转录组学
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tsRNA测序

tsRNA是近期发现的一类来源于tRNA的新型小RNA,长度在16-50 nt。根据tRNA来源的生物学发生过程,tsRNA可分为两类,包括tiRNA和tRF。tiRNA是来源于成熟tRNA的半分子,血管生成素会在压力应激下介导tRNA切割成5’-和3’-tRNA半分子,长度约30-35nt。tRFs是来源于成熟tRNA或前体tRNA的小片段,根据其在tRNA上对应的位置可进一步分为tRF-5,tRF-3, tRF-1和i-tRF,长度约为15-30nt。

据报道,tsRNA可以microRNA的方式参与RNA干扰,另外可结合诸如YBX1蛋白因子调控靶mRNA的稳定性。tsRNA不仅可作为疾病诊断的生物标志物,还具有治疗潜能。云序生物tsRNA测序采用独有的﹑最全面的tsRNA数据库进行分析,并额外附送miRNA表达谱分析。



图注:tsRNA分类

超高性价比:

一举两得,同时检测和分析tsRNA和miRNA

全面检测:

最权威的tsRNA数据库,提供最全面的tsRNA表达谱分析

高检测效率和精准度:

性能优化的测序方法与严格的质控过程,使tsRNA-seq具有高检测效率和高精准度

一站式服务:

客户只需提供细胞、组织、体液或总RNA,云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程

专业的生物信息学分析:

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求

案例一:tsRNA抑制乳腺癌转移

Goodarzi H, Liu X, Nguyen H C B, et al. Endogenous tRNA-derived fragments suppress breast cancer progression via YBX1 displacement[J]. Cell, 2015, 161(4):790.

本研究通过小RNA测序发现低转移性乳腺癌细胞系MDA中Glu/Asp/Gly/Tyr的tRNAs在缺氧条件下可生成一系列的tRFs表达增加,这些tRFs可与致癌基因的3‘UTR竞争性结合YBX1蛋白,从而降低多个乳腺癌致癌转录本的稳定性。这种转录后的沉默模式具序列特异性,这些片段有共同序列区域与YBX1识别序列相结合。通过功能性实验验证tRFs可抑制乳腺癌细胞的增殖和侵袭。YBX1本身的功能是使致癌转录本的稳定性增加,癌症基因蛋白表达水平增强。这种tRFs产生的竞争性置换抑制致癌基因转录本的稳定性和表达,也就抑制了癌症转移。



图注:small RNA测序发现低氧诱导乳腺癌细胞系MDA中tRFs含量增加,且共同序列显著富集,例如tRNA Glu显著上调


图注:RNA pull down验证tRFs与YBX1结合


1、 tRF散点图


2、tRF聚类分析


3、5’-tRNA片段富集分析


4、 Venn


5、 可视化图


样品类型:

组织、细胞、体液或RNA样品。其它类型样品请详询。

样品量:

a)细胞 2×107

b)组织100 mg

c)体液:全血、血清、血浆2-3 mL

         尿液50ml

         脑脊液5ml

d)总RNA 2μg OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5(无明显降解,电泳检测样品特征性条带完整清晰,无明显弥散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)

样品运输及保存:

样品运输:样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输

样品保存:细胞样品或新鲜组织块,可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。


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