表观遗传组学
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m1A RNA 甲基化测序
m1A RNA甲基化是一类新发现的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修饰(N1-methyladenosinem1A)。研究表明,m1A是真核生物tRNArRNA丰度很高的一种转录后修饰,近期研究也表明m1A修饰可调控mRNA翻译。m1A修饰作为一类新型RNA甲基化,其功能和机制都亟待挖掘。


m6A RNA检测方式一致,针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术,首先需要用LC-MS/MSm1A甲基化水平定量。抗体富集的技术原理如下:将m1A RNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行共孵育,抓取有甲基化修饰的片段进行测序;同需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本为未进行IP反应的RAN片段对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。此外,利用m1A会导致错配的特性,对抗体富集下来的片段用去甲基化酶AlkB来实现m1A去甲基化,对比(-)去甲基化酶和(+)去甲基化酶的结果,捕捉碱基突变的信号,来实现m1A甲基化修饰位点单碱基分辨率的鉴定。对比免疫共沉淀IP样本和Input样本中的序列片段,将m1A RNA甲基化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,不仅计算出样本中m1A甲基化程度同时还可找到m1A甲基化修饰的具体位点信息


图示:云序生物m1A RNA-seq实验流程

产品列表




技术优势:
单碱基分辨率检测m1A甲基化修饰


特异性高

m1A RNA-seq采用商业化m1A抗体,可特异性富集m1A修饰片段


一站式服务:

客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA,云序生物为您完成从m1A RNA-seq富集、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程


专业的生物信息学分析:
云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求


Molecular Cell——细胞核和线粒体编码的转录本的m1A甲基化修饰Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts.


本研究通过单碱基分辨率方法“m1A-MAP”鉴定了细胞核和线粒体中m1A甲基化修饰位点。结果发现大多数m1A甲基化修饰富集在mRNA5’UTR,小部分符合“GUUCRA”基序的m1A位点由一个已知的甲基化酶复合物TRMT6/61A修饰。此外,线粒体编码的转录本中也有大量的m1A甲基化修饰。该研究还表明位于5’UTR区,尤其是转录本第一和第二位上的m1A可促进mRNA翻译,而位于编码区的m1A可抑制翻译作用。因此,m1A测序不仅揭示了核编码和线粒体编码的转录本上不同类型的m1A甲基化修饰,还为进一步m1A甲基化功能验证提供了重要工具。




图注:人转录组的m1A RNA修饰分布及对翻译效率的影响




图注:m1A甲基化位点motif分析


图注:统计m1A引起错配率,定位m1A甲基化修饰的具体位点



图注:RNA甲基化富集峰注释



图注:RNA甲基化富集峰分布图



图注:RNA甲基化位点motif分析



图注:RNA甲基化富集峰可视化图



图注:差异甲基化区的GOKEGG信号通路分析
样品类型:
组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。


样品量:
细胞: > 5×108
组织: > 5g 
RNA: > 300μg (OD260/280≥1.8OD260/230≥1.5;无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 28S18S≥1.5或者RIN≥7


样品运输及保存:
样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输
样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成5-10 mg的小块),可用TRIZOLRNA保护剂处理,液氮冻存后,-80保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80保存,样品保存期间避免反复冻融。

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