基因组学
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外显子组测序

外显子组测序利用序列富集技术特异性的检测基因组中的外显子区域(编码蛋白的DNA区域),能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传突变。与全基因组重测序相比,外显子组测序只针对外显子区域,性价比极高,更适用于大样本量疾病及癌症样本分析。

一站式服务:

客户只需提供细胞、组织、体液或基因组DNA,云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程

最新的外显子捕获试剂盒:

云序生物采用最新的Agilent外显子捕获试剂盒,不仅能检测所有的外显子区域,还能检测与蛋白功能密切相关的UTR区域

专业化的生物信息分析:

云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求

案例1:全外显子测序在癌症研究中的应用

Whole-exome sequencing of pancreatic cancer defines genetic diversity and therapeutic targets,Witkiewiczet al. Nature communications,2015;

胰腺导管腺癌(PDA)的预后非常差,因此对其病原学的研究以及靶向干预治疗非常必要。本文对109个显微切割的PDA组织样品进行了全外显子测序。研究表明:环境压力以及DNA修复基因的改变与不同的突变谱有关联。许多癌基因/抑癌基因位点发生了拷贝数变化,但只有MYC基因拷贝数扩增与比较差的预后以及腺鳞癌亚型相关。此外,作者还在PDA中发现了多个新的突变基因,其中一些与预后相关。RBM10突变往往预示着较长的生存期。90%以上的样品中发生了KRAS的突变,但只有密码子Q61的等位突变与较长的生存期相关。此外,Wnt信号通路,染色质重塑信号通路,Hedgehog信号通路,DNA修复和细胞周期相关的基因也被发现有较高的突变频率。这些数据表明了不同PDA样品的基因组多样性,并且找到了一些与预后相关的基因以及治疗靶点。

图1.  在109例PDA中显著性突变的基因。


        

图2.  在109例PDA中发生显著性拷贝数变化的基因区域。 

1、SNPs/Indels的识别与统计

外显子组测序是选择性分析编码区(exon,约占基因组的1-2%)的一种方法,提供了>95%的外显子覆盖。与全基因组测序相比,外显子组测序更加便宜且高效。它不仅能够检测单核苷酸多态性(single nucleotide poymorphisms,SNPs),还能够检测插入缺失(insertion and deletion,indels)。外显子测序能够有效地用于各种遗传病,罕见病及癌症基因组的研究。


2、SNPs/Indels基因组分布

根据SNPs,Indels在基因组上的位置,将其分类,并绘制比例图。根据SNPs,Indels的变异类型,即missense,nonsense,read-through和synonymous绘制比例图。从总体上查看SNPs,Indels的基因组特征。


3、共有或特异SNPs/Indels分析

当两个或两组样品比较时,云序生物使用GATK软件找出两个或两组样品间共有和特异SNPs/Indels,并用Annovar软件进行注释。


4、SNPs/Indels相关基因GO分析

云序生物利用多种过滤条件对识别的SNPs、Indels进行过滤,并对其相关基因,或特异变异相关基因进行GO功能分析,以注释并推测这些SNP可能参与的功能。P-value <= 0.05的GO terms被认为是统计显著的。


5、SNPs/Indels相关基因KEGG通路分析

云序生物利用多种过滤条件筛选差异SNPs,Indels,并对其相关基因,或特异变异相关基因进行通路分析,以注释并推测它们可能参与的通路。以P-value <= 0.05作为显著富集的阈值。


6、SNPs/Indels可视化

SNP和Indel位点可以在Integrative Genomics Viewer(IGV,v2.3.68)上直观地可视化,以供参考。


样品类型:细胞、组织、体液、gDNA等。其他样品类型请详询。

样品量:

a)gDNA总量 >3μg(OD 260/280 值应在1.6-2.0之间)

b)细胞2×107

c)组织:>100mg

d)体液全血样本>2ml

样品运输与保存:

样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输,DNA可用冰袋运输。血液样品EDTA抗凝,冰袋运输,不可使用肝素。

样品保存:细胞样品或新鲜组织块切块,液氮冻存后-80℃保存;DNA样品短期内可-20℃,避免反复冻融。


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