表观遗传组学
当前位置:首页 > 技术平台 > 表观遗传组学 > DNA甲基化测序-RRBS
DNA甲基化测序-RRBS

Reduced Representation Bisulfite Sequencing(RRBS)测序是一种经济的,可实现单碱基分辨的DNA甲基化研究方法。该方法通过酶切DNA特异性富集基因组中的启动子区和CpG岛,实现了低成本的全基因组DNA甲基化谱研究。利用bisulfite处理酶切后的DNA,能够区分未甲基化和甲基化的C碱基,实现单碱基分辨的DNA甲基化分析。



一站式服务:

客户只需提供细胞,组织或基因组DNA,云序生物为您完成从样品处理、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程


商业化Bisulfite试剂盒:

Bisulfite处理效率是RRBS成败的关键,云序生物采用商业化Bisulfite试剂盒,转化效率高达99%以上


专业的生物信息学分析:

云序生物拥有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求

案例1不同人类细胞和组织中的甲基化图谱

Dynamic DNA methylation across diverse human cell lines and tissues, Katherine et al. Genome Res, 2013

本文通过RRBS测序研究了82个人类细胞系和组织中的单碱基分辨的甲基化谱。通过对甲基化数据与RNA测序以及ChIP测序的数据的联合分析发现:在不同癌症中超甲基化的区域与NANOG蛋白在胚胎干细胞中的结合区域有相当比例的重叠,印证了癌细胞的干细胞特性; 此外,在不同癌症中低甲基化的CpG在EZH2蛋白的结合区域以及组蛋白H3K27me3修饰区域富集;在非癌症样品中,也存在细胞类型或组织类型特异性的甲基化模式。


图1.  通过5%甲基化程度变异最大的CpG位点可以区分不同原代细胞,组织和癌细胞。



案例2单碱基分辨的甲基化谱区分不同亚型的急性骨髓性白血病(AML

Base-Pair Resolution DNA Methylation Sequencing Reveals Profoundly Divergent Epigenetic Landscapes in Acute Myeloid Leukemia, Altuna, et al., Plos Genet 2012

本文通过RRBS测序研究了来源于不同亚型的AML病人骨髓样品的单碱基分辨的甲基化谱。研究发现,不同亚型的AML样品呈现出截然不同的甲基化谱:相对于正常对照样品,IDH突变的AML样品中存在着大范围的超甲基化现象,而且这些超甲级化区域多位于基因的启动子和转录起始位点的CpG岛中;在MLL基因转座的AML样品中,存在着广泛的CpG位点去甲基化,而且多发生于内含子和基因间的CpG岛和岛岸。与基因表达数据的联合分析表明:不同的甲基化模式在基因表达调控中起着不同的作用。这些结果表明:特异性的DNA甲基化模式可以区分不同的AML亚型,具有作为疾病分型分子标志物的潜力。

图 2.不同亚型的AML样品的差异甲基化CpG位点在染色体上的分布图。

CS-RRB-001.  甲基化位点识别

CS-RRB-002.  甲基化位点统计

CS-RRB-003.  差异甲基化区识别

CS-RRB-004.  差异甲基化区的GO(Gene Ontology)分析

CS-RRB-005.  差异甲基化区的KEGG信号通路分析   

CS-RRB-006.  更多其它联合分析


样品类型:

组织,细胞样品或基因组DNA。其它类型样品请详询。

样品处理:与MeDIP一样

样品量:

细胞 2×107

组织 至少100 mg

gDNA 至少3μg(OD260/280 应在1.6~2.0之间;RNA去除干净)

样品运输及保存:

样品运输:干冰运输,DNA可冰袋运输

样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成5-10 mg的小块),-80℃保存,样品保存期间避免反复冻融。DNA可短期-20℃保存。



关闭
会员注册
关闭
会员注册
关闭
会员登录
关闭
修改密码