环状RNA研究
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环状RNA pulldown

用体外转录法标记生物素RNA探针,然后与胞浆蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合,从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后,通过Western Blot检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用,质谱实验检测特定的RNA结合蛋白鉴定蛋白质类型。


图注:云序RNA pull-down实验流程


低丰度检测:

富集检测低丰度目的蛋白-RNA复合物

具有成熟蛋白质组学平台

提供RNApull-down 产物WesternBlot及质谱鉴定

专业的生信信息分析

提供SCI发表级别的图表

案例 1  RNA pull-down检测lncRNA与蛋白质相互作用 

近年来,大量的研究表明长链非编码RNA(LncRNA)与多种癌症的发生息息相关,这篇文章中作者研究了在非小细胞肺癌(NSCLCs)中起重要调控作用的lncRNA-linc00630。作者通过RNA pull-down等实验发现,linc00630主要通过结合组蛋白去乙酰化酶I(HDAC1)以及DEAD-box解旋酶23(DDX23)来发挥其功能机制。

图注:长链非编码RNA-Linc00630表达验证及功能表征


案例2  RNA pull-down检测circRNA与蛋白质相互作用

环状RNA是近年来受到广泛关注一类非编码RNA,目前主要认为环状RNA通过miRNA海绵机制调控基因表达,但是对于其更全面的分子功能知之甚少。这篇文章中作者发现在不同癌细胞中circ-Foxo3持续少量表达,而在癌细胞凋亡的过程中,circ-Foxo3表达量显著性增加。circ-Foxo3可以促进MDM2介导p53进入泛素化途径降解,使p53含量下降,同时circ-Foxo3又可以通过阻止MDM2介导Foxo3泛素化而提高Foxo3的表达量。


图注:circ-Foxo3癌细胞中表达情况


样品类型

细胞、组织或IP后的RNA,其它样品信息请详询

样品量

a)细胞:108

b)组织:500mg

c)IP后的RNA >1μg

样品运输及保存

样品运输样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输。

样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。


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