小RNA研究
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tRNA测序

转运RNA(tRNA)是一类具有携带并转运氨基酸功能的非编码小RNA。tRNA除了参与蛋白合成外,还参与调控多种生理病理过程。最新研究表明:tRNA能通过多种机制调控基因的表达,与肿瘤、代谢疾病、神经退行性疾病甚至病毒感染等重大疾病的发生发展息息相关。

成熟tRNA丰富的转录后修饰和二级结构都限制了传统RNA-seq的加接头和cDNA合成效率,云序生物的tRNA测序可以有效地去除tRNA的内部修饰和末端修饰,使得tRNA测序获得更高的检测效率和更高的精准度,防止信息的丢失,为客户提供完整的测序报告。

tRNA-seq流程图


高检测效率和高精准度:

有效去除tRNA甲基化修饰和末端修饰,使tRNA-seq具有高检测效率和高精准度

系统性服务:

系统性提供tRNA测序、tsRNA测序、tRNA m5C甲基化测序等tRNA相关产品服务

数据全面:

最权威的tRNA数据库,全面的tRNA表达谱分析

专业的生物信息学分析:

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求

案例一:tRNA促进乳腺癌转移

Goodarzi H, Nguyen H B, Zhang S, et al. Modulated Expression of Specific tRNAs Drives Gene Expression and Cancer Progression[J]. Cell, 2016, 165(6):1416.

本文通过tRNA测序和严谨的生物信息学分析,发现高转移性乳腺癌细胞亚株MDA-LM2与CN-LM1a中某些特异性tRNA水平上调会使细胞获得转移能力。通过相应实验证实,tRNAGluUUC与tRNAArgCCG是乳腺癌转移的助推因子。tRNAGluUUC与tRNAArgCCG的上调会增加转录本稳定性及转录本与核糖体的结合力,这一调控作用具有密码子特异性。特别是tRNAGluUUC可通过直接增强下游靶基因EXOSC2和GRIPAP1表达进而形成一条受tRNA驱动的“可诱导”通路,从而促进乳腺癌的转移。


图注:不同细胞中差异表达的tRNA,特异性tRNA与转移乳腺癌细胞的相关性


1、tRNA长度统计图

2、tRNA散点图


3、差异表达的tRNA聚类分析


4、编码tRNA基因启动子motif分析


5、反密码子分析


样品类型:

组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量:

a)细胞 2×107

b)组织100 mg

c)体液:全血、血清、血浆2-3 mL

         尿液50ml

         脑脊液5ml

d)总RNA 2μg OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)

样品运输及保存:

样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输

样品保存:细胞样品或新鲜组织块,可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。


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