基因组学
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宏基因组测序

宏基因组测序,是对特定环境样品中的微生物群落基因组进行高通量测序,以分析微群体基因组成及功能,解读微生物群体的多样性与丰度,探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因组测序研究避开了微生物分离培养的过程,扩展了微生物资源的利用空间,为微生物的研究提供了有效工具。

适用范围广:

很多微生物无法在实验室培养,而宏基因组测序无需对微生物进行分离培养,就可以对样品中的微生物群落进行全面的检测,从而扩展了微生物研究范围

检测信息全面:

直接对环境中所有的微生物进行检测,比微生物个体研究更能反映微生物生存的真实状态

灵敏度高:

高通量覆盖,不仅能检测样品中高丰度的微生物,还能发现痕量微生物物种信息

准确度高

直接读取微生物基因组序列,准确性高

案例1通过宏基因组测序研究皮肤环境对微生物群落的影响

Biogeography and individuality shape function in the human skin metagenome, Oh et al. Nature, 2014

以前基于分类标记基因所做的研究表明,人皮肤有一个丰富的、多样的微生物群。本文报告了利用来自15个健康人士的18个身体部位的样本对健康人皮肤微生物群所做的一项大规模宏基因组测序研究。他们所采用的元基因组方法显示了令人吃惊的分类和功能多样性以及部位特异性和个人特征。来自皮肤的样本病毒和真菌含量明显高于来自其他身体部位、包括肠道的样本。这项工作还生成了由近600万个基因组成的一个参照目录,它可被用来识别皮肤微生物群中目前没有参照基因组的微生物的基因特征。


 

图1.  微生物群落的组成与皮肤环境密切相关。

1、De novo基因组组装和拼接

2、物种注释及丰度统计

3、系统进化树


样品类型:

gDNA、生物样品(土壤、水体、发酵液、植物表面、动物胃肠道、皮肤等)。其他类型样品请详询。

样品量:
gDNA ≥1μg(DNA浓度 ≥20ng/μl,OD 260/280值应在1.6-2.0之间,DNA电泳条带清晰,完整、无降解、无污染)

样品运输与保存:

样品运输:样品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰运输,DNA可用冰袋运输。

样品保存:细胞样品或新鲜组织块切块,液氮冻存后-80℃保存;DNA样品短期内可-20℃,避免反复冻融。

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