蛋白组学和代谢组学
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蛋白质组相对定量分析

蛋白质组相对定量分析

蛋白质组相对定量分析是利用高通量的质谱法全面检测不同蛋白分子在两个或多个样本中的表达量的相对比例,而不需要知道它们在每个样本中的表达绝对量。根据蛋白标记方法的不同,可以分为:  Label-free 、 iTRAQ 、 TMT、SILAC

Label-free:

蛋白质非标记定量技术(label-free)通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析,无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准,它克服了传统的同位素标记的缺点,即过高的样品浓度, 复杂的实验方案及价格过高的原料等,该方法具有速度更快,更简洁及更简明的结果等优点。蛋白质非标记定量技术(label-free)只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样品中相应肽段的信号强度,从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。

现有基于质谱的非标记定量技术主要有两种:一种是依据一级质谱相关的肽段峰强度(peak intensity)和峰面积(peak area)等信息进行蛋白定量,另一种是依据蛋白质对应肽段的二级质谱总数(spectral counts)进行定量。

实验流程


检测通量高:

一次性的对样品中的全部蛋白进行相对定量分析。

结果准确:

利用高分辨率的质谱法检测,相对二维电泳等传统方法而言更加准确,快捷。

无需标记:

克服标记样本的局限性,可研究大规模样本。

样品需求量少:

每run可检测多达20种蛋白。

性价比高:

无需使用昂贵的标记实际,实验性价比高。


案例:研究小鼠体外胚胎移植引起长期效应的潜在原因

研究内容:

以体内受精(IVO)与体外受精(IVP)发育形成的胚胎为对象,比较其蛋白质组差异,集中研究体外受精对后代产生长期效应的潜在原因,为研究辅助生殖技术(ART)产生的后代发生多重畸变的分子起源和潜在机制提供参考

研究路线:

样本:分别取IVO 7.5,IVO 10.5,IPV 7.5,IPV10.5时的小鼠胚胎

技术:label-free,3次技术重复

研究结果:

IVO7.5/IPV7.5组、 IVO10.5/IPV10.5组的差异蛋白分别为300和262个。 差异蛋白与转录后、翻译和翻译后调控功能相关,并且在mRNA和蛋白层面表达相关性较好。
部分差异蛋白参与能量和氨基酸代谢以及神经核感官发育的过程,可以作为研究ART诱导子宫发育迟缓和神经发育异常机制的候选靶标。
差异蛋白在神经退行性疾病通路上显著富集,提示通过ART产生的后代对其易感性可能会增加。

  数据产出统计

  蛋白质鉴定结果

  蛋白质定量结果

  蛋白质GO分析

  蛋白质COG分析

  蛋白质Pathway代谢通路分析

  差异蛋白GO富集分析

  差异蛋白的Pathway富集分析

  重复性分析(仅针对有重复设计的项目)

  多样品间表达模式聚类(适用于样本数≥3的项目)

   1)富含杂质或蛋白含量低的样本,如植物的根茎、木质部、韧皮部组织等:干重≥5g

  2)植物类样本送样量同样适合于蕈类真菌,如蘑菇、木耳:湿重≥1g。

  3)细胞样本如需进行磷酸化位点富集鉴定,细胞数目须达到:107,约细胞沉淀体积100µl。

  4)由于解冻后血细胞易破裂,细胞内蛋白溶出来会影响分析结果,因此建议不要直接送全血样本。

  5)血液类样本:如果直接送提取蛋白,需先去除高丰度蛋白。

  6)尿液样本:送样前1000rpm离心5min,弃去沉淀。

  7)如果是其他特殊样本,或对样本要求有疑问,请联系我们。



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