表观遗传组学
当前位置:首页 > 技术平台 > 表观遗传组学 > DNA甲基化测序-WGBS
DNA甲基化测序-WGBS

DNA甲基化在动植物的生长发育过程中发挥关键的基因调控作用,并且与包括癌症在内的多种人类疾病密切相关,是表观遗传学研究的热点。 全基因组甲基化测序(WGBS)将重亚硫酸盐(Bisulfite)处理方法和高通量测序技术相结合,可对有参考基因组信息的物种实现全基因组范围内的,单碱基分辨的甲基化检测。

一站式服务:

客户只需提供细胞,组织或基因组DNA,云序生物为您完成从样品处理,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。

商业化的Bisulfite试剂盒:

Bisulfite处理的效率是WGBS成败的关键,云序生物采用商业化Bisulfite试剂盒,转化效率达到99%以上。

专业化的生物信息分析:

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求

案例:全基因组甲基化测序揭示启动子和基因体(gene body)的甲基化在转录调控中的作用

Whole-genome bisulfite sequencing of multiple individuals reveals complementary roles of promoter and gene body methylation in transcriptional regulation. Shaoke Lou, et al. Genome Biology 2014, 15:408tBSiptome revea NA tra tic Lan

以往的DNA甲基化研究都集中在基因的启动子区域,而忽略了基因组其它区域的甲基化对基因表达的影响。本文通过全基因甲基化测序和转录组测序全面的研究了DNA甲基化对基因转录调控的影响(图1)。作者发现:启动子区域的甲基化对基因表达的抑制作用明显发生于那些甲基化程度非常高的基因;启动子和基因体的甲基化水平可以在一定程度上表征基因的表达水平,而且相对于启动子区域,通过基因体的甲基化水平能够更好的预测基因的表达(图2);此外,通过联合ChIP-Seq的数据发现:整合DNA甲基化数据和组蛋白修饰数据可以更好的预测基因的表达情况。这些数据表明:非启动子区域的甲基化对基因的表达调控也具有重要的作用,后续对于疾病特异性的甲基化研究应该多加关注基因体等非启动子区域。




图1. 三位成人的1号染色体的甲基化图谱。
图2. 通过不同的基因组特征区域的甲基化状况预测基因表达的准确性。

1、DNA甲基化富集峰的识别

通过高通量测序和生物信息分析,识别甲基化富集的基因组区域,默认p <= 1e-5(具体参数以报告为准,云序生物会根据数据,适当调整参数)的峰为统计上显著的甲基化区。

注:每个样品组做一个Input,以去除基因组背景,降低假阳性率


2、DNA甲基化区域富集峰的注释

富集峰识别后,得到的是一堆基因组位置信息,通过生物信息分析利用最邻近基因对富集峰进行注释,并根据峰中点相对于已知基因的位置,将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰



3、DNA甲基化富集峰区域的在基因中的分布



4、差异DNA甲基化区域的鉴定(DMRs)与注释

云序生物使用diffReps软件进行差异甲基化区(differentially methylated regions,DMRs)鉴定。默认p-value<0.0001,fold change >=2作为差异甲基化区的阈值。



5、DNA甲基化区的GOGene Ontology)与信号通路分析

目的:对差异甲基化基因进行功能分类,并发现显著性富集的功能条目




6、DNA甲基化可视化


样品类型:

细胞、组织、体液、总gDNA。其它类型样品请详询。

样品量:

a)细胞:5×108

b)组织:100 mg

c)总DNA:3 μg

样品运输及保存:

样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输,DNA可用冰袋运输。

样品保存:细胞样品或新鲜组织块切块,液氮冻存后-80℃保存;DNA样品短期内可-20℃,避免反复冻融。


关闭
会员注册
关闭
会员注册
关闭
会员登录
关闭
修改密码