常组织）的差异表达分析，挖掘 circRNA 在发育、疾病等过程中的关键作用。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

14个前列腺AI样品中的可变剪切事件的基因组图谱

 

 

  3.全转录组测序可涵盖 circRNA 来源基因注释、差异表达分析、功能富集及互作网络构建，并支持个性化分析。

 

产品2.环状RNA测序（circRNA-seq）

云序生物提供的circRNA-seq测序服务，采用GenSeq® CircRNA Enrichment Kit，去除样本中的线性mRNA和rRNA，保留纯化后的环状RNA，显著提高测序获得的环状RNA有效数据量以检测到更多的环状RNA。通过整合多种预测工具及数据库，准确识别已知与新型 circRNA，并验证其反向剪接位点。此外，Cloudseq CircRNA Enrichment Kit覆盖几乎全部已知物种，对环状RNA的研究将不再局限于人、小鼠、大鼠等常见物种。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

云序技术优势：

 

一站式服务： 客户只需提供细胞，组织或RIP-circRNA，云序生物为您完成从样品处理，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

 

个性化分析： 根据研究需求设计个性化分析流程（如 circRNA-miRNA-mRNA 共表达网络、功能实验验证方案）。

 

专业化的生物信息分析： 云序生物具有强大的生物信息学团队，根据客户需求提供circRNA结合谱、差异互作网络、GO/KEGG通路富集、共表达分析等可视化图表。

 

数据分析（仅供展示  详见demo报告）

1）环状RNA的识别与注释

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2）差异环状RNA的筛选

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

3）差异环状RNA的来源基因的GO和信号通路分析

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

4）环状RNA-miRNA相互作用网络

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

5）环状RNA的可视化 红色标注来源于GAPDH的两个环状RNA可视化结果

环状RNA测序应用场景

疾病研究：肿瘤、神经退行性疾病、代谢性疾病等中的 circRNA 标志物筛选与机制解析。

 

发育生物学：胚胎发育、细胞分化过程中 circRNA 的动态调控分析。

 

分子机制研究：circRNA 的生成、加工、修饰及与蛋白 / RNA 的互作网络。