小RNA研究
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细菌sRNA测序

细菌小RNA(sRNA)是一类长度在50~300 nt的调控RNA, 与细菌生长,代谢,应激反应,致病性等密切相关。细菌sRNA多通过与靶mRNA配对, 在转录后水平影响目的mRNA翻译或稳定性,对基因的表达进行调节, 进而影响细胞的多种生理功能。云序生物为客户提供一站式的细菌小RNA测序服务,能够帮助客户识别新的细菌小RNA,解析细菌小RNA表达谱,预测细菌小RNA的靶基因,从而促进其功能和机制研究。

适用的细菌种类全面:

rRNArRNA约占细菌RNA总量的95%以上,为了有效的检测调控RNA分子,需要通过预处理去除掉rRNA。云序生物拥有市面上最全的去rRNA试剂盒,能够去除各类细菌样品中的rRNA,高效的检测小RNA分子

特异性富集小RNA

特异性的富集50-300 nt的小RNA片段,sRNA有效数据比例高

链特异性检测:

很多基因位点会生成转录方向相反的、具有重要调控功能的sRNA,常规的建库方法无法区分这些反义RNA,而云序生物采用链特异性的建库方法,可以准确检测反义sRNA

一站式服务:

客户只需提供细菌或总RNA,云序生物为您完成从样品准备,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程

专业化的生物信息分析:

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求

案例1. 鉴定新的sRNA

Xu, W., Chen, H., He, C.L., and Wang, Q. Deep sequencing-based identification of small regulatory RNAs in Synechocystis sp. PCC 6803. PLoS One 9, e92711.

本文通过细菌小RNA测序在细菌Synechocystis sp. PCC 6803中鉴定出5211个小RNA,并利用sRNA-PCR验证了其中的27个。通过进一步的sRNA靶基因预测发现:这些sRNA广泛参与糖酵解、三羧酸循环、脂肪酸代谢等基础代谢通路,表明sRNA调控网络在细菌代谢过程中发挥着重要的作用。

图1. sRNA的靶基因GO分析

案例2. sRNA功能研究

Papenfort, K., Forstner, K.U., Cong, J.P., Sharma, C.M., and Bassler, B.L. Differential RNA-seq of Vibrio cholerae identifies the VqmR small RNA as a regulator of biofilm formation. Proc Natl Acad Sci U S A 112, E766-775.

本文通过sRNA测序检测了野生型霍乱弧菌和群体感应缺陷霍乱弧菌中的sRNA表达谱,发现了107个非编码小RNA。其中,一个被称为VqmR的sRNA位于蛋白质编码基因vqmA上游。vqmA基因编码转录因子,激活VqmR表达。进一步的细菌sRNA靶基因预测发现VqmR至少靶向8个靶基因。其中,靶基因vpsT调控菌膜形成。后续实验证实:sRNA VqmR通过抑制靶基因vpsT表达阻碍细菌菌膜形成。

图2. VqmR和靶基因vpsT的结合情况

1、细菌sRNA的识别与注释

通过细菌sRNA高通量测序,采用严谨的生物信息分析学流程识别鉴定细菌sRNA,并根据数据库中来源进行注释。



2、差异细菌sRNA的筛选

筛选(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)两组或多组样品间的差异表达piRNA

注:Fold Change代表差异程度,P值代表差异的显著性,筛选中采用的倍数变化会根据具体数据情况进行调整。


3、差异细菌sRNA的聚类

4、差异细菌sRNA的可视化

sRNA测序读数可以映射到参考基因组。 任何感兴趣的基因可以在IGV(Integrative 

样品类型:

菌体或总RNA。其它类型样品请详询。

样品量:

   a)菌体数量 2×107

   b)总RNA  2μg

  样品运输及保存:

  样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输。

  样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;血液样品应使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。


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