GlycoRNA Pandora-Seq技术

 

 

GlycoRNA Pandora-Seq 产品列表：

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

技术简介：

 

GlycoRNA Pandora-Seq是一项创新的测序技术，专门用于分析糖基化RNA（GlycoRNA），这是一种在细胞表面发现的新型RNA修饰。GlycoRNA的发现归功于斯坦福大学的Bertozzi和Flynn教授团队，他们在2021年揭示了这一科学现象。GlycoRNA包含多种非编码小RNA分子，例如YRNA、snRNA、snoRNA、tRNA和rRNA等，它们携带特定的糖分子，并在免疫调控等关键生物学过程中发挥作用。

GlycoRNA Pandora-Seq技术在研究GlycoRNA在不同物种、组织和细胞类型中的表达模式、功能差异以及修饰特征中具有广阔的应用前景。此外，GlycoRNA Pandora-Seq技术还可以探索GlycoRNA的调控机制，包括它们与其他分子的相互作用，以更好地理解其在生物学过程中的作用。值得注意的是，GlycoRNA Pandora-Seq技术的应用有助于识别与疾病相关的GlycoRNA生物标志物，这可能为开发新的治疗策略提供线索。另外，GlycoRNA Pandora-Seq技术的应用有利于研究药物对GlycoRNA表达和修饰的影响，对开发出基于GlycoRNA的新型治疗药物提供了研究手段，为医学领域带来了新的突破。

 

 

 

GlycoRNA富集方法

1）rPAL法

优势：适用于各类组织和细胞样本，无需在培养中加入标记物；灵敏度更高。 原理：用高碘酸盐将GlycoRNA糖链末端的“尾巴”氧化成醛基，醛基会和生物素反应，把生物素连接到GlycoRNA上，用磁珠抓取生物素标记的GlycoRNA，从而实现GlycoRNA的标记。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

2）点击化学标记法

适用于可体外培养的活细胞样本，需要使用报告糖（如:Ac4ManNAz）在培养中对细胞进行代谢标记。 原理：活细胞将报告糖整合到新合成的糖链中，从而将叠氮基团引入 GlycoRNA，标记好的GlycoRNA用点击化学反应与生物素连接，再用链霉亲和素磁珠抓取带有生物素的GlycoRNA，实现GlycoRNA的标记。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

相关产品：

一、测序 · 糖基化RNA筛选

GlycoRNA Pandora-seq：对糖基化小RNA进行定性和定量检测，全面涵盖rsRNA，tsRNA，Y RNA，miRNA，piRNA等各种小RNA。

Long GlycoRNA-seq：对200nt以上的长链糖基化RNA进行定性和定量检测，全面涵盖mRNA、LncRNA等各类长链RNA。

二、质谱 · 糖基化定性与定量

RNA N糖质谱分析：检测样本中N-糖基化修饰的种类及丰度。

RNA O糖质谱分析：检测样本中O-糖基化修饰的种类及丰度。

RNA N+O糖质谱分析：同时检测样本中N/O-糖基化修饰的种类与丰度。

GlycoRNA修饰质谱分析：探究GlycoRNA上是否共存其它RNA修饰类型。

多类RNA修饰质谱分析：检测60+种不同的RNA修饰类型，包含决定N糖附着的acp3U修饰。

三、验证 · 糖基化RNA靶向验证

GlycoRNA-qPCR：针对目标GlycoRNA设计特异性引物，快速验证测序结果的准确性与糖基化修饰的动态变化。

 

 

 

 

 

云序技术优势

1.能检GlycoRNA最早被发现于小型非编码RNA中，包括tRNA、snRNA、snoRNA及Y RNA等。这类RNA通常长度小于200 nt，结构高度折叠，且富含多种核苷修饰。 然而，小RNA的建库与测序长期存在技术挑战：

✅️末端修饰影响接头连接效率

✅️高修饰密度易导致建库偏倚

✅️m1A、m3C等修饰抑制逆转录

✅️PCR扩增可能放大低丰度误差

GlycoRNA Pandora-Seq正是在GlycoRNA富集基础上，通过连续酶学处理与优化建库流程，解决小RNA建库偏倚问题。

① 连续酶学处理：T4PNK末端修复

T4 Polynucleotide Kinase（T4PNK）用于修复末端结构：将3'-P和2',3'-cP转化为3'-OH，将5'-OH转化为5'-P。 这一处理步骤解决了末端修饰导致接头无法连接的问题，提高建库成功率与均一性。

② AlkB去修饰处理

AlkB酶用于去除m1A、m3C等会抑制逆转录的修饰。 通过去除阻断性修饰，逆转录酶可顺利延伸，实现更完整的cDNA合成，减少小RNA物种丢失。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

图5 Pandora-seq的酶处理过程

 

 

③ 链特异性建库策略

采用链特异性文库构建流程，确保小RNA来源链信息不丢失，提高注释准确性与下游分析可靠性。

 

 

样本要求：

 

1.细胞样本：≥1×10^7个细胞；

2.经Ac4ManNAz预处理的细胞样本：≥1×10^7个细胞。具体样本预处理及收集方法详见《云序生物样品采集保存及运输指南》

3.总RNA样本：≥25 μg；RIN（RNA完整性数）≥6。

4.组织样本 ≥ 200 mg；体液样本：全血 ≥ 20 mL

5.RNA样本的保存和运输： RNA样本需要在-80℃条件下保存，并使用干冰进行运输。如果样本在送样前已经自行质检，需要提供样本浓度、体积、总量、所用溶剂等相关信息，并说明样本检测所用方法或设备。

6.其他注意事项：

（1）确保样本在运输过程中不会因为温度变化而影响质量，因此干冰的量需要足够，运输时间最好不要超过72小时。

（2）如果样本不是保存于1.5 mL或2mL EP管，可能需要在接收后进行转管处理